RnoINT0168630 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007064 | Zfp746
Description
zinc finger protein 746 [Source:RGD Symbol;Acc:1306209]
Coordinates
chr4:77727962-77742863:-
Coord C1 exon
chr4:77742750-77742863
Coord A exon
chr4:77728154-77742749
Coord C2 exon
chr4:77727962-77728153
Length
14596 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAG
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
ACGTGCTCTCCTTTCCCTAGGTT
3' ss Score
12.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTATGCCATCTCCAAACCCGAGGTCCTCTCCCAGATTGAACAAGGCAAGGAGCCATGCACCTGGCGTCGCACTGGCCCCAAGGTCCCGGAGGTTCCTGTGGACCCAAGTCCAG
Seq A exon
GTGAAGGGTTGGGAAAAGGTCAGGGACACAGCAAGTGACCAAATGAACACTTAAGAGTAAAGGTCCAGGATAGTGTGACTCTTCCTAGAGACAGAGAGGACGTTTCAAATCTAAATCTTTCATGGTTGAGTCATAACTCCGGATTACTCAGCTATGTTGTAGAAACTAGTCATTTCCCTCCTGGACATTGATAGCAGAGCCAGAAGCAGGGGCACAGAATTAGAGGATGAGAGAAGAGGGAGGGAGAGAGAGTAGAAGACGAGCTTGTTCAGAACCATTGAAGGAGTCATCCAACCTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCTAGGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCTGAGTCATCCAACCTTAAACATAACTAGGAGTTTCAGAACCCATTGTCAAGCTGTGTGGTCCAGTGAAATTGGAATCAGGCGTTTATTCAGCTGATGTTAATACTAAACAGTGTCTGAGATTTCCCTGCAGCCAGTCAGCACCTCTACATGTTTAGGGAGGACAGGATGCTAGGATGCTGCAAGGAAGACCTTGCTGGGTCCTTTGGTGAGAGACATTGTCTCTACTCAACCTCTGCCTCCTCCCTTGCCTGTCCTTGGGTTTGTGTCCTTGACCTATCACTCCGACTTCCTGTGGTTACCTTCTATGTGTTGTACATGTGTACTTCATGTAAGTCAGACAAGGGCAGAAACAAGTCTAGAGCTGAGCACATGGAACAGTGCCAACTGGATGGTGGAAAGGTGCCTGTTGAGTTCTTTCCCTGAAAGAGATGGGGAACACATGGCCTTGACTTCCAAAGCCAAGGGTGAGAGGTTACTGGTGCCTGCTTTTATTTCTGAATGTTTGTAACAATAAGGTCCAAGAAACGGCTAGTTGCTAGCCCTCACTCCATTGTCCATTGGAACCTGTCTGCTCTTCCCTCCCCAGTCCAGTCATCTGGGGTGATTGAGTTGGTGCATGCCCTTGTCGGGACTCTTCTCTTCACCTCCTGTGATCTCCATGGTGCTTTACAGGACCTACCATGCACAGCAGTACTCCTGGGTCCAGTGTATTCCATCTATCAGCTCAGGCTGAGTCTTGACTCTTCCCACGTGCTGCTGCCCTACAGCTGTTTGTCCTTTCCCGTGTGCTTTGGCATTGTGCTTTCAAAAGTCAGGTGTCCTTGCTCCTCATCACTGACCCATGAGCACACTCAAACACACACACACCTACCTACCTCCCTCCCTCCCTTCCTCCCTCTCTCTAGAAACCTTGTCTTGAGAGCTAAAATGTTAGACCTCTGAGCACCTTGCCATCCTCTTCTTCCCTACTCTTGCTGATTGCTATATCCATGTGGTGGCTTTACCCTCTTCACTGTCTTGGCACGGTTATGGCTTCCTTATTCCTTCCACATTTCTAGTATGGACTCCACAGCTACTTACTGCTCCTGGTTCTTCCAGTCTGAACCTCTGATCCAACAGGTCTTCAGTCTATAGGACCTTCTAAGCCTTCATACTCCTCATCCTCCTCTCACTTTCCCTATATTCACTCTGCTTGACAAAACTGTAATCCCGAAAATTGACTGTCTGCTCTGCACCTGCACTCAGACAGCTGCCAGTGGCAAACCTATAAACCTGCAGCACTCACCTGGTATTCCTGACCATTTAGTGGGAGCTCCTTATCAGCCAGCAATCACCAGATCACCTCAGTTCCCTCACTAGCTCAGAGGTTGATAAAGTACTACTCCTAGGCCAAACCTAGCCCTGTTTATATAGGGCTCACAAACCAAGTATTTCAATTTAGTATTAAAAGGCCATTTTTAATTTTAAAAACGTACTCTCAGGGACTAGAGAGACAGCTCAGTGGTTAACAACATGTGTTGCTCTTAAAAAGAACCCAGGTTCTGCTCTTAGCACCTGCATGGTGTTTTGCAACCATCTGTAACTCCAGTTGTAAGAGATCTGACACCTTCTGACAACCTTAGGCATCAGGCACACATGTGGTACACATACATACATATGAGCTGAACATTCACACACAGAAGACAAAATGAATCTGCCAGGCGGCAGTGGTAATACCTTTGATCCCACACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGAGTTTTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGACTACACAGCAGTTCCAGAACAACATTCGTTTAGGGCCCTCCAACTCCTATTCTGGCTGTTCTGGGTCAGCTGCTCTGAAGTCATAATTGTAGCTCTGCTCACCTAGCTACTATAGTCTAAGGACATCCTCTAAGTCATCCGTTTCATCTGGGTGCCTCTTTCTCATGAGTTTGTCACCATCCTCACTGACTTAATCCGTTTTCTGTTATTACTGAATACCACAGCTGGGTCATTATACCCTACCCGGAGCCTGGAAAGTCCAGGTCACAGGACCATACCTGGTGAGCTCCTTCTTGCTGACCTCACCAAAGGATATTTCATTTGGGAACAGCAAGTCTTCCTTCCCCTGGTTAAAAAGCCACTCAGGTTATTACAGGGGATCCCATACTCATGACTTCATCTAATCCTTTGCTTCTAGAGGCTCTGCCTCTAATACCAGTAACAGAGATCAAGAGATTAAGTTTGCAACACAGGGATTCCATGGACACACTCAATCAGCACTGCCTCCTGAAGCTATGTCTTTGGATACACAGGACACCTCCCTCTCCTGGGATTCCTGCCCCATGAGACGTTCCCAAAACGGTGTGCTTTTATCCTCACAGTTCCTTTCTCCTTCAAAGCAGCTTAGGTCTCAGTACCTGTCTGTGTGCCCCACCCTTGACTTCTGCCTGAATTTCCCACACCCCATAACCATGGTCAGTACATCCAAGGCAAGGCAATCTGGTAACCCTTTGAAACCTATTTTTCCCTCATCTTCCTGGCTTCTCCATCTGTCTAGCTATAACCCAAAAACCCAAGTTCTCTAGTCTTCTATATGCGCATGTGTGTGTGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACACACACACACCTTCTCTCTCCCTAGTCCTCCCACTGAGTTATCTAGACTCCTAACAAATCTCAGTCCCTTCCTGAAATGGTTGCCATCTTTGGTCCTATCCTTAGCTCCTACAGTCTGCTGACACAGCAGAGATCCCCTTAAAATATACTTCCTGACTTTCCATCTGATCTCCATAGCGCAGCCATCCTCCCATTTTCATGTCTTTCTGCTCTGGTCCCACTGTCCATCCAAACTATTTGTTTAGCATTTGGGGCTGATTTATTTATTTCATTTATATGTGAGTACACTGTAGGTGTCTTCAGACACTTCAGAAGAGAACATCCCATTGCAGATGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAAAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCGGTAGTTTTGCATTTATCTTTTTATTATATACATGTCTTTCCATTTATAAACTCCAAAGGATAAAAACGTATGTGTTTTGTTCACGGATGGTTTGAGAAGCAGAATCTTTCATAACAGAGTAGGAATTCAGGAAGTGGTATTGAGTGTATGCTCAGTCCCATCTTTAAGGTACCGTTAGCTACCTCTGTAGACTCGGCCCATTCCTCACACAGTAACTGATTGATTGCCCTTCATTACTCTTGTGTTTTTCAAAGTCAAAATAAATGTCATTGTATTTTACTCTATATTTCACATTTGTCTACTAACTCATTAGGGTGTTGCTGCTATGGGAGACAGACCTGCTATTTTAGTGCAGGCCTTCCTGCCATAGCCTCAGTACTGGGGTCAAAGGTGGGGCTAGTGCTCCTGGTCTAGACCTTTCAACAGGTGACTGACATTTGAAAAACAACTATATAGCAGGTGTGACACATGCCTGTAATCTCTGCATTTGAAACACAGGAAACTCTTGAGACCAGCCAGGAGTACAACACTGAAATTCTCTCTCAAACACAATCAAAGAAAAATCCATGTGTGGTAATATATGCCCGTGTTTTGGAGGCTGAGGCAGATGGAATAGCTATGAGTTCAAGGCCACCTAGATGACATAGCAAGTTTCAAGCCACCTGGGACTACATAGCAAGATCCTTATCAAAACAATCAGCAACAGTAACAACAAAGAGGAGGAGGAAAAGGAAGAACAACTGGTGTAGGTTTTTTTTTCTAGTACTGTCTTGTTTTTTCACTGCCACAAACAGCATGACAGCAACATCCTTAAGCATGTCTTTGCATCAGCATACTGATGTTTCTCTGGGGCAGACCCAAGGTGCCTCCCTGGGCTGGACTCCACCTCTGGCAGTACCCCCACTCTCCAGAGTTAACAGAAGCTTCTCCCATCAGCATTGGGAAATGTGTTTCTGATGTCTTTTCCCACTTTTCATAAGAAACATTTGCCAGTGAGGCAGGGAAGAAATGTTATCTCAGTTTAATTGCTATTTCTCCAACAGAATATCATATCATATATAAAGGAGTGAAAGAAGCTAGAGAGGTGGCTTAGTGGTAAGGAGCACTGACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGTTCAATTCAGGACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGAGCCAACACCCTCCTCTGGTGTTTCTGAAGACAGCAACAGTGTAAGCACATAAATAAAAATAAGTAAATCTTTAAAAAAAAAGGAAAAAAGTCTGCTCATCTCAGAGCAGACAGAAAGCAGAGAAAGGTATTTTCTTAAATATTTTTTTCTTGAAAAGATTTTATGTATAGATGTTTTATCTGAATTTATATAGGTGCATCATGTGTTTGTAGTACCTAAAGAGGCTAGAAAAAGACACCATGTACACCGTAGAACTAGAATTGACAGATTGTAGGGAGCCACTATATGGGTGCTGGGAACTGAACCTGGTTCCTCTCCAAAAACAACAAGTGCTCTT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Seq C2 exon
GTTCTGGAGCACCAGTTCCTGCCCCTGACCTCCTGATGCAAATCAAGCAAGAGGGGGAGCTCCAACTACAGGAGCAGCAGGCTCTGGGTGTGGAAGCCTGGGCAGCTGGACAACCAGATATTGGGGAAGAGCCGTGGGGCCTCAGCCAGTTGGACTCTGGAGCAGGAGACATCTCCACAGATGCTACCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007064:ENSRNOT00000009247:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.615 A=NA C2=0.954
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]