MmuINT0179810 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000057691 | Zfp746
Description
zinc finger protein 746 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1916478]
Coordinates
chr6:48067169-48082267:-
Coord C1 exon
chr6:48082154-48082267
Coord A exon
chr6:48067361-48082153
Coord C2 exon
chr6:48067169-48067360
Length
14793 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAG
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
AAGTACTCTCCTTTTCCTAGGCT
3' ss Score
6.46
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTATGCCATCTCCAAACCTGAGGTCCTCTCCCAGATTGAACAAGGCAAGGAGCCATGCACCTGGCGTCGCACTGGGCCCAAGGTCCCGGAGGTTCCTGTGGACCCAAGTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTCTGGAGCACCAGTTCCTGCCCCTGACCTCCTGATGCAAATCAAGCAAGAGGGGGAGCTGCAGCTGCAGGAGCAGCAGGCTCTGGGTGTGGAAGCCTGGGCAGCTGGACAGCCAGATATTGGGGAAGAGCCGTGGGGCCTCAGCCAGTTGGACTCTGGAGCAGGAGACATCTCCACAGATGCTACCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000057691:ENSMUST00000073124:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.479 A=NA C2=0.877
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types