Special

HsaINT0187785 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000197701 | ZNF595
Description
zinc finger protein 595 [Source:HGNC Symbol;Acc:27196]
Coordinates
chr4:59951-88099:+
Coord C1 exon
chr4:59951-60046
Coord A exon
chr4:60047-85621
Coord C2 exon
chr4:85622-88099
Length
25575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTTATTTTTATTTCTTTCAGCTA
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGTGATCTCTAACCCAGACCTGGTCACCTGTCTGGAGCAAATAAAAGAGCCCTGCAATTTGAAGATACATGAGACAGCAGCCAAACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGAGACTGAATGAAGGAGAGGACACAGGCTAGGAGGCCAGAGGTCAGGAAGGAAGCCAGGCCTTCAAATGTAGTCTGGGAAACTGCGCCAATAAAAATAATTTCCGAAAAGGCTGCATTTTTTCTCTTATTCACAAATAGGGTCATCTTCTGTCCCATGCTCTTAAATCTTCTAAGAATTTCCTTTTTTTCTTCAGTGATCTCCAAGTTTACAAGGAGAGCCAATGTCCACTTTATCGCTTATAATGGGCTGCATAATCTGACTGCTGTTCCATTGCTTTTAGAGACATAGGAGTATTTGTATTATTGAGGACCTCTATGTTAAAGTATTTTTTCAAATATTATTTTCGCATCATGCCTAAAATACGTAAGGTGAGTAGTGGACATAATGGGATTTGGTTTAGAAATCTTAGGAACACCGAGGACAGATGTTGCATCTTTTCTGCTTAGTGATTTTTTTTTTTAATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTGACATACGTATACATGTGCCATGCTGGTGTGCATCACCCTGCTTAGTGATTTTTAATCCTGTAGAGGTTGCAAATGTAATTCTACAAAAACTCTTACTCAGCAATTTTATCAGAACAATAAGCGTTTTTCCAAATATGAAAAAATATGTTATTTTACTTCAAAATGTTATTTTGTATAAACTGAAATTTGTAATTTGAACTCTATATATATTCAAATTTTCAAATTACAATATAGTTTACAGCACAGGTTTTCAAACTCTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGGAAGAAGATTTGTCTTGGGACACACTTAAAATTATAAAATACACAAACAGTAATGATAGCCGATGAGCTAAGAAACAAGAAATAGGTTTGTGAATAATTTTTTTGATACCCATCACCACAGATAAGCAAAAACGTCCTCACACTCAAAGGATTGGATACCACTGGTTTAAAGTATCTACTCACCTTCTAGATTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGACCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTGCCCTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAATGGTTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACGGGGTTTCACCATGTCGGCCAGGCAGGTTTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCCACCTCTGCCTTCCAAAGTGCTAGAATTACAGGCCTGAGCCACCGTGCCTGGCCCGCCTTCTAGATTTCTTAAATGCACTATGTCATTAACCGGCTTAGAACATTCCTAAGTGTATATTAAGCTCTCAATTGTTACCTTATTTCTTGATAAACTATTATCTTATAATTTTGTCTTATTTAGTAGGAAGCCTCCTGGGATTCTGTCATTGAGCTATAATCCATCTATATGTAGAACTGTGTGTCACACACACATACACATACCTATATGAGTCATATATGTGTATAGGAAATTCTCGCTTAACATCATTGATAGGTTCTTGGAAACTGTAAGTAAAGCAACATATTGTTTAAGAAAACTAATTTTACCAGAGTTTAATAAATAAAAACAAGTTATGTTTGAATGGCATGTAACAACATTGTTTCATTTAAAGATGCAGTTTTCAAGAATCTATTTTGAACATTAAATGAAGACTTAACATACATCTGTGTTTGTGTGATACGGATTTTTCTGATAAAATTATATAACTATATTTAATTTGTACAATGTAATGATTTGATATGCATATACATTTTGAAACAAAATGTCAAGTTGATGAACACATTTATTACCTCACATAGATAACCATTTTTTTTTTTGTCACAAGAACACTTGAGGTCTACTGTTGTAGCAAATTGTAAGCATACTTTACAGTATTACTATAAAGACAATGCTATTTTGCTAATCTAATGCTAATGTACATTAGCTTTCTCAGACTTACTCAACTTACAACTAATCATTTGTACTCTTTGAACAGCATCTCCTCATATTCCCACCCTCAGGCACTAACAACCACCATTCTACTCTCTGTTCCTATGAGTTTACATTTTTAGATTCCTCATCTAACTGAGAACATGCAGTTTCTTTGTGTTTGGCTTATTTCACTTAGCGTAATGTCTTCAAGGTCTATCAATGCTGTAAATGGCTAGATTTCCTTCTCTTTTATGGCTGAATAGTATTCTACTGTGTGTGTATATATATAAATTTTTTTGGCTATTTTAAGCAAAACTAAAATGAACATGGGGCTGAAGATTGTTCTTTGAGGTACTAATTTTATTTCCTTTGGTAGTATTCCCAGAGGTGGTATTGCTGAATTATGTGATACTTTCATTTTTATTTTTTACTGATTTGTATGATGACTTTATCAATTTATATCTCACTAGTGGCATACAGGATTTCCCTTGTATGTATGTCTTCTTTGTGGGAAAAACAAAACTAACCTTTTGCCTATTTTTGAATAGGTTATCATCATTATTGTTTTGCTTTGAATTGCAGAAGTTTCTTACACATTTTGGATATTAACTATCAGATATATGGCTTGCAAATATTTTTCTATTGTGTAGGATTTTTTAAAATTTTGGTTTTTTCCTTTACTGTACAGAAGCTGTACACTTTGATGCAGTCCCACTCTTTTGTATTTTCTTCTGTTGCTGTGCTTTTGATGACATACCAAATTGCCAAGACCAATATCAACAAGGTTTTTCCATATGTTTTATTCAGGAGTTTTAAGCTTTTATGTCTTACATTTAAGTCTTTTATTTTGAGTTAATTTTGGGGTATGGTATAAGAAAATTTTATTTATGGTATAGTCTAATTTTATTCTTTTGCTTGTGGATATCCAGTTTTTCTGGTACCATGTATTGACAAGACTATACTTTCTGCATTGTATATTATTGGTGGCCTTGTCAAAGATTAGTTGACCTTGTATGCATGGATATGTTTCTGGGCTCCCTATTCTGTTGCATTGGTTTTTGTATCTGTTTTTATGAATATACTATACTCTTTTGATTACCATGACCTTTAAGTAAAGTTTGAAATTAGAAAGTATGATGTCCCCAGCTTTGTTCTTTCTCAAGATTGCTCAGGTTATTTTAAGTTATTTAAGATAACACATAAATTTTACAATTGTGTTTTCTATTACTGTGAAAAATGCCACTCAAATTTTGATAGGGATGACATTGAATCTCCATATCACTTTGGATAATATTCCTTGACAATATTAGTTATCCTAATGGAATATGTTTTCATTTATTTTTACCTACTTCAATTTCTGTCATCAATATCTTAACTGTGTTAGTGTATACATTTTTATCTCATCCTTTACATTTTAAAATTTATTTTATTTATGTACTTATTTTATGAGACAGAGTCTCACTCTGTTCCCTAGGCTGAAGTACAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCCCCGCCTCTCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTTGTGACCCAGCAGCACCCTTGTGACCCAGCTATGACCTTTCTTCTCAGCAACCCCAGAGGTAATCTTATCAGCCTGGGGACCCAATAAAAGGAGATCTTTACTTGCCAAAGATAGTTTTTTTTAGTGGAGATGGGGTTTTGCCATAGTTTATAGAAACTGTTAAGAGTTGTTAGATCCTTCAAATATACAGACATGGGGCTGTTTCAGGGACCAAAGCTGAGGCCAAGATCCACAAGCATGCCTCCAGGGCCACAGCTTCTACCTTAACATATTACTGAAAGTTTGTATCAGAACAATTAGACAAGGAAAATAACAAAGCTTTCCAGCTTGGAATAAAAGTAAAAATGTTACTGTTTGTAGATAATATAATTATGCGTATATACAAAACCCTAGAGTGAAACAACAAAAACTGAACTAATAAATGCATTCATTAAGGTATCAGGATACATGACCAACATAAAAATACTTGTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTGAGATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTCATCTCAAACTCCTGTGCTCAAGTGATCCACCTTCCTTGGCCTCTAGCCTCTGAAAGTGTGCAGGGACTACAGAAATGAGGCACTGCACCTGACCCTACATACAAATATTTGTTGCATTTCCATATAGTAACAACAAACTTTCCAAAAAAGAGAGAAAGTTTCCAATTGCAATAGTATAAAAATAAGGAACTTAATCAAAATAAATGTAAAGTGACCGAGCATAGTGACTCACACCTGTAATGCCAGCACATTGGGATGCCAAGGTGGGGAGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCCAGACTAGCCTGGCCATTGTGTCACAAGGGTGCTGCTAGGTCTGTTGTTTAAATGGCATATAGCAGCATTGTTTCATTTAAAGATGCAGTTTTCAAGAACCTATTTTGAACATTAAGTGAGAACTTACCATACATCTGTGTTTGAGTGATATGGGGTCTGCCTTTGATGGTTGTATTACCAGAGATTTGGACAGTCATGGATTCTTTCTGGGCCATGGAAAGATTAAATATCCTTGAGGACATTAATCTATATGGCAGGCAGTAGGGTAGGGTTTTACAGTTTGTCTGCATATGATGGCCCAAATACCATGTGTATGAATGGGATTGGCTTCTACTAACTACCTGGGAACAGGTTTCACAAGTCTCCATGTGGGTCCCTGAGTGTGTACAACTGGCCATGGACTGTGGCTGTGAGAGCTAGAACTGAGTCACAGGGCTGCTTCAAGGAGCACAGTTGAGGCCAAGATCTGCAGGCCTGCCTCCAGGGCCATGGCTGGGTGTGTTTCCCTGCAGGTCACTTGATGGGAAGGACCACTTTTGGACTATAGCTGAAGGAGTTTGAGAGAGGTTGCAGAACTGCTTTGTAATCTTCAGTAAGACCAA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197701-ZNF595:NM_182524:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

NonCoding

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
  • Autistic and control brains