HsaINT0188068 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000147121 | ZNF673
Description
zinc finger family member 673 [Source:HGNC Symbol;Acc:26007]
Coordinates
chrX:46322633-46334074:+
Coord C1 exon
chrX:46322633-46322743
Coord A exon
chrX:46322744-46332184
Coord C2 exon
chrX:46332185-46334074
Length
9441 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ATTCATTCATTTTCTTCTAGAAG
3' ss Score
6.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTATCTAGTTGCGAAGCCAGATGTGATCTTCAGGTTGGGACCAGGTGAAGAGTCCTGGATGGCAGATGGGGGGACCCCGGTACGGACCTGTGCAGGTGAGGACAGGCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000147121-ZNF673:NM_001129898:5
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.091 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)