HsaINT0188247 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr7:63529892-63538927:+
Coord C1 exon
chr7:63529892-63529987
Coord A exon
chr7:63529988-63537653
Coord C2 exon
chr7:63537654-63538927
Length
7666 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GGTTCTTTTTTTTTTTTCAGCTG
3' ss Score
9.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTGCTATCTTTAAGCCAGACTTGATTACCTATCTGGAGCAAAGAAAAGAGCCTTGGAATGCGAGGAGACAGAAGACAGTAGCCAAACACCCAG
Seq A exon
GTAGGTGGGAGTGAGTGAAGCAAATGACATAAATGACGGTTCCCAATGTCAAGGAGGAAGCCAGACCTTGAAACATGCTTCCAGAAGCTCTGCTCCAGTGGAAATCGTTTCTGAGAAGCCTTCATTTCTTTCTCTTGCTTTAACATAGGGGAATTTTTTGTCCCATTCTTGTGAATTTTCTAAGCACTGTACATCCCCTTCAGTAATGTGTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGTTTTTTTTGTTTTTTGTGGGTTTTTTGAGTTTACAGTGATAAAGTCTTTTTCATGCCTTAAAAGAAAATGTGTGATTTGACTGCTTTTCCATTGCTTGGGGGAAACAGCAGTATCTATTTTTGAGAAACTATATTAAACCATTTTTTTAAGTTCTGTTTTTGGATAATGTCTAAATGTAGAAGTTTTGGTGATATTGCAATTTGGATCAGAAATCCCAGGAACACCACAAAAAGATGTGTGCTTCCTGCTTTATAATTTTCTATTCTATGGAGGCTTCAAATGTGATTTTACAGAAATTTATACTCAGTAATTATATTAAAACACTAAGCATCTCCCTAAATGAAACAAACTCTAAAATAGTATTACTTCAAATGTTATTCTTTTCATATAAACAAATGTTGGCAAATGTGGCCAAATTCCTCAACTGTAATATAGTTCAGTGTATCTACTTCATACATTTATTAAATATACTGTGTCATTGGGGAGCTTGCAACATTGTTGAGTACATATTAAACTCCCAATCTTTATTTTAAATGACATCATTTTGTGATTTTATTTAGTATAAAGCTTACTGTGACTGTGTCATTCATATGTATGTATATAAACATGTGTATATATGAATGTGTATGACAGAGACATATAATACCAGTAACGTCAATTTTTTCACAAATAATAATTGAATACCTATATATTATATATAATGTATTGATTTTATATCTGTATACATAATGAAATGATTAATACAATCAAATTAATGAACAATTTTATAACCTTACATACTTACTTTTTTGTAGTGAGAACAGTTAAGATCTCTCAGCAAATATTCAGCATACCTAACAGTATTACTTTCTATAATCATAAAGCTATACCTTAGGTTACCATAACTTATGTCTTTTCACTGAAAATTTGTACCATTTGAACAACATATCCCACTTTCCCCACCTCTAGGGCCTAGCACTCACCTCTATACTCTCTTCTTCTAGGAGTCCAACCTTATTATATTCTCCATAGAGGTGAGATCATACAGTATTTGTCTTTCTGTTTCTGTGATGTTTCACTCGGCATAACGTCATCTAGGTCCACCCATGTTGTAGAATGTCAGGGTTTTATTATTTTTTATGGCTGAATAATATTCTGTTTTGTATATATACCATGTTTTTTTTTTGTGCAGTCAGTTTCCACAAACACTTTAGATTGCTTTTGTATCTTGACAATTGTGAAAAATGCTTCAATGAACATGGAGGTGCAGGTATTTCTTTGAGATAGTAAATTTATTGTATATGCAGAAATGAGATAGCTAAATTGTACAATAGTACTATTAAAAATTTTTTTAAAGAACCTTCATACTGGTTTTCATAATGTCTCTAAGAAATTACACATCACCAAGAATGTACATCATTTTTTTTCTTTAATATATTCTTGTCAACACTTGTTATAAATCTTCTTTTTGGTGTTAGCAGTCCTAACAGGTATAAAGTAATATCTCACCATGAATTTAATTTGCATCTGCCAGATTGGTGACATTGAGCACCTTTCTACATACCTGTTGCCCAACTATATGTTTTCATTAATTAACATTTATTTAGTCCTTGACTTATTTTTAAATCTTGTTATTATTACTGCTATTATCATTATAGTTGCCTTTTATTTATATGAGTTTCTTATGTTTCTTATGTGTTTTTGATACTAACCACTTATCGGATATGGTTTTCTTATACTATTTTTTCTTGGTTATGCAGAAGCGTTTTAGTTTGATGCAGTTTAATTTGTTTATATTTGCTTTCATTGCTGTACTTTTCTGTTGTATCCCAAAATTCATTTTCAAAACCAATATTAAGGTTTTAAACTATGTTTTCTTTTAAGATTATTAAGAATTTTGTCATAGAGTCCTTATTTTATATTTAGTTAATTTTAAATACAGTGTAAGAAAAGTGGTCTAATTTTATTCTTTTACTTCTGGGTATTCCCTTTTCCCAGCCCCAAGCATGGAAGAGACTGTACTTTCTGCACTGTGTGTTCTCTGTGGCTCAGTGTCAAAGATGAGTTGATCTTACATGATTTGTTTCTGGGCTCTCCATTCTGCTCCACTGATATCGGTGTGCATTTTTATCCACAGAGCATCCTGTTTTTATTACAATAGCCTTCAAATGTAGTTTAAAATTAGAAAGTATAATGCCCCTAGCTTTGTTTTTAATTCTCAAAACTGCTTTGGCTATTTAAAGTTTCTTGTAATTACATATAAATTTTAAGATTGAATTTTCTATTACTTCGAAAAATTGTACTAAAATTTTAATAGGGGATTTATTGAATCTAAATTTTCCAATTTTATAGACTGATTTCAGCAGGTACAAATCTTCTCTTGGGTCAGTTAGCTGATAGAATCTTTTTGGGTATGCAGTGGAGAGGGGTTATACGTGGGTCACATGGCTGCTTCTTGGTCTGTTGTGGAGTTTGCCTTTAGTGAGTTTGTTACCAGGAGCCTGGGTAGTTGTTAATCCTGTCTTATTTCTTGGCAGACTGAATTGCCTTTAGGACTTTGATCTGTAGGGCTAGCACTAGGGCAGAGTTCTGCAGTAGGTTTGGCATATGGTGTGCCTGATGTGTGTTTCTTACTGAGTATGTGGCAGGATTTCCTCAGGTCACTCTCTGGGCACCTAGATTGGCAGAACTGGCCACAAACTGTGACTATCGGTGCTGAAACTGAGTCACTGAACTGTTTCAGAGAGCACAGTAAAGGCCAAGGTCTGCAGACCTACTGCTGTAACCACAAATAGGCATCTTTCTTTGGGTCTCTGGATGTGCAGAACCACTCCTTGACTATGGCTGGAAGGAGCCGGAGATAGTTATAGAGTCACTGCAGAATTTTAAGTGGGTCAAAATAGGTGAACCATTTCTTGGTCTGTAGCTAAGACCAAGCATTTTCAAGTTTGCCGCCTGAATGAGGGCCTGCCTTTTCAAAATGACTCCAATCAATCTTTAGTTCTAGCAGGTTTTAAAACCCTCTCCCTGAAAAACAAAATTATGATAAAAGTCTCTTCTTTGATAAGGGGTCTCACCGTATCACCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTAAAATGATTCTTCTTCTGCCTCACCCTACAGAGTTGCTAGGATTACAGGTGTGAACCACCAAGTCTGTCTATTTCTTATAAGACTGTTCTAGGGGTAATGAACACCCTTACCTTTTGTTCATATTAGAAAGTCTTTATTTTTTTCTTATTTTTTAAAGTAAATTTCTCCCAGATTAAGTATCCTTGATTGGTAGCATTTTTTTTTCATCACCTTGAAATTTGGGAAGTTCTTAGGCCCTTTTTTTGTTTAAATAACCTCTGTATGACTTTTCCCCTGCATTCTTCTTCAAAGACTGCTTTCATGAATATATTGGTCTCCTTAATGGTATCTAATAAGTTACATATTCCATGTTGATGTTTTTCAATTTTTTGTGTGTTTTTTTTTTTCATGACTCAATATTTATAAGTAACATGTCTTTAGTTTTCTGATTTTTGTTTTCTGGTCAATTATTCTATTGTGACTCTACAAAATTTTTCAACAATTATTTTTCTGTTCCACGATTTCTACTGGGTTCTTTTTTTTCTTTGTTCTATTTTTGAGTTATTGAGCATACTTAGTATCATTATTTTGACATCTTTGTCGGATAATGCAAAGATCTTCTTTTCTTAAGGATTGAGTTTTGGAAATTTATTTCTTTAAGTGGGGTACGTTTTCTGTCTTTTTTATGTCATGTCATCCTTTTTTGAAATTTGGAAACTTAAAAACAGCCATCTAATCTAATATTTAAAGACTTGCTTAAAGACTGGCTATAGCAATGGGCCGGGCTATAGATTTTCAGTGCTTCACAAACATGTTCTCAGTTGTCTTTGGATTTTTGTGTGTAATTTCTAAGATAAAGAGACTTTTCCTCATTTTCTTTTCAGATTCTATAATCTTTTGCTTCCCTAGTTGACTGTGGCATTGCAATTCCTCTAGTATTGTAACAAGCATTCACCTTTCTTCTAGCACATACAAACTATAATTCTCATTACTCCATCATTTTCATATTAAGGGAGACAGACTCTATTAATTGGACAGTCTCCTATAATTTCATAACTTTAAACAGACCCACTGTTCTAGATCTCTCCTGAGGGTAGTACTGGGAGTTGATTGTGCTTTACTTAGCCTAATTGGTGTTGAGGGAAAGAAAGGTTGGGTTGGAAAGTCTTTAAGCTAGACCTGGTTACCTTCTGCATCATAGAAAATATTACTGGAGTGTGAAAAGAGTGGAAAGAATAGTTTACACTCAGAATGATTTGGTAGATAACACATGTGAAATGTCCAAAGGCGAAGGAGAAAACAAGAGTTTAAATTGTGGATTGGGAAGCTGTTCTCCAATGGAATTGATTCTTGAAAAACCTCTTACTGTCATGGAAGAAAATTTTTTGATGCATACTTATTAGGCTTTTGAATTCTCTAAATCTTCAGTTTATTTAATAATCTGCTGGTGCCTTCACAGTGAGAGACAAACTCATATTTTTGCTGTGAGGATCTAAATAATGTAACTGCTCTTCTGTTGCTTTGAGGGATTTGGAAAATTTGTGCAGATTTTTGGAGACCACTATGTTAAGCTGTTTTTAAAAATCTGTTTGTGCCTTATGTTAGACATCTGTGAGAGGAGTAGGGGAGACATTGAGATTTGGTCGAGATTTGAGAGAGGCCAGGGACAGATGTCATATGTTTTCTGCTTTATAAT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Seq C2 exon
CTGGCTCTTTGCATTTTACTGCAGAGATATTGCTGGAGCACGACATAAACGATTCATTTCAAAAAGTGATCCTGAGAAAATCTGGAAGCTGTGACCTTAATACTTTACGTTTAAAGAAAGACTACCAACGTGTGGGTAATTGCAAGGGGCAGAAAAGCAGTTATAATGGCATTCATCAATGTTTGTCAGCTACCCGTAGCAAAACCTGTCAATATAATAAATGTGGCAAAGCTTTTGGGTTGTGCTCAATCTTCACTGAACATAAGAAAATTTTTAGCAGAGAGAAATGCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGACTGTAGGTTGTCAGATTTTACCATACAGAAGAGAATTCATACTGCAGATAGAAGTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTGTAAAAAGTTCTCAAACCTTACTGAACATAATAGAGTTCATACTGGAAAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACATTTACCTGTTCCTCAGCCCTTACTAAACACAAGAGAAATCATACTGGAGACAGACCCTACAAATGCGAAGAATGTCACAAAGCCTTTAGGTGTTGCTCAGACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAAAGAATGTCACAAAGCCTTTAGGTGTTGCTCAGACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGGAAAAGCTTTTATGTGGATCTCGGCCCTTAGTCAACATAACAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACATTTGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTACCTACTCCTCAACCCTTATTAGCCACAAGAGAATTCATATGGAATTGAGACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACCTTTAAGTGGTTCTCAGACCTGACTAATCATAAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAAGCTTTACCTGCTCCTCAAACCTTATTAAACACAAGAGAATTCATATGGAAGTGAGACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACCTTTAAGTGGTTCCCAGACCTGACTAATCATAAGAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACCTTTACCTGCTCCTCAAGCCTTATTAAACACAAGAGAAGTCATACTGGAGACAGACCTACAAGTGCAAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAGGTGGTTCTCAGACCTTACTAAACATAAGGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZNF727:NM_001159522:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)