BtaINT0165948 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002956 | ZNF674
Description
Bos taurus zinc finger family member 674 (ZNF674), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102010]
Coordinates
chrX:102851711-102880558:-
Coord C1 exon
chrX:102880460-102880558
Coord A exon
chrX:102854679-102880459
Coord C2 exon
chrX:102851711-102854678
Length
25781 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
ATCATTGCATTTTTCCCTAGAAT
3' ss Score
8.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GATACCTTGTGGCCCAGCCACATGGGATCTTCAGGTTGGGACAAGGAGAAGAGGAAGCCAGGATAGCAGCTGGAGAAAGCGTGATATGGAGCTGTCCAG
Seq A exon
GTAAGCCCATGCCAGGCCAGCTGGGCCAGATAAGGGGACCTTCACGGCTCAGGGAGATCTTGGCCTCAGCGGCATGCCCAGGAACTTGTCTCAAAAGCCCCAGGCTTGGAGACACAACTGAGGGCTGATGGAACAAGCTGCTGTGATAGCTACATGATGTCCCACCTGCCACCCCTCTGCAGCCCCTTATTCTTGGGGTTCAGAAAGAGGCAGCTGCTATTGTTCTCTAGATCCTGTCTCCACCTTCTAGCATCTCCAGTATAGGGAGATGTGCCTAGGTTTGTCTCTTTCCTCTTCCTCCCCCTTTCTGAAAGCTGTTAAACCTTCTCTCTTGGGTATTCACATGTTCATCAGAAGCCAAGCAGATGAAAGGATGATCTTTCCTCTTTATTTGGCATATTGTGGGCCCTTAAAGTCTGAAATGCAGTGTCTTTTACCTCAGGGAAATTATCCTGCCTGGTTTATTAATTTATTGGAGTTGGGATGGACAAAAGAGCTTTGCTTAGTGACCTTCAGCTCTACCAGGCCAGGTACCACTGTGTCCTTGTCTGTTCTCAGTTTGAGGCTAAACAGTGTCAACTTCACACAGATTTCTGTTTGCTTATTTCTCTCAGGCCATTCCAAATCTAACTTGATTCCACCTGTTGTCAGATTCCTCCTCTTATCAATACTTCCCTCCTGCTTAACTCTTTTGTCTTTTGTATTATCTCTGTCTATTAAAATAAGTAAACCTGAGAGCATATTACTTACACAGTGGTATGCTTCAGTGAGCACTGTCTGCTTTCCTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTCAGGGTCCCTTATGGTGACCGAGGAAGTCTTGAGACATTGCTCTTCGTCTTTTTCTCTCCCACTCTTGGTGGTTACCCTTCACTGCACTCCATGGACCAGCAGCCTGGGCATGGCCTGGGCTCAGAGTAGAAGTGCAGATTTGGGATCCATTTCAGCTTTACTGAATCTGCATCTGCTTTTCAACAGCTGTTCAGAGATTAGTTTCATGGCTGCAGCTGTAGTCAGACAGGCCCAGCTGATTCCAGGTGACTCTCTAGATGGCTTCCCTAGAGTCCACTCCTGCCTGGCAGGTGCACCCTCTCACTCAGAGCATCCCTGAACCTTCTCCCAGGGACATTTTGACCTACAGTTTCCTCTTTATCAATCAATCCCATATCTGCTGCTCCATAGAGATTCATCAGGGTTTCTGGTCTGCAGATGGCCTGCTTTTTCCTGCTTCCAGTGTTTCCAGGAATTGAGTCTCATTCTTATTTCAATATTAATTGTGGAAGGAGGAAGCACAGACTCAAAGGCAGCTTCCATCCTTTGAAGACACATTTCCCATGTTGAGTCTGAGTGTGCAGAACAGTCTGGGATATGAAGTAATTTCAGTGCGTTTGCAGTCACACCTCCAAGGGCAGCTTCTTTTCAAGGTTTCTAATTCCTCTGATGAGCATCTCCAAAGGTCCAGGGAATACCTTCACACCTATATTTCTCTGTTCGCTTTCCCTCCTATGAAAAATAAGGATTTAGTTCAATTAACCTTGGTCTTCTGCTCTGCAGGGCTTCACAATGTTCATTAAATTTTTATTTTTCCTTTCTTTGTTGGCTATCTATGTAACTTTCAGCAACATTGCTAAGCTTCTGTTTTTGCATTCCAGTTGGTAACTTTCTTTAAACCATAGCCAAAAGCCTGTGGTTTAATTTTCTACCTGGAACACAAACCCCTAGAGGCAAGAGTCCATATCTTATTCTCATTCATCCAGGTGTGGGGCTGTAGAGGCACTAAGTAAGTATTGCTTTGATTGTTTTGGACTGGGGCAGAGGAAGGAGGTTTGTTATTCTTCCATAGCCCAGTGGTGAAGAGCTTGGACTTGGGAGCTCACAGCCTAGATTCAGATTCTAGCTTCTTCACTCACAAGCTGTCACTTTGTACACGTGACTTAGCTGCTCTTTGCCTGTTTGTAGAATGGGGCTAAAGGCTAGAACTTACAGGACGGACAGAATTTAATGCATTGATAAATGTCAAGCACCAAAAAAATGTGTGTAGAAATAAAGGAAGTTCTCAATATATGTTATCACTCTTTGTATTGTTGTTATTAGCCATATGGAATATATGTAATGGTTGTCAACCAGAGGTGTATCACCTGTGGAGGCCTACTTATGTGCATTGTCACATTCCAGATAGTTCTGATATCCATGTCTAGTTCAGATTCATTGCTTTAAATGTCTGCTGACAGAAGTTCAAAGGACTGTGAGACTTAGCAAGGCCATCACCCAGGAGCATGGGTCAGATGGGATAGTAAATAAGAGCACACAGCCTCACTACCGGATAGCTTGGTTCTCTTCCCCCATTCCTCCATTCTTCAAGCTACTTCAGGGCTTATATTTTCCTCTAGGCCCTGGATGAAATCTCTGACAGATCTCATAAATTCTCGGATTGTTCAGAGATAATAAAAATCTTCTGTCAGGATCCACATATCAAGAGTAGCCTTGCTGTCATATTTATTATTTTCAATTTGTTGAGGTTTTCACAGAAAGAACTACCTTTGTTAATTTTCTTTATTGTGTTTTCCATTTTGTTGATTTCTCCTTTTACATTTATTTCCATTTCTACTTCTTTGGGTTTACTTTGCTGTTCTGTATCAGTGTCTTTTTCCCTTCAACATTTTATTATAAAAATTTTCAGACAAAACAAGCAAAATAATTATAGTTTGAACATCCATGTAATACCATTTAGATTCTACAATGAATGTTTTGCTGTATTTGCTTTATTGCCTATCTGTGTGCTAATTCCTCTCTTCTTCCATCGGTCTCCCTTTTTTTTGTGTGTGGAATGCATTTCAAAGTGAGTTGTGGATATCAGTACACTTCACACCTAAATACTCCCACAGGCATGTCATTAACTAGAATAAAATATTTCTTAGTATTTTTTCTATCCTTAATGCTTAACAGGTATTTTCATAAAAGGAAATGCAAAACTAGCACAATATGATCGTGGGTTGTATGTGGTAGTGTTTTAATGTAATTTCCAGATGCATTTTCCATGTACTGTCATGATATATGTAACTCCAGTGTCTTCTTGAAAATGAGGTTTGGGTTATTGAGGTATAATTTATATACCATGAAGTTCACCTCTCTTAAGTGTACAGTTCTATATATATTGACAAATATATAGTCATTTAAATACCACCACAGTCAAGCTATTGGACATTTTCATTCCCCTAAAACATTGGCTTGTTCCTGTTTACAATTAAACTTCTCCCCTACTCTCACATCTGATCTTGTTTCTTCTAGTTTTGTTTTTTTCTAGAATGTTATACAAATGAATCTTATAGTATATAGCCTTATGCATCTTGCTTCTTTCATTTACCTTAATGCTTTTTAGGTTCATCTGTGTTGTGACATGTTTCAACAGTCTGTTCCTTTCTGTAGTCAAATGATACTCCATTTGCTTACCATAGACCAAGATATGTACTTTTGAATTTTTTCTTATTTTTGGTTATTATGAAAGAAGCTGGTATGAACACACTCATGTTTAGGCATTCGTGTGGACATATGTTTTCATATTTTGGGGGTAAATAGAGTGGGATTGCTTGGTCATGTGGTAAGTGTATGTTTAACTTCACAAGACATTACCAAACTGTTTTACAGTGTAACTGTACCATTTTGGATGCCTACCAGCAACATATAAGAGTTCCAGTGTTTTGCTCTCTTGACAGCACTTGGTATTATTAGTATTGTTAGTCTTTCTAGAAGCTGTGTAAGAGTAGCTCATTGTACAATTAATTTGCATTTCTCCAATAACTGATATTCAGCATCTTTTCATGTTCTTTTGTTTGCCATCTATATATCTTTGGTGAACTATTTGTTGTAATCTTTTGCCATTTTTGTTATTATTAAATTGTGAGAGTTCTTTATATATTCTGGATGCAAGCCCTCTATCACTATGTGTTTTCCAAATCTTTACTCCCATGTGTGGCTTGTTTTTATCTTAACAGTATCTTTCCCAAAAAAGACATTTTTAATTTTGATAAAGTCCAATTTATCAAATTTTTCTTCTACAGTTCATGCTGTTATACCCTGTATAATAATTCTCTAACACAAGGTAACAGAGATTTTCTCATATTTTTATTTCAGAGGATTTATAATGTTAGCTCTTATATTTATCAGGCTTTCCTGATAGCCTAGTTGGTAAAGAATCCACCTGCAATGCAGGAGACCCCGGTTCAATTCCTGGGTCAGGAAGATCTGCTGGAAAAGGGATAGGCTACCCACTCCAGTGTTCTTGGGCTTCCCTTGTGGCTCAGTTGGTAAAGAATCCGCCTGCAATGCGGGAGACCTGGGTTTGATCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGAAAGGCTACCTACTCCAGTATTCTGGGCTAGAGAATTCCATGGACTGTATAGTCCATGAGGTCACAAAGAGTTGGACACGACTGAGTGACTTTCACTTTCACTTATATTTAGGCCCATGGCCAATAATGAGATGAATATTTTTACCTGGTACGAGTTAAGGGTCATTGTTTTCCTTTTTTTTGGCATATGCATATTTAATTGTTCAAGCAGCATTTTTTAGAATACTGTCTCTTCTCCATTGACTTACCTTGGTACCCTTATCAAAAACAGTTGAGCACATATGCATTGATCTGTCTGCCACAGGTATCAGGTACAGGTATCAGGTACAGTGAATCTTCCAACTTTGTTCTTTTCATAATGTTTTGGTCCTTGATATTTTCACATAAATTTAAAAATCAGCTTGCCAATTTCTGCATGAAAGCCTACAGGGATTTTGTTTGGGATTACTTTGAGTCTGTGGATCATTGAAATACTAAGAATATTGAGTCTTCTAATTCACAAACATAGTGTATCTCTCAATTTATTTAGGTCTATAAAAATTTATCTCATTATATCAGTAATATTTGGTAGTGCATAGGTCTTGCATAGGGAATACAACTGCAATTTA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]