HsaINT0188247 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000214652 | ZNF727
Description
zinc finger protein 727 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:22785]
Coordinates
chr7:64069514-64078549:+
Coord C1 exon
chr7:64069514-64069609
Coord A exon
chr7:64069610-64077275
Coord C2 exon
chr7:64077276-64078549
Length
7666 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGT
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
GGTTCTTTTTTTTTTTTCAGCTG
3' ss Score
9.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTTGCTATCTTTAAGCCAGACTTGATTACCTATCTGGAGCAAAGAAAAGAGCCTTGGAATGCGAGGAGACAGAAGACAGTAGCCAAACACCCAG
Seq A exon
GTAGGTGGGAGTGAGTGAAGCAAATGACATAAATGACGGTTCCCAATGTCAAGGAGGAAGCCAGACCTTGAAACATGCTTCCAGAAGCTCTGCTCCAGTGGAAATCGTTTCTGAGAAGCCTTCATTTCTTTCTCTTGCTTTAACATAGGGGAATTTTTTGTCCCATTCTTGTGAATTTTCTAAGCACTGTACATCCCCTTCAGTAATGTGTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGTTTTTTTTGTTTTTTGTGGGTTTTTTGAGTTTACAGTGATAAAGTCTTTTTCATGCCTTAAAAGAAAATGTGTGATTTGACTGCTTTTCCATTGCTTGGGGGAAACAGCAGTATCTATTTTTGAGAAACTATATTAAACCATTTTTTTAAGTTCTGTTTTTGGATAATGTCTAAATGTAGAAGTTTTGGTGATATTGCAATTTGGATCAGAAATCCCAGGAACACCACAAAAAGATGTGTGCTTCCTGCTTTATAATTTTCTATTCTATGGAGGCTTCAAATGTGATTTTACAGAAATTTATACTCAGTAATTATATTAAAACACTAAGCATCTCCCTAAATGAAACAAACTCTAAAATAGTATTACTTCAAATGTTATTCTTTTCATATAAACAAATGTTGGCAAATGTGGCCAAATTCCTCAACTGTAATATAGTTCAGTGTATCTACTTCATACATTTATTAAATATACTGTGTCATTGGGGAGCTTGCAACATTGTTGAGTACATATTAAACTCCCAATCTTTATTTTAAATGACATCATTTTGTGATTTTATTTAGTATAAAGCTTACTGTGACTGTGTCATTCATATGTATGTATATAAACATGTGTATATATGAATGTGTATGACAGAGACATATAATACCAGTAACGTCAATTTTTTCACAAATAATAATTGAATACCTATATATTATATATAATGTATTGATTTTATATCTGTATACATAATGAAATGATTAATACAATCAAATTAATGAACAATTTTATAACCTTACATACTTACTTTTTTGTAGTGAGAACAGTTAAGATCTCTCAGCAAATATTCAGCATACCTAACAGTATTACTTTCTATAATCATAAAGCTATACCTTAGGTTACCATAACTTATGTCTTTTCACTGAAAATTTGTACCATTTGAACAACATATCCCACTTTCCCCACCTCTAGGGCCTAGCACTCACCTCTATACTCTCTTCTTCTAGGAGTCCAACCTTATTATATTCTCCATAGAGGTGAGATCATACAGTATTTGTCTTTCTGTTTCTGTGATGTTTCACTCGGCATAACGTCATCTAGGTCCACCCATGTTGTAGAATGTCAGGGTTTTATTATTTTTTATGGCTGAATAATATTCTGTTTTGTATATATACCATGTTTTTTTTTTGTGCAGTCAGTTTCCACAAACACTTTAGATTGCTTTTGTATCTTGACAATTGTGAAAAATGCTTCAATGAACATGGAGGTGCAGGTATTTCTTTGAGATAGTAAATTTATTGTATATGCAGAAATGAGATAGCTAAATTGTACAATAGTACTATTAAAAATTTTTTTAAAGAACCTTCATACTGGTTTTCATAATGTCTCTAAGAAATTACACATCACCAAGAATGTACATCATTTTTTTTCTTTAATATATTCTTGTCAACACTTGTTATAAATCTTCTTTTTGGTGTTAGCAGTCCTAACAGGTATAAAGTAATATCTCACCATGAATTTAATTTGCATCTGCCAGATTGGTGACATTGAGCACCTTTCTACATACCTGTTGCCCAACTATATGTTTTCATTAATTAACATTTATTTAGTCCTTGACTTATTTTTAAATCTTGTTATTATTACTGCTATTATCATTATAGTTGCCTTTTATTTATATGAGTTTCTTATGTTTCTTATGTGTTTTTGATACTAACCACTTATCGGATATGGTTTTCTTATACTATTTTTTCTTGGTTATGCAGAAGCGTTTTAGTTTGATGCAGTTTAATTTGTTTATATTTGCTTTCATTGCTGTACTTTTCTGTTGTATCCCAAAATTCATTTTCAAAACCAATATTAAGGTTTTAAACTATGTTTTCTTTTAAGATTATTAAGAATTTTGTCATAGAGTCCTTATTTTATATTTAGTTAATTTTAAATACAGTGTAAGAAAAGTGGTCTAATTTTATTCTTTTACTTCTGGGTATTCCCTTTTCCCAGCCCCAAGCATGGAAGAGACTGTACTTTCTGCACTGTGTGTTCTCTGTGGCTCAGTGTCAAAGATGAGTTGATCTTACATGATTTGTTTCTGGGCTCTCCATTCTGCTCCACTGATATCGGTGTGCATTTTTATCCACAGAGCATCCTGTTTTTATTACAATAGCCTTCAAATGTAGTTTAAAATTAGAAAGTATAATGCCCCTAGCTTTGTTTTTAATTCTCAAAACTGCTTTGGCTATTTAAAGTTTCTTGTAATTACATATAAATTTTAAGATTGAATTTTCTATTACTTCGAAAAATTGTACTAAAATTTTAATAGGGGATTTATTGAATCTAAATTTTCCAATTTTATAGACTGATTTCAGCAGGTACAAATCTTCTCTTGGGTCAGTTAGCTGATAGAATCTTTTTGGGTATGCAGTGGAGAGGGGTTATACGTGGGTCACATGGCTGCTTCTTGGTCTGTTGTGGAGTTTGCCTTTAGTGAGTTTGTTACCAGGAGCCTGGGTAGTTGTTAATCCTGTCTTATTTCTTGGCAGACTGAATTGCCTTTAGGACTTTGATCTGTAGGGCTAGCACTAGGGCAGAGTTCTGCAGTAGGTTTGGCATATGGTGTGCCTGATGTGTGTTTCTTACTGAGTATGTGGCAGGATTTCCTCAGGTCACTCTCTGGGCACCTAGATTGGCAGAACTGGCCACAAACTGTGACTATCGGTGCTGAAACTGAGTCACTGAACTGTTTCAGAGAGCACAGTAAAGGCCAAGGTCTGCAGACCTACTGCTGTAACCACAAATAGGCATCTTTCTTTGGGTCTCTGGATGTGCAGAACCACTCCTTGACTATGGCTGGAAGGAGCCGGAGATAGTTATAGAGTCACTGCAGAATTTTAAGTGGGTCAAAATAGGTGAACCATTTCTTGGTCTGTAGCTAAGACCAAGCATTTTCAAGTTTGCCGCCTGAATGAGGGCCTGCCTTTTCAAAATGACTCCAATCAATCTTTAGTTCTAGCAGGTTTTAAAACCCTCTCCCTGAAAAACAAAATTATGATAAAAGTCTCTTCTTTGATAAGGGGTCTCACCGTATCACCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTAAAATGATTCTTCTTCTGCCTCACCCTACAGAGTTGCTAGGATTACAGGTGTGAACCACCAAGTCTGTCTATTTCTTATAAGACTGTTCTAGGGGTAATGAACACCCTTACCTTTTGTTCATATTAGAAAGTCTTTATTTTTTTCTTATTTTTTAAAGTAAATTTCTCCCAGATTAAGTATCCTTGATTGGTAGCATTTTTTTTTCATCACCTTGAAATTTGGGAAGTTCTTAGGCCCTTTTTTTGTTTAAATAACCTCTGTATGACTTTTCCCCTGCATTCTTCTTCAAAGACTGCTTTCATGAATATATTGGTCTCCTTAATGGTATCTAATAAGTTACATATTCCATGTTGATGTTTTTCAATTTTTTGTGTGTTTTTTTTTTTCATGACTCAATATTTATAAGTAACATGTCTTTAGTTTTCTGATTTTTGTTTTCTGGTCAATTATTCTATTGTGACTCTACAAAATTTTTCAACAATTATTTTTCTGTTCCACGATTTCTACTGGGTTCTTTTTTTTCTTTGTTCTATTTTTGAGTTATTGAGCATACTTAGTATCATTATTTTGACATCTTTGTCGGATAATGCAAAGATCTTCTTTTCTTAAGGATTGAGTTTTGGAAATTTATTTCTTTAAGTGGGGTACGTTTTCTGTCTTTTTTATGTCATGTCATCCTTTTTTGAAATTTGGAAACTTAAAAACAGCCATCTAATCTAATATTTAAAGACTTGCTTAAAGACTGGCTATAGCAATGGGCCGGGCTATAGATTTTCAGTGCTTCACAAACATGTTCTCAGTTGTCTTTGGATTTTTGTGTGTAATTTCTAAGATAAAGAGACTTTTCCTCATTTTCTTTTCAGATTCTATAATCTTTTGCTTCCCTAGTTGACTGTGGCATTGCAATTCCTCTAGTATTGTAACAAGCATTCACCTTTCTTCTAGCACATACAAACTATAATTCTCATTACTCCATCATTTTCATATTAAGGGAGACAGACTCTATTAATTGGACAGTCTCCTATAATTTCATAACTTTAAACAGACCCACTGTTCTAGATCTCTCCTGAGGGTAGTACTGGGAGTTGATTGTGCTTTACTTAGCCTAATTGGTGTTGAGGGAAAGAAAGGTTGGGTTGGAAAGTCTTTAAGCTAGACCTGGTTACCTTCTGCATCATAGAAAATATTACTGGAGTGTGAAAAGAGTGGAAAGAATAGTTTACACTCAGAATGATTTGGTAGATAACACATGTGAAATGTCCAAAGGCGAAGGAGAAAACAAGAGTTTAAATTGTGGATTGGGAAGCTGTTCTCCAATGGAATTGATTCTTGAAAAACCTCTTACTGTCATGGAAGAAAATTTTTTGATGCATACTTATTAGGCTTTTGAATTCTCTAAATCTTCAGTTTATTTAATAATCTGCTGGTGCCTTCACAGTGAGAGACAAACTCATATTTTTGCTGTGAGGATCTAAATAATGTAACTGCTCTTCTGTTGCTTTGAGGGATTTGGAAAATTTGTGCAGATTTTTGGAGACCACTATGTTAAGCTGTTTTTAAAAATCTGTTTGTGCCTTATGTTAGACATCTGTGAGAGGAGTAGGGGAGACATTGAGATTTGGTCGAGATTTGAGAGAGGCCAGGGACAGATGTCATATGTTTTCTGCTTTATAAT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Seq C2 exon
CTGGCTCTTTGCATTTTACTGCAGAGATATTGCTGGAGCACGACATAAACGATTCATTTCAAAAAGTGATCCTGAGAAAATCTGGAAGCTGTGACCTTAATACTTTACGTTTAAAGAAAGACTACCAACGTGTGGGTAATTGCAAGGGGCAGAAAAGCAGTTATAATGGCATTCATCAATGTTTGTCAGCTACCCGTAGCAAAACCTGTCAATATAATAAATGTGGCAAAGCTTTTGGGTTGTGCTCAATCTTCACTGAACATAAGAAAATTTTTAGCAGAGAGAAATGCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGACTGTAGGTTGTCAGATTTTACCATACAGAAGAGAATTCATACTGCAGATAGAAGTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTGTAAAAAGTTCTCAAACCTTACTGAACATAATAGAGTTCATACTGGAAAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACATTTACCTGTTCCTCAGCCCTTACTAAACACAAGAGAAATCATACTGGAGACAGACCCTACAAATGCGAAGAATGTCACAAAGCCTTTAGGTGTTGCTCAGACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAAAGAATGTCACAAAGCCTTTAGGTGTTGCTCAGACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAATGAATGTGGAAAAGCTTTTATGTGGATCTCGGCCCTTAGTCAACATAACAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACATTTGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTACCTACTCCTCAACCCTTATTAGCCACAAGAGAATTCATATGGAATTGAGACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACCTTTAAGTGGTTCTCAGACCTGACTAATCATAAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAAGCTTTACCTGCTCCTCAAACCTTATTAAACACAAGAGAATTCATATGGAAGTGAGACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACCTTTAAGTGGTTCCCAGACCTGACTAATCATAAGAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAACCTTTACCTGCTCCTCAAGCCTTATTAAACACAAGAGAAGTCATACTGGAGACAGACCTACAAGTGCAAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAGGTGGTTCTCAGACCTTACTAAACATAAGGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000214652:ENST00000456806:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.131 A=NA C2=0.038
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains