HsaINT0188388 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196597 | ZNF782
Description
zinc finger protein 782 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:33110]
Coordinates
chr9:96816472-96827181:-
Coord C1 exon
chr9:96827080-96827181
Coord A exon
chr9:96819779-96827079
Coord C2 exon
chr9:96816472-96819778
Length
7301 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTTAATTTTATCATTTTTAGAAG
3' ss Score
7.63
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTACTGCTTTACAAAACCAGAACTGATCTTCACATTGGAACAAGGAGAAGATCCATGGTTATTAGAGAAAGAGAAAGGATTTCTAAGCAGGAACTCCCCAG
Seq A exon
GTGAGTTACTGAATTCAACAAGAAGAAGGTTCTCTGATTCACTAGGAGTACTCACACAACTCAGCGTATAGTCATAATAATGGTTAAAATTTATACACTGAAAAAATACAAACAAAAATCAGCAGAGATAAAAGGTGCATGGGGCAAAGTTCGTAGGAAACAAGCTACAAGCTTCTGAGAGTTCAGATAGTTCCCCAAGCACAGTTTCCTAAACAATGAATTTTGAAAACATATGTAAAATGTTGTCTACCCAGAACTGGTGCCCAGGGTTTTTATTGTGGGCTAATCATGTAGACACCCTCTGTCTAGCATCTGCCAAAATTACAGACTGTGAGATGGAAAACTGGTGTTCCCTATCATATTGTTTGTGCAGGGCTGGCACGGTGAGCCCCTCGGCAGTTATGAGAATCTTGTTTCTAGATGCCAGCCAAGGGCAAACCTTACAAGAAAGCCTTTCTAAGAGTAGCAGTCTCAGGCCTGCTGAATCAACTCTTTTATTTATTTATTTATTTACTTATTTATTTTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGCTATCCCTTCCCCCTCCCCCAACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTAATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCCACAATAAACATACATGTGCATGTGTCTTTATAACAGCATGATTTATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGCTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATTGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGGTGAGCATTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGAGTTCTTTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGTCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACATGAAATCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTAATGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTGATGGTTTCAGGTCTAACGTTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTGATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTGTTTTTCTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATAGTTGTAGATATGCGGCGTTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCATTGATCTATATCTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCCTTGTAGTATGGTTTGAAGTCAGGTAGTGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGGATTGACTTGGCGATGCGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATGACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACCATATTGATTCTTCCTACCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAGTTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACAATGGGGTTTTCTAGATATACAATCATGTCGTCTGCAAACAGGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAACACTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGTCATCCTTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTATTTTGAGATATGTCCCATCAATACCTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGTTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGGTTTTTGTCTTTGGTTCTGTTTATATGCTGGATCACATTTATTGATTTGCGTATATTGAACCAGCCTTGCATCCCAGGGATGAAGCCCACTTGATCATGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTTTATTGAGGATTTTTGCATCAATGTTCATCAAGGATATTGGTCTAAAATTCTCTTTTTTGGTTGTGTCTCTGCCTGGCTTTGGTATCAGGATGATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGACTCCCTCTTTTTCTGTTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTACCAGTTCCTCCTTGTATCTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCTGTCTGGTCCTGGACTCTTTTTGGTTGGTAAGCTATTGATTATTGCCACAATTTCAGCTCCTGTTATTGGTCTATGAATCAACTCTTATCTACACAAAAGCTATGCAGATCCCTGGCATAACGTAGAGTAAGACAAACATATTTGCCATATCAACTAATGTTAAGTGGATTAAATTCACCTATTAAGAGAAAATGCTATTAGATTTTGTTAAAGAGGTATATTTTAAAAATAATTTGAGAAGTTCAAAATACGGTTATGAATTGCTAAGGCAATAAACTAAAATAATTCAGTGTTTATTTGCTTTAAATTCCTACCTCTATAGCGTAATCTTGGAATACTTTACCCTATACTTTATCTCTTCTGTTTGTAAACTCAATAACACTAAAGTTAAATTCAGGTCAAAAAACAGAGAAGAGAAAGGGCATTTTGATAATGCTAAAATAGACAGTTTTAAAAGGATATTTTAAAAGTAGAGAACTTTAAAATATATTTAAGAGTTTTGAATATTTGTGCACTAAATTTTCATCAGGTGTCATAAAACAAAAAACTGCAAGTGTTCTGAGGAAAAATGGAAACATATTAGGTCACATAGACTTTAATTTACCTCTTTGATTTCATACCAGAGCCAGTGGATCACAACTGAGTTCCTAGACTAGTGCTCAGCAAATGAGGACACAGGTGAAATTCTACCTGCTGCCTATTTTGGTCAGGAAATATTTTTCTAGAACACAGCCATAGCTATTCATTTATGTGCTCATGCTACGAGGTAGAATTGAGTAGTTACAACAGAGACCACATGATCAGCCCAGTGGAAAACATTTACTCTCTGGCCTTTTACAGAAAAAGTTTACTGACTCCTGCTCTAGAAGTTATAAATAACATATTTTATAAAAATGAATCTGATGTGTCTTTCACAACTCTGCTCTGGAAACAGAATGAACCCTTTTTAAAATGACCATGGGACCCTGACAAAATATAAAAGTATTTTGTGCAAAAATGAATAAATCCACAAAGATATTATTGTCCAGTAAAACTGCAAATTGCAAACAATGTAAGAAGAATTAAAGTCTATCTTAAACTCAATAAGGAATATATATCTTTAAAAACATATTTAATCAAAGAGTAAATGAAAATCAAAATTGTCTAATATCCAGAAAATTTCAAAGATAAAAAACATGCATATTAGAACCTTTGGGATATAGATAAAGCAGTGCTTAGAAAAACTTTTAGTCTTATATTAGTCTTATGTACTTGTTTTTAAAAGTGAAAAAGTTTTCAAAGAAAACTAAGCAAAGCAAAAGATGTAATAAAAATAAGACTATATTAGTATAAATTTTAAAGCCAAAAGCGGTTCTTGCAATAAAAATAACTGAATAAAATAGTCTCAATTCGAAAAAGGGGGAAAGCACTATTACTCAAAGTTTTGATTTAAATTCCTACTTCTGTGGTATAGTTTGAAATACTTTAGTGTATGCCTTATCTCTTCTTTTTGTAAACTCACAACCTACTTGATAGATGTGTTAAAAGAAAATGAAACACTGTGCCAGAGAGCACATAGCTATGAATGTGCTCCATTCCCACCTGGATTATAACCCACTAAAAAGAATGGTCTCTGCTTTACTCTTCTATATATTGAGTCCATGCAATATAACATGTAAGTATTTTTAATAATATTGTGTATTAACTTCAAAGCCACTCGGGAGAGGTGTTTCATATTGATTCATTCAAAAAACATGATCCCTAAATGCAAACACCCCAGTCAAATTTCTGAGACTTTTGAATAATCAGGTGTAGGTTAGCATTGAGTCTGAGCACTTGTGTAGGAAAGAGGAGGTAATTTTGAGGCACACTGCTTTTTAACAGTCAC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Seq C2 exon
AAGACTCCCAACCTGATGAAATCTCAGAGAAGAGCCCAGAAAATCAAGGCAAACATTTGTTGCAAGTTTTATTCACCAATAAATTATTGACTACAGAGCAAGAAATTTCAGGAAAACCACATAATCGAGACATAAACATTTTTCGTGCAAGAATGATGCCTTGTAAATGTGACATTGCGGGGTCTGCTTGCCAGGGGCTCAGCCTGATGGCCCCACACTGTCAGTATTCAAAAGAAAAGGCTCATGAGCGTAATGTTTGTGACAAATGGCTCATCAGTATTAAGGATGGCAGAACTAACACTCAAGAGAAATCTTTCGCTTATAGTAAAATTGTGAAAACCCTCCATCATAAGGAGGAAGTTATTCAACATCAGACAATTCAGACTCTGGGGCAAGATTTTGAATATAATGAAAGTAGAAAAGCTTTTCTTGAAAAGGCTGCCCTTGTTACATCTAACAGTACCCACCCAAAAGGAAAATCTTACAATTTCAATAAATTTGGGGAAAACAAATATGATAAATCAACCTTTATTATTCCTCAGAACATGAATCCAGAGAAGAGTCACTATGAGTTTAATGATACTGGAAATTGTTTCTGTAGAATCACTCACAAAACTCTCACAGGAGGGAAATCCTTCAGCCAAAAGTCACACATTAGAGAACATCATAGAGTTCATATAGGGGTGAAACCCTTTGAATATGGAAAAAGTTTCAACCGTAATTCAACCCTCCCAGTGCATCAGAGAACTCATGCAACAGATAAATACTCTGATTATCACCCATGTACAGAGACATTCAGCTACCAGTCAACTTTCAGTGTACATCAGAAGGTTCACATAAGGGCAAAACCCTATGAGTATAATGAATGTGGGAAATCCTGCTCTATGAATTCACACTTGATTTGGCCTCAGAAAAGTCACACAGGGGAGAAACCCTATGAATGTCCTGAGTGCGGGAAAGCCTTCAGTGAGAAGTCACGCCTAAGAAAACATCAGAGAACTCACACGGGAGAGAAACCATACAAATGTGATGGATGTGATAAAGCTTTCAGTGCAAAGTCAGGCCTAAGAATACACCAGAGAACCCACACAGGGGAGAAACCATTCGAATGTCATGAATGTGGGAAATCTTTTAACTATAAGTCAATCCTCATAGTGCATCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAACCTTTTGAATGTAATGAATGCGGGAAATCTTTCAGCCATATGTCAGGCCTAAGGAATCACCGAAGAACTCACACAGGGGAAAGACCATATAAATGTGATGAATGTGGGAAAGCTTTCAAACTGAAGTCAGGCCTGAGGAAACATCATAGAACACACACAGGGGAGAAGCCCTACAAATGTAATCAGTGTGGAAAAGCTTTCGGTCAGAAATCACAACTCAGAGGACATCATAGAATTCACACAGGGGAAAAACCCTATAAATGTAATCATTGTGGGGAAGCTTTCAGTCAGAAATCAAACCTCAGAGTACATCACAGAACTCATACTGGGGAGAAACCCTATCAATGTGAGGAGTGTGGAAAAACATTCAGGCAGAAATCAAATCTCAGAGGGCATCAGAGAACTCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAATGAATGTGGAAAAGCTTTCAGTGAGAAGTCAGTCCTAAGAAAACATCAGCGAACTCACACCGGGGAGAAACCATATAATTGTAATCAGTGTGGGGAAGCTTTCAGTCAGAAATCCAATCTCAGAGTACATCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAACCCTATAAATGTGATAAATGTGGGAGAACTTTCAGTCAAAAATCAAGCCTTAGAGAACATCAGAAAGCCCACCCAGGGGATTAAATGTATGCATATAAAGAATACGAAAAAACTCTGAGCTGGAAATCAAACCTCACAATACATAAATGAACACACAGGAGAGAACTGTTAACATAGTGAGCACTGGAATTTCCTCTACAATTTCAGCCTCCACCAAATATCAAAGAATAGAAGATAAATTGTTGAAATCTATTTTATATGGGCATTCTTTCAGCCAGAGCCCAGTCTTCTATGGATATACAGAACTCACACAGCAAAGAAACCCTATAAACATAATGAATATGGAAAATACTCTTGCGAACTCACTCCTCAGAAAACTCACGCTGCAGAAAAGCTCTGAGAAAGTAATAAAAATGTGAAAACTTTGTGCCAACAATCAAAACTCATTCACCATCAGAGAAATCACACAATGACAAAAGCTAGAATATAATAAGTGTGTGATAAACTTTAATGAAAAGTCAGTACAGCAGAAAATACATTCAAGATAGAGACCTCATAGTATATTAAAACAAACAAGAAATGAAGTTAATGGATGTGGGAAATTCTTCTGCCATGTCAACCCTCATTTTAACCTACACAGAGGTAATCCCTATATGTCGTATAATAACTATTGAAATGTTCACTAGTAATCATTTTCACTTCTCCCTCATGCCACACCTGGCCTAAATTTCTCAACCACTCTCTCATCTAAACGGGGTCATATTGTTACCCTCTAGCTAGTGGAATATGGGGTCAGTGACAGGTCTTAAATACATCAGTCAAATTCTCAATATTTTCTTCTATCCCTCATTAGAATGGAATGGAGGAAAACCTTGGGACTCAGGCTCTGATGATGGAAAGTACAAGATGGTAGGAACCCGGGTCAGAGAAGGATCCTGTGGCATGGAGTTTTCTCCTCCCTGTACACAGTTGGACTTCTTGCAGTGAGGAAATAAATGTGTTCCCTGCTGAACTTCTAAAGGTTTGGGTATACTTGATACTGACAGAAACTCAACAACCCTCACATAATAAAACTTAGGAGTATGATTTTTCAGGACATCTGAACTCAGTGTATGTCAGAAAAGTCACATAGGACAAATCTCGGACAGCATCCTGAATGACCATGGCTTTTATCCCCAAAGTCTTCCTCATCAGACAGGTAATATCATAAGAAATCTGACATTTTAACAAATATAGGAAATTCTTCACACACACAGACACACACTCACACATACACACCCAAAGTCTCATTAAATATATGATAATTTAGTTTTGAATGTGTAAAAGTTTTCAACAAATTATCATATTTTATATCAGAGCTTGTTACAAGGAGAAAATCTATCAATTTGAGAAAGGTAAGTAATAGCCTTTATCTAGATATTGCTTTATCAGAACTGTTGTTTCACATATAATATCAAAACTTTTAATGAAATATAAGACATTCACTATAATAAAAAGCTTAAAAAGAACAAAAAATAAACTGCATAAACTGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196597:ENST00000481138:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.221
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains