HsaINT0187785 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197701 | ZNF595
Description
zinc finger protein 595 [Source:HGNC Symbol;Acc:27196]
Coordinates
chr4:59951-88099:+
Coord C1 exon
chr4:59951-60046
Coord A exon
chr4:60047-85621
Coord C2 exon
chr4:85622-88099
Length
25575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTTATTTTTATTTCTTTCAGCTA
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGTGATCTCTAACCCAGACCTGGTCACCTGTCTGGAGCAAATAAAAGAGCCCTGCAATTTGAAGATACATGAGACAGCAGCCAAACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGAGACTGAATGAAGGAGAGGACACAGGCTAGGAGGCCAGAGGTCAGGAAGGAAGCCAGGCCTTCAAATGTAGTCTGGGAAACTGCGCCAATAAAAATAATTTCCGAAAAGGCTGCATTTTTTCTCTTATTCACAAATAGGGTCATCTTCTGTCCCATGCTCTTAAATCTTCTAAGAATTTCCTTTTTTTCTTCAGTGATCTCCAAGTTTACAAGGAGAGCCAATGTCCACTTTATCGCTTATAATGGGCTGCATAATCTGACTGCTGTTCCATTGCTTTTAGAGACATAGGAGTATTTGTATTATTGAGGACCTCTATGTTAAAGTATTTTTTCAAATATTATTTTCGCATCATGCCTAAAATACGTAAGGTGAGTAGTGGACATAATGGGATTTGGTTTAGAAATCTTAGGAACACCGAGGACAGATGTTGCATCTTTTCTGCTTAGTGATTTTTTTTTTTAATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTGACATACGTATACATGTGCCATGCTGGTGTGCATCACCCTGCTTAGTGATTTTTAATCCTGTAGAGGTTGCAAATGTAATTCTACAAAAACTCTTACTCAGCAATTTTATCAGAACAATAAGCGTTTTTCCAAATATGAAAAAATATGTTATTTTACTTCAAAATGTTATTTTGTATAAACTGAAATTTGTAATTTGAACTCTATATATATTCAAATTTTCAAATTACAATATAGTTTACAGCACAGGTTTTCAAACTCTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGGAAGAAGATTTGTCTTGGGACACACTTAAAATTATAAAATACACAAACAGTAATGATAGCCGATGAGCTAAGAAACAAGAAATAGGTTTGTGAATAATTTTTTTGATACCCATCACCACAGATAAGCAAAAACGTCCTCACACTCAAAGGATTGGATACCACTGGTTTAAAGTATCTACTCACCTTCTAGATTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGACCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTGCCCTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAATGGTTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACGGGGTTTCACCATGTCGGCCAGGCAGGTTTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCCACCTCTGCCTTCCAAAGTGCTAGAATTACAGGCCTGAGCCACCGTGCCTGGCCCGCCTTCTAGATTTCTTAAATGCACTATGTCATTAACCGGCTTAGAACATTCCTAAGTGTATATTAAGCTCTCAATTGTTACCTTATTTCTTGATAAACTATTATCTTATAATTTTGTCTTATTTAGTAGGAAGCCTCCTGGGATTCTGTCATTGAGCTATAATCCATCTATATGTAGAACTGTGTGTCACACACACATACACATACCTATATGAGTCATATATGTGTATAGGAAATTCTCGCTTAACATCATTGATAGGTTCTTGGAAACTGTAAGTAAAGCAACATATTGTTTAAGAAAACTAATTTTACCAGAGTTTAATAAATAAAAACAAGTTATGTTTGAATGGCATGTAACAACATTGTTTCATTTAAAGATGCAGTTTTCAAGAATCTATTTTGAACATTAAATGAAGACTTAACATACATCTGTGTTTGTGTGATACGGATTTTTCTGATAAAATTATATAACTATATTTAATTTGTACAATGTAATGATTTGATATGCATATACATTTTGAAACAAAATGTCAAGTTGATGAACACATTTATTACCTCACATAGATAACCATTTTTTTTTTTGTCACAAGAACACTTGAGGTCTACTGTTGTAGCAAATTGTAAGCATACTTTACAGTATTACTATAAAGACAATGCTATTTTGCTAATCTAATGCTAATGTACATTAGCTTTCTCAGACTTACTCAACTTACAACTAATCATTTGTACTCTTTGAACAGCATCTCCTCATATTCCCACCCTCAGGCACTAACAACCACCATTCTACTCTCTGTTCCTATGAGTTTACATTTTTAGATTCCTCATCTAACTGAGAACATGCAGTTTCTTTGTGTTTGGCTTATTTCACTTAGCGTAATGTCTTCAAGGTCTATCAATGCTGTAAATGGCTAGATTTCCTTCTCTTTTATGGCTGAATAGTATTCTACTGTGTGTGTATATATATAAATTTTTTTGGCTATTTTAAGCAAAACTAAAATGAACATGGGGCTGAAGATTGTTCTTTGAGGTACTAATTTTATTTCCTTTGGTAGTATTCCCAGAGGTGGTATTGCTGAATTATGTGATACTTTCATTTTTATTTTTTACTGATTTGTATGATGACTTTATCAATTTATATCTCACTAGTGGCATACAGGATTTCCCTTGTATGTATGTCTTCTTTGTGGGAAAAACAAAACTAACCTTTTGCCTATTTTTGAATAGGTTATCATCATTATTGTTTTGCTTTGAATTGCAGAAGTTTCTTACACATTTTGGATATTAACTATCAGATATATGGCTTGCAAATATTTTTCTATTGTGTAGGATTTTTTAAAATTTTGGTTTTTTCCTTTACTGTACAGAAGCTGTACACTTTGATGCAGTCCCACTCTTTTGTATTTTCTTCTGTTGCTGTGCTTTTGATGACATACCAAATTGCCAAGACCAATATCAACAAGGTTTTTCCATATGTTTTATTCAGGAGTTTTAAGCTTTTATGTCTTACATTTAAGTCTTTTATTTTGAGTTAATTTTGGGGTATGGTATAAGAAAATTTTATTTATGGTATAGTCTAATTTTATTCTTTTGCTTGTGGATATCCAGTTTTTCTGGTACCATGTATTGACAAGACTATACTTTCTGCATTGTATATTATTGGTGGCCTTGTCAAAGATTAGTTGACCTTGTATGCATGGATATGTTTCTGGGCTCCCTATTCTGTTGCATTGGTTTTTGTATCTGTTTTTATGAATATACTATACTCTTTTGATTACCATGACCTTTAAGTAAAGTTTGAAATTAGAAAGTATGATGTCCCCAGCTTTGTTCTTTCTCAAGATTGCTCAGGTTATTTTAAGTTATTTAAGATAACACATAAATTTTACAATTGTGTTTTCTATTACTGTGAAAAATGCCACTCAAATTTTGATAGGGATGACATTGAATCTCCATATCACTTTGGATAATATTCCTTGACAATATTAGTTATCCTAATGGAATATGTTTTCATTTATTTTTACCTACTTCAATTTCTGTCATCAATATCTTAACTGTGTTAGTGTATACATTTTTATCTCATCCTTTACATTTTAAAATTTATTTTATTTATGTACTTATTTTATGAGACAGAGTCTCACTCTGTTCCCTAGGCTGAAGTACAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCCCCGCCTCTCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTTGTGACCCAGCAGCACCCTTGTGACCCAGCTATGACCTTTCTTCTCAGCAACCCCAGAGGTAATCTTATCAGCCTGGGGACCCAATAAAAGGAGATCTTTACTTGCCAAAGATAGTTTTTTTTAGTGGAGATGGGGTTTTGCCATAGTTTATAGAAACTGTTAAGAGTTGTTAGATCCTTCAAATATACAGACATGGGGCTGTTTCAGGGACCAAAGCTGAGGCCAAGATCCACAAGCATGCCTCCAGGGCCACAGCTTCTACCTTAACATATTACTGAAAGTTTGTATCAGAACAATTAGACAAGGAAAATAACAAAGCTTTCCAGCTTGGAATAAAAGTAAAAATGTTACTGTTTGTAGATAATATAATTATGCGTATATACAAAACCCTAGAGTGAAACAACAAAAACTGAACTAATAAATGCATTCATTAAGGTATCAGGATACATGACCAACATAAAAATACTTGTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTGAGATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTCATCTCAAACTCCTGTGCTCAAGTGATCCACCTTCCTTGGCCTCTAGCCTCTGAAAGTGTGCAGGGACTACAGAAATGAGGCACTGCACCTGACCCTACATACAAATATTTGTTGCATTTCCATATAGTAACAACAAACTTTCCAAAAAAGAGAGAAAGTTTCCAATTGCAATAGTATAAAAATAAGGAACTTAATCAAAATAAATGTAAAGTGACCGAGCATAGTGACTCACACCTGTAATGCCAGCACATTGGGATGCCAAGGTGGGGAGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCCAGACTAGCCTGGCCATTGTGTCACAAGGGTGCTGCTAGGTCTGTTGTTTAAATGGCATATAGCAGCATTGTTTCATTTAAAGATGCAGTTTTCAAGAACCTATTTTGAACATTAAGTGAGAACTTACCATACATCTGTGTTTGAGTGATATGGGGTCTGCCTTTGATGGTTGTATTACCAGAGATTTGGACAGTCATGGATTCTTTCTGGGCCATGGAAAGATTAAATATCCTTGAGGACATTAATCTATATGGCAGGCAGTAGGGTAGGGTTTTACAGTTTGTCTGCATATGATGGCCCAAATACCATGTGTATGAATGGGATTGGCTTCTACTAACTACCTGGGAACAGGTTTCACAAGTCTCCATGTGGGTCCCTGAGTGTGTACAACTGGCCATGGACTGTGGCTGTGAGAGCTAGAACTGAGTCACAGGGCTGCTTCAAGGAGCACAGTTGAGGCCAAGATCTGCAGGCCTGCCTCCAGGGCCATGGCTGGGTGTGTTTCCCTGCAGGTCACTTGATGGGAAGGACCACTTTTGGACTATAGCTGAAGGAGTTTGAGAGAGGTTGCAGAACTGCTTTGTAATCTTCAGTAAGACCAA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197701-ZNF595:NM_182524:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NA

Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)