Special

HsaINT0188279 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000181220 | ZNF746
Description
zinc finger protein 746 [Source:HGNC Symbol;Acc:21948]
Coordinates
chr7:149174655-149190063:-
Coord C1 exon
chr7:149189950-149190063
Coord A exon
chr7:149174847-149189949
Coord C2 exon
chr7:149174655-149174846
Length
15103 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
ACACTCACTCCCTTTCCTAGGCT
3' ss Score
8.47
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTACGCCATCTCCAAGCCCGAGGTCCTCTCCCAGATTGAACAAGGGAAGGAGCCCTGCAACTGGCGCCGCCCTGGCCCCAAGATTCCAGATGTTCCTGTGGACCCCAGTCCAG
Seq A exon
GTAAGGGCTGGGAGAAGGCCAGGGAGGCATCAGGTATTGTGCAGGAAACAGAGACGGAAAGGCCAGAAAGGGTGTGATCTTTCCAGAGAGAGTCGAGGAGAAACATGAAACTTACAGGTTTTATGTCTTGAGTTTTTTATAGTTGAGTTTTAATCTCTAACTTAGTCAGCTAATGCTCCAGAAATGAACACTTTCTGTCAGGGAAACAGGTGGCAAACCTAATCTTTTAGGAAGAGACAAAGGCAGGGCACAGGTTGAGGGGAGGGAGAGGAGAACGCTGAGAGGGAAGGCAGGAGCATAGTTGACCCTTAACGCAGGGGCCAGGGGCACCAGCCCCCAGTCCCACGCAGCCAAAAATCTATGTATAACTTTTGACTCTCTAAAAAGTTAACTGCTAGTAGTCTCCTATTAACCAGAAGCCTTATTGATACTATGAACAGTCAATAACACATATTTTGTATGTTCTGTGTGTTACATAGTGATACTTACAATAAGCTAGGGAAAAGAAAATGTTACTAGGAAAATCATAAGGAAGAGAAAATATATTTATTACTCATTAAGTGGAAGTGGAGCATCATAAAGGTCATCCTCCTCATTGTCTTCTTCAGATTGAGTAGGCTGAGGAGAAAGAGGAGTGGTTGGTCTAGCTGTCTCAGGGGTGACAGAAGCAGAAGAAAATCCATTTATAAGTGGGCCTGCATAGTTCAAACCCATGTTGTTCAAGGTCAGCTGTATATTGACAACAAAATTAATCCAAAGCTTTGCAAAGAGTCAGCCTTGCCTCCAAGAACCAACCTTAATTTAAACCAGTAGCAGTTGTAGAGCTACTTTGGTCTACATTGGTCAGCCTTATGGTTTGGTATTATTAGAAGCACACATTTATTTAAGGTGAATCTTGTTACCAGATATCAGCGTCTCAGATTTCCCTGGAGCCAGTCAGCACCTTTGAAAGTTAAGGGAAGGACAGGTGGACACAGGAGAAAAACCAAATTCCTAAAGTGAAGACCTGCTGGGTCATTTGACTAGGGAGACCACATCTCTGCAAGGCTCGACCCCTGATTCCTCCAGAAGACCCGCCCTTGACCGTCCCACCTGCCTTGGTTTTCCCTTTCGTCTGACACTGAGAAAGGTGGTGGTCCGCAGAGGCCCTCCTGTGCGCCACTTGTGTGAAATTAAATGCATCCCCCATGTTCGTCATCTCATCTCAGTCAGATTTGCACTTTCCTAAGGGCAGAAGCATGTTCCGGGCTGGCCGCTTTGCCAGTCGTCATCGGGACATTGACAGTTTAGCTCTACAGATGCATTTTTAAGAATCTTCTAGGCGTCAAGGACAGTGCTGAACACTAGAGGACAGAAAGATGGCTGAGAACAGATACTATTGGGCTGGAAAAGAGGGTTACAACCCGTGCGCGTCCCCAGCTTCCTAGCCTGGGTGGGAGGTTCTGGGTGGGTGGGTTTCGTTGTATTTACACCATGTGTGGAGGCTTCCCTCACTTCCACAGCATCATTCAATGAGAGTAAAGAGGGGCTGGAAATACGCTGGTTGCTGGTAAGACCCTGTAACACTCTCTAGCTGCACCGTATGATGTTCAGCAGCATCCGTGGCCTCTACCCACCAGTAGACAAGATGAGTAGACACAAACTCCACTGTCCATCCTGAGCCTGTTGGCAGGGATCTGTGTGGCGTTTATCCCTGTCCCCTTTGTCTGAGAAGCCAGGACTCCCAGCTCATCCCTTGCCACATTTGGCCTGACCCATCCCCTTGTGAGACCTCACCTCCCCTTCTCCTCACCTCCTGCACATCCCTCCACTGAGCCTTGTGGGACTCAGGGCTCAGCAGACCCGCCAGGTCCTGAGTGTTCCCTGCTCGGACTGAGCTCCAGGGGACTGCAGCCCTCTGAGTGCTTGTCATCCTCTTCCCTGCCTCTGTCTTGAGCCCAGGCCCACTGGGACAGGGTCCTCACCCCTCAGATTGTGCCTCTGCCAGCCTCAATCCCTCTCTAGAGACCTTGCCTTTGGGTCCCAGGCCTTGTCTTTTTGCTACTTCTGCAGACCTTCCCTCTCTTCTCAACACTCTTCCTGCCCTCAGTCTTGGCCATGGCAGCCTCCTTGTTGATTGTCCTGTGCCCCCCCAACCCATCCCACAGCCATCCGTGACTGTGACGACAGTGACTTTACCATACCCACCATCTCCATCTCCAGCACACCACTCCCTGGCCGCCTCCTGCCGTCCCTTCAATTCCGTCTGGTGTCCTGATTCCAGCAGTTTTCCAGTCCTTCAAGACCTGCAAGCCATCGACCCTGCTGCCTTTTCACTGCCCTGACTCATCCTCATTTCCCTCCATGCCCACCATTGTGGTCCCCCCTTACACACACCCTCAGCACTCTTGCCCCTGTTTTGTTCATTGTATCCACTTAGTGAAATCCATCGGTGTTCTGCACCTGCAGCCAAGCAGCTGCACGTGGCTGCAGAGAACCAGGTAAGCTGGCTGCTGGTGTCACGTGACATTCATGACCAGCGACTTCAGTGGGCGCTCTGCCACACAGTCACACCGTGTCTCCTTAGCCCAGGGGCCAGCAAACTGTGGCTGAGGGCCAAACCTAGCTCATCTGTTTCTGTATGGTGCACAGCTGAGAACAGTTTTATATTTTAACCCGTTTTTTAAAAGAGAAACGCACCACTCACACAGCCCTCTCCACGCCATCTGCCTGCACCAGTGCCCCCTTCTCTGCCTTCACTTCTGTGACTGCTAAACTGTCAACCCTCCAGCCAAAGCCCCACTTCGATCTGGCACCAGATCCCACCTCATGCCATCTTCTCAAGGGCAATACAAGCAATCCTGCCTTGACCTCTACCCCGGCAGCCACTGCCCGCTTGTCTGTTCCCCTTTGTGGCAGAGCCCTTGGGGACATCTGCGCTTGCTGTCTCCTGCACCTTCCCCCCCACTCTGTTACCCCTTCCACCAAAACCTCTCCAACCTCGGTTACCAGGGCCCTCCGTGGTCCTGAATGGTCTGTCTTCTTACTTGGCCTTGTCCCCTCTACTCTGCCACGTAGGCCCGTCATCTCCTGCCAGCCCCTCTCCTCCTGCCCTGATCCCCCAGTCTTGCCTCAGCCCAGCAGAGTAATCCCTTTTAGACCCAAGTCCTGGCTTTCCATCTGACCCGCACCGTCAGCTCACCACCTCCACTTTTCTCTCACTCTGCCCAGCTGCAGAGTGCTGTTCCCTGGTGCTGTTCCCTCCGCCCTGTGCCAGGGCCTTCGCAGTGCCCTCTACTGGGAATCCTCCTCAGGCAGGTCCCACCTGCAGGCCTTTCGTGTCATCGGCACTGCAGGCCCTCCCCACCCAGGACTCCAGGCCTACTTTCCTGCTTTGGGTCTTCCGTGTTAGACAGTGTCACATAATATATATGTTTCCTATTTATAGATTCATCGTATGTCAGGTCTCCTCCATTAGAATGTCAATTTCAAAAGTATAAAAATTTTTACCTGTTTAATCATTTTAGGAACCTAGAGTATTGCCTAGTACAGAGTAGGAATTCAATAACTATTTGCTGAATGTATGCTGTTTCAAAATTTAAAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAATAATGTATTTCTGATAGCATTTAAATTCCTTTTTAGGTCTCCCAGGCCTCCCTAGGAATTTTCTGTTTATTCTTTCTATCCACATTTTAAAACGTCTGCTGTGTACTTTGGTAGCTGTAAACAATATATAATACGGTTTTTTGTGTTCTGAAAAATTACATAGATGTCATTATATTTATCACTCATTATTCTGTATTTCAGACTTATCCATGTTGATACATGTAGATCAAGTTCATTCCTTTTAACAGATGCTTAATATTCCAGAAGCAACTATATTGTAACTTATTTTCCATTCCTCCACTGATTGGCACTTAAGCTTTTTCTGATTGTTCACTCTCACAAGCAATACTGTAGTGAGCGTTCTTGCGCCTGTTTTTTTGTGGCCCTGTGGGGATGCTGCTCCAGGGAGTAGACCCAGCGGTGGCCTCACCACGTCGTAGGCTTGATTTCATCTCTTCCGTTACTGTATGGCCCTCCCCAGGGGTACCCAGTGCCAGCGGGTGCTCCTAGAACTTGCTTCCTAACGTCTGCCCAGTTTCCATAATTACATTTTTGCCGACCTGATGGGGGTGAGATGGCCTCTCGTTTCAACTTGTATTTTCCCCCTTAAGTTGCACGCCCTTTTTATACGATTATTTGGCTGCTTCTCCAGTGAGTTGTCTTCTGTTTTTCTATTGAGATATTCTTCATTTTCTTCTTGATTCAGGGCTTCTTTGTATGTGTTCTAGATACAAATCCTTTGTCTATTATTTGTGTTACAAACATTTTCTCCGTGTCGGTGGCAGGTCTTTAACGTTGTAGTTCTTGTATGGAAGTTTTCACTGTTGAAAGAGTCAAACATGTCAGTCTTTTCCTTTATGATCTGTGCTTTTTCTGTAGTGAGATATCCTTGCTTACCTCACTCAAGGTCAGAAAGATACTCTTCTCTATTTTTTTTATAAATTTTTAAAAGTTTTGCTTTTCAAATTTAAGTCTTTAATTTATCTAGAATTAAAATTTGTGTAGCTTGCAAGGGAGGGTTTCAGTTTTTTCTCCCACAACGATGGTCTCATTTTCCAACAAAGTTTGCTGAATGTGTTAGCTTTTCTCCACTGATTTGTGATGCGATTCTGTCCTGAGCTGGTTTCTGCATGTGCACAAGTCTGTTTCTGGGTGCTTGCTTCTGTGTCATTGGTCTCTTTGTCAGTCTCTGCACCAACAGCTTGCTCTTTTAGCTTCATAATAAGCCTTGATATCTAGTAGACTAATCCTTCTCTGCTTGTTCTTCAAAAAACTGTCTTGGCTATTCTTGGATATTTGTTCTTTTATATGAATTTTGGGATCTGTATGTCAAGTTCCTAAGAAAATCCTGTTGGAAATTTGATTGGAATTG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Seq C2 exon
GCTCGGGGCCCCCAGTTCCCGCCCCAGACCTCTTGATGCAGATCAAGCAGGAGGGTGAGCTCCAGCTCCAGGAGCAGCAGGCCCTGGGCGTGGAGGCGTGGGCAGCCGGGCAGCCAGATATTGGGGAGGAGCCCTGGGGCCTCAGCCAGCTGGATTCCGGAGCAGGAGACATCTCCACGGATGCCACCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000181220-ZNF746:NM_152557:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.615 A=NA C2=0.985
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
LOW PSI
([1])
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]