HsaINT0188204 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000242852 | ZNF709
Description
zinc finger protein 709 [Source:HGNC Symbol;Acc:20629]
Coordinates
chr19:12577538-12595632:-
Coord C1 exon
chr19:12595469-12595632
Coord A exon
chr19:12577665-12595468
Coord C2 exon
chr19:12577538-12577664
Length
17804 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
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3' ss Score
5.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GACTCAGTGGTCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGGTCCCTCTCAGAAGAAACTCTACAGAGATGTGATGCAAGAAACCTTTGTTAACTTGGCCTCTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000242852-ZNF709:NM_152601:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.041
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)