HsaINT0187785 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000272602 | ZNF595
Description
zinc finger protein 595 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27196]
Coordinates
chr4:60058-88211:+
Coord C1 exon
chr4:60058-60153
Coord A exon
chr4:60154-85730
Coord C2 exon
chr4:85731-88211
Length
25577 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GTTATTTTTATTTCTTTCAGCTA
3' ss Score
8.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGTGATCTCTAACCCAGACCTGGTCACCTGTCTGGAGCAAATAAAAGAGCCCTGCAATTTGAAGATACATGAGACAGCAGCCAAACCCCCAG
Seq A exon
GTAGGTGAGACTGAATGAAGGAGAGGACACAGGCTAGGAGGCCAGAGGTCAGGAAGGAAGCCAGGCCTTCAAATGTAGTCTGGGAAACTGCGCCAATAAAAATAATTTCCGAAAAGGCTGCATTTTTTCTCTTATTCACAAATAGGGTCATCTTCTGTCCCATGCTCTTAAATCTTCTAAGAATTTCCTTTTTTTCTTCAGTGATCTCCAAGTTTACAAGGAGAGCCAATGTCCACTTTATCGCTTATAATGGGCTGCATAATCTGACTGCTGTTCCATTGCTTTTAGAGACATAGGAGTATTTGTATTATTGAGGACCTCTATGTTAAAGTATTTTTTCAAATATTATTTTCGCATCATGCCTAAAATACGTAAGGTGAGTAGTGGACATAATGGGATTTGGTTTAGAAATCTTAGGAACACCGAGGACAGATGTTGCATCTTTTCTGCTTAGTGATTTTTTTTTTTAATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTGACATACGTATACATGTGCCATGCTGGTGTGCATCACCCTGCTTAGTGATTTTTAATCCTGTAGAGGTTGCAAATGTAATTCTACAAAAACTCTTACTCAGCAATTTTATCAGAACAATAAGCGTTTTTCCAAATATGAAAAAATATGTTATTTTACTTCAAAATGTTATTTTGTATAAACTGAAATTTGTAATTTGAACTCTATATATATTCAAATTTTCAAATTACAATATAGTTTACAGCACAGGTTTTCAAACTCTTGGCTTCCCTGGGCCACATTGGAAGAAGATTTGTCTTGGGACACACTTAAAATTATAAAATACACAAACAGTAATGATAGCCGATGAGCTAAGAAACAAGAAATAGGTTTGTGAATAATTTTTTTGATACCCATCACCACAGATAAGCAAAAACGTCCTCACACTCAAAGGATTGGATACCACTGGTTTAAAGTATCTACTCACCTTCTAGATTTCTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGACCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTGCCCTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAATGGTTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACGGGGTTTCACCATGTCGGCCAGGCAGGTTTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCCACCTCTGCCTTCCAAAGTGCTAGAATTACAGGCCTGAGCCACCGTGCCTGGCCCGCCTTCTAGATTTCTTAAATGCACTATGTCATTAACCGGCTTAGAACATTCCTAAGTGTATATTAAGCTCTCAATTGTTACCTTATTTCTTGATAAACTATTATCTTATAATTTTGTCTTATTTAGTAGGAAGCCTCCTGGGATTCTGTCATTGAGCTATAATCCATCTATATGTAGAACTGTGTGTCACACACACATACACATACCTATATGAGTCATATATGTGTATAGGAAATTCTCGCTTAACATCATTGATAGGTTCTTGGAAACTGTAAGTAAAGCAACATATTGTTTAAGAAAACTAATTTTACCAGAGTTTAATAAATAAAAACAAGTTATGTTTGAATGGCATGTAACAACATTGTTTCATTTAAAGATGCAGTTTTCAAGAATCTATTTTGAACATTAAATGAGGACTTAACATACATCTGTGTTTGTGTGATACGGATTTTTCTGATAAAATTATATAACTATATTTAATTTGTACAATGTAATGATTTGATATGCATATACATTTTGAAACAAAATGTCAAGTTGATGAACACATTTATTACCTCACATAGATAACCATTTTTTTTTTTGTCACAAGAACACTTGAGGTCTACTGTTGTAGCAAATTGTAAGCATACTTTACAGTATTACTATAAAGACAATGCTATTTTGCTAATCTAATGCTAATGTACATTAGCTTTCTCAGACTTACTCAACTTACAACTAATCATTTGTACTCTTTGAACAGCATCTCCTCATATTCCCACCCTCAGGCACTAACAACCACCATTCTACTCTCTGTTCCTATGAGTTTACATTTTTAGATTCCTCATCTAACTGAGAACATGCAGTTTCTTTGTGTTTGGCTTATTTCACTTAGCGTAATGTCTTCAAGGTCTATCAATGCTGTAAATGGCTAGATTTCCTTCTCTTTTATGGCTGAATAGTATTCTACTGTGTGTGTATATATATAAATTTTTTTGGCTATTTTAAGCAAAACTAAAATGAACATGGGGCTGAAGATTGTTCTTTGAGGTACTAATTTTATTTCCTTTGGTAGTATTCCCAGAGGTGGTATTGCTGAATTATGTGATGCTTTCATTTTTATTTTTTACTGATTTGTATGATGACTTTATCAATTTATATCTCACTAGTGGCATACAGGATTTCCCTTGTATGTATGTCTTCTTTGTGGGAAAAACAAAACTAACCTTTTGCCTATTTTTGAATAGGTTATCATCATTATTGTTTTGCTTTGAATTGCAGAAGTTTCTTACACATTTTGGATATTAACTATCAGATATATGGCTTGCAAATATTTTTCTATTGTGTAGGATTTTTTAAAATTTTGGTTTTTTCCTTTACTGTACAGAAGCTGTACACTTTGATGCAGTCCCACTCTTTTGTATTTTCTTCTGTTGCTGTGCTTTTGATGACATACCAAATTGCCAAGACCAATATCAACAAGGTTTTTCCATATGTTTTATTCAGGAGTTTTAAGCTTTTATGTCTTACATTTAAGTCTTTTATTTTGAGTTAATTTTGGGGTATGGTATAAGAAAATTTTATTTATGGTATAGTCTAATTTTATTCTTTTGCTTGTGGATATCCAGTTTTTCTGGTACCATGTATTGACAAGACTATACTTTCTGCATTGTATATTATTGGTGGCCTTGTCAAAGATTAGTTGACCTTGTATGCATGGATATGTTTCTGGGCTCCCTATTCTGTTGCATTGGTTTTTGTATCTGTTTTTATGAATATACTATACTCTTTTGATTACCATGACCTTTAAGTAAAGTTTGAAATTAGAAAGTATGATGTCCCCAGCTTTGTTCTTTCTCAAGATTGCTCAGGTTATTTTAAGTTATTTAAGATAACACTTAAATTTTACAATTGTGTTTTCTATTACTGTGAAAAATGCCACTCAAATTTTGATAGGGATGACATTGAATCTCCATATCACTTTGGATAATATTCCTTGACAATATTAGTTATCCTAATGGAATATGTTTTCATTTATTTTTACCTACTTCAATTTCTGTCATCAATATCTTAACTGTGTTAGTGTATACATTTTTATCTCATCCTTTACATTTTAAAATTTATTTTATTTATGTACTTATTTTATGAGACAGAGTCTCACTCTGTTCCCTAGGCTGAAGTACAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCCCCGCCTCTCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCGCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTTGTGACCCAGCAGCACCCTTGTGACCCAGCTATGACCTTTCTTCTCAGCAACCCCAGAGGTAATCTTATCAGCCTGGGGACCCAATAAAAGGAGATCTTTACTTGCCAAAGATAGTTTTTTTTAGTGGAGATGGGGTTTTGCCATAGTTTATAGAAACTGTTAAGAGTTGTTAGATCCTTCAAATATACAGACATGGGGCTGTTTCAGGGACCAAAGCTGAGGCCAAGATCCACAAGCATGCCTCCAGGGCCACAGCTTCTACCTTAACATATTACTGAAAGTTTGTATCAGAACAATTAGACAAGGAAAATAACAAAGCTTTCCAGCTTGGAATAAAAGTAAAAATGTTACTGTTTGTAGATAATATAATTATGCGTATATACAAAACCCTAGAGTGAAACAACAAAAACTGAACTAATAAATGCATTCATTAAGGTATCAGGATACATGACCAACATAAAAATACTTGTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTGAGATAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTCATCTCAAACTCCTGTGCTCAAGTGATCCACCTTCCTTGGCCTCTAGCCTCTGAAAGTGTGCAGGGACTACAGAAATGAGGCACTGCACCTGACCCTACATACAAATATTTGTTGCATTTCCATATAGTAACAACAAACTTTCCAAAAAAGAGAGAAAGTTTCCAATTGCAATAGTATAAAAATAAGGAACTTAATCAAAATAAATGTAAAGTGACCGAGCATAGTGACTCACACCTGTAATGCCAGCACATTGGGATGCCAAGGTGGGGAGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCCAGACTAGCCTGGCCATTGTGTCACAAGGGTGCTGCTAGGTCTGTTGTTTAAATGGCATATAGCAGCATTGTTTCATTTAAAGATGCAGTTTTCAAGAACCTATTTTGAACATTAAGTGAGAACTTACCATACATCTGTGTTTGAGTGATATGGGGTCTGCCTTTGATGGTTGTATTACCAGAGATTTGGACAGTCATGGATTCTTTCTGGGCCATGGAAAGATTAAATATCCTTGAGGACATTAATCTATATGGCAGGCAGTAGGGTAGGGTTTTACAGTTTGTCTGCATATGATGGCCCAAATACCATGTGTATGAATGGGATTGGCTTCTACTAACTACCTGGGAACAGGTTTCACAAGTCTCCATGTGGGTCCCTGAGTGTGTACAACTGGCCATGGACTGTGGCTGTGAGAGCTAGAACTGAGTCACAGGGCTGCTTCAAGGAGCACAGTTGAGGCCAAGATCTGCAGGCCTGCCTCCAGGGCCATGGCTGGGTGTGTTTCCCTGCAGGTCACTTGATGGGAAGGACCACTTTTGGACTATAGCTGAAGGAGTTTGAGAGAGGTTGCAGAACTGCTTTGTAATCTTCAGTAAGACCA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains