BtaINT0166033 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000031106 | ZNF746
Description
zinc finger protein 746 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21948]
Coordinates
chr4:113295857-113307755:-
Coord C1 exon
chr4:113307642-113307755
Coord A exon
chr4:113296077-113307641
Coord C2 exon
chr4:113295857-113296076
Length
11565 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
CGCATTCTCTATTTTCTCAGGCT
3' ss Score
7.33
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTACGCCATCTCCAAGCCCGAGGTCCTCTCTCAGATTGAACAGGGGAAGGAGCCGTGCAGCTGGCGTCGTGCTGGCCCCAAGGTTCCAGATGTTCCCGTGGACCCGAGTCCAG
Seq A exon
GTGAGGGGTGGGGATGGCCGGGGAGACAGCAGGGGGTCGGATGGACCCAGGGGAGGACATGGCCAGGGCGGGTATGACCTTCTTTCCAGGGACAGCTAAGGAAAAACAGCAATGCTTTAAACACGAGTTTTCTTATGACCTTTAGCCGTTCAGCTTCCCAGCATGGAAACAGGTAGCAAACCTAGTTTTTAGGAAAGAGATGGTGTCTGTGGCTCGGAATTAGGGGAAGAGGGAGCAGGAAGCAGACAGGAAGGTAGAAGGTCATGAAGACAGGATTTAGTTCATTCATAGCTTTTCAAAGAGTCAGCCTTGCCTCCACCCGAGAACCAGATTTCACTGAAACGCATTGGCAATCACAGAACATTGACCCGTTAGTCACGTTTCAGTCTGACCAGAGCCACCGATTTATTTCAGGTGAATCTGGATACCCGACACCACATTCTCAGGTTTTCCTGGGCCAGTCAGCACCTTTGAAAGTTAAGAGAAGGACAGGTGGACACACGAGAAAAGCCAAACGGGTGAAGGGAAGACCTTGCTGGGCCGGGGGTCTGCGACAGTCTGTCCGTAAGCAGGGGGCAGCCCCTGCAGCCTCAAGCCAGCCTCCTCCCAAGACCTCTTGTCTGTCTGCACCACCTGCCTGGGGCTTTCCTTCTTGTCTGAACACCTGTCTTAGTAAACAGTCTTCTGTGTTTAATTTGTGATTTATGAAATGTGTCTCCATGTGTGCCGTTATCACCACAGTTGGATTTGCCATTTCCCAGGGGCAGGCTGTGCCCAGAAAGCATTCACCCGTCTAGGTCAACAAACATGTTTTTTTTTGAGAGTCTCCCGGGTGCCAGGGACTGTGCTAAAAGCAAGACCTTGACGAAGAGCAGAGTGCTGCCTGGATGGGGAAGACAGTTAGGACACATGGGCAGCCAGCCGCTTGCCAGGGTGGGAGGCTCCCCGTAGGTCTGTTTTATTGCACTGACAACATCTGTGGGGAGGCCTCCCTGGCTTCTCCAGCACGCTAAGAGAGTGAAATAGGGGCCTGGAAATGCGGTGGATTCTGGCGAGACCCTCCCCCTTGCCCCCTCCGGGCACTCACATTCCCCTCTCTTGGCCTTGAGCTCCTCTGCGGGAACCCCTGCCAGGTGGCCCCCCATCCCCTCCCAGCCTGGTCCCTGGCTCGCCCTCCCCAGCTCAGGGCTTGGTGCAGCCCCTTGACAGACCTCCTCTCCACTTTTCTGCAACCCTGAAGTCCTCCCACGGTAGTGCTCTGTGGAACTCAGTCCCCAGCAAGCCCACCCCCAACCCCCGACCCCACATCCTCAGGCTCTGCCCCAAGAGTCCCGCCTGCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTGGGCACCAGGGGTGCTTCTCCTGGTTTTCCTCCTGCCTGTCCTTTGCTATTTCCAGCCCCCCAACCTTTTCTGACCTTTCGTGGTTGGGGTGCCCTCAGTGTGCCCTCCCACACCCACACCCAGTCATCCTGGCGGGTGCTCTCACTGGGACCTCTCCCCTGAACTCTGTGGGGTCCATGTCCCCATGGACAGGTTACGGACGTCCTGTTTGAAACACGTGCCTCGCCAAGCTCCTCGTCCGCCATCAAAACCCACTCCTCCCAGGCAGTAGGCAGCCTCCATCCTCCGCTGCAGCCCCAAACCCATGGTCGTCTCTGACCCTTATCCACACCCGTCCGTCCCATCAGGGAAACCCTGCTAGCACTGCCTGCAGACTCTCAGGTCCCTGGTCTCCTGCGTGGCCTCATGGCAGGCACCTCCTGCCCGTCTCCCTGACCCTCTAGGGTCTGCTCTCCCGCGTTACAGCAGACAGCCCTGCTGGCCTTGCACCGACTCGCACCGTTGGGCTCATCCCCCTGGCGCTCCACTCCCTGTCCCAGCCTCCCTGCTGTTCTCCCAGAACTCTCCACTGGGCCAGCCTCTGAGCCTTTGCTCCTGGTCCTACCTTCTGCCAGGCATGCTCTGCAGATACTGTTTTATATTCACAGATTTTATGTGGACAAAGATATTATTAAGTATGTAGAAATAAAATATATTTCGTATTTATAGAAGATACATGTTTCGTATTTATAGATTTGCTTGTCTGGTAACCACCCCCACCTTCGTTAGGATATAAATCTCAAGAGGATAAGAACCTCTATTGATTTTGTTCATATAATCTGGGCTCCTAGAATACTGCACAGAGTGTATATATATAGCACAGAGTAGGAGTTTAATATTTGTTGAACGTGTGCCGTGTTTCATCATTTGTATGTATGTGTGAAAAAATATATTTCTGATATAATCTAAATTCCTTTTCAGCTCTCTCAGTCTCATTCCTCCCCAGGGTAACCAGTTGTCCAAAAGTCGATGTCTGTCCTCTCTATCCACATTTTAAAACTTCTATTATGTACATATGTAGCCATAAACAATACAGAATATGGTTCTGTGTGTCTTGAAAACATCACATAAATGTCATACTATCTATGAGTACTCTGTATTTCATACTTATCTCTATTGATGCATATAAATCAAGTGCATTCATTTAAAATGGATGCTTAGTATTCCAAAAGCAACTATATCTCAATTTATTATCCATCCCTCTGTTGAGTTGTGCATAAGTGGTTTCTAATTTCTCGCCGTCACAAGTGGTAGTCGAGTGGACATTCAAAGGCGTCTCTCCGTGTCCAGGTGCTGGTGTTCCTCTAGGGAACAGACCAGGAAGGGCATGCCAGCCTGCACCTCTGCCTTTGCGCTTAACCACAGATCACCCACCCTGGGCATCTGTGCTCCCCAGCCCTTACGGGTGGTGCCTGTCTTCTTAATTCCTTGCCCAGTTTTCAGAGTTAGATGTTTGCCAGTCTGATGGAAATGAAATGGTATCTTGTTTTAATTTGCATTTCCCCAGTTGTGAGTGGAGCTGAGCACCTTCTTCAGATTGTTATTTGGTTTCTTCTCCAGTGAATTATCTTTTTCTGTTTTTCTGCTGTTTTCATTATCTTACTGATTCAGGACCTCTATGTAGTTTGGGATATGAACCCTTTATCTGTTATTTACATTACAGATTATCTTCTCCCAGGCTGTGGCAGGTCTTTTAACTTTGTAGTCCTTGGGTAGAAGTTTTAATTTTTGGCGGAGTCGTTAACACCAGCCTTTGCCTTTACGATCTGTGCTTTTTCTGCCTTAAAATATCCTTTCCTGCCTCCCTCTAGTTTTGCTTTTCACATTAAAGTCTTTAATCCGACTAGAATTCATATTTGTGTAGATTGCAAGGAAGAATTCTTTCAAAGTTTCCCCACAAGACATCTGACCTTCCAGCAGAGTTCACTGGATGTTCTTCCTTTTCTCCGTGTGTAATGTCCGTCGCATCATGAACCAGATTTCCGTACACGCGTGCACCGTTTCTCTGTCTTCACTCATTTCTTCTGTCTCTGTCTCTGTCCCAGTTCTCACTGTTGTTAGTTTCATCATAAGCCTTGAAATCTAGGAGACTACACGTTCCCTACTTGTTTTTCTAAACTTTTCTTGGCTATTCCTGGACCTTTGTTCTTCTATATGGATTTCAGAACCTTTACGTCAGGTTCTCAGAAATCCTCTTGGAATTTCGACTGGAATTGCATTTCCTTTGTGATTTCACGTCTGGAGAACTCCTGTCATTGCAATATGGAGCCCCCTTATCCACAGGAAGACTCGTTTATTGTCGCCTTCTGCGTGTGCCTGAATAAGGCTTTAACGCTTTTCTCATGCTCGTTGTTTCTATTGTGGATGAGATTTTTAAATTAATTACACGTTTTAAATAGTTGTTGCAGGTGTGCAGTTATGCCGCTGACTCTGTTTAGTGAAAGAAAACATTTTCTCAACCTCTCATTACGTCTAATGACTTGTCAATTTAGATTCCCAGGTTTTTTTTTTACATAGACAGTTGGGCCGTCCCTGGACAGCACAAAAGTTACCTCTTCTTTTGAAATTGTCTTAACTTTATTTTTCTGGTTTCGCAGTGGGTATAGGACATGGTTAAATATTAGTAGCAGCCACGATAGCTGGCGTCCTTGTCTGTGGAGTTTCAGCATTTAGGGTGATTTTTTTGCCATAGACTTTTTGTTTTTTAATTGGGGGATAATTGCTTTACAATATTGTATTGGTTTCTGCCATACATCAACATGAATCAGCCACAAGCATATATATGTCCCCTCCCTCCTAAACCCTGCTCCCACCTCCCTCCCCACCCCAGCCCTCGAGGTTGTCACAGAGGACTGGGTTGAGCTCCCTGTGTCACGCAGCGAATCCCCACTTGCTGCCTATTTTACATGCGGTCATGGATCTGTCTCCATGCTCCTGTCTGTGTGCCCCGCCCTCTCCTTCCCCCACTGTGGCCACAGGCCTGTTCTTTATGTCTGCATTTCCATCGCTGCCCTGCAAATAGGTTCATCAGCACCATCTTTCTGGACTCCATATGCATGTGTTAATATACAGTATTTGTCTTTCTCTTTCTGATTCACTCTGTATAATAGGCTCTAGGTTCATCCACCTCATTAGCACTGAACATCGCTCATTACTAGAGAAATGCAAATCAAAAGTACAATGAGGTATCACCTTGCACGGGTCAGGATGGCCATCATTAAAAAATCTGCCATAGACTTTTGAAGATAACTATTAGTTTAAAGATGTTTCCTTCCACTTCTGGCTATGGTTTTTAATCCTGAACAAATTCGTCATGTTATACCAAATGCTTCTTTTTTAAATATTGTTTTATTTCTTTCATACATTGTTACTGTGTATTGTATAACATAAAAAATACATACAGAATAAATATACATAACATAAACAAAATACATAAAGTTGAGAGAACAATTAGTCAACACCCCCCATATTCCCAACCTCCAACATAAGAAATAGATCATAACCAGAACCTTCTAACCTTCTAGAACCCATTGTCCCTTCCAGACCCCACACCCTCCCTTACTCTTCACAGATAAACAGAAATGCAGACCTCTGA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Seq C2 exon
GCTCTGGGCCCCCCGTTCCTGCCCCTGACCTCTTAATGCAGATCAAGCAAGAAGGTGAGCTCCAGCTCCAGGAGCAGCAGGCTCTGGGTGTGGAGGCATGGGCAGCCGGACAGCCAGATATTGGGGAGGAGCCGTGGGGCCTCAGCCAGCTCGACTCTGGAGCAGGAGATGTCTCTACCGACGCTGCCTCTGGTGAGTGGCTGAGGCTGCGAGCAGACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000031106:ENSBTAT00000018668:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.538 A=NA C2=0.743
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]