HsaINT0188388 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196597 | ZNF782
Description
zinc finger protein 782 [Source:HGNC Symbol;Acc:33110]
Coordinates
chr9:99579273-99589463:-
Coord C1 exon
chr9:99589362-99589463
Coord A exon
chr9:99582061-99589361
Coord C2 exon
chr9:99579273-99582060
Length
7301 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTTAATTTTATCATTTTTAGAAG
3' ss Score
7.63
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTACTGCTTTACAAAACCAGAACTGATCTTCACATTGGAACAAGGAGAAGATCCATGGTTATTAGAGAAAGAGAAAGGATTTCTAAGCAGGAACTCCCCAG
Seq A exon
GTGAGTTACTGAATTCAACAAGAAGAAGGTTCTCTGATTCACTAGGAGTACTCACACAACTCAGCGTATAGTCATAATAATGGTTAAAATTTATACACTGAAAAAATACAAACAAAAATCAGCAGAGATAAAAGGTGCATGGGGCAAAGTTCGTAGGAAACAAGCTACAAGCTTCTGAGAGTTCAGATAGTTCCCCAAGCACAGTTTCCTAAACAATGAATTTTGAAAACATATGTAAAATGTTGTCTACCCAGAACTGGTGCCCAGGGTTTTTATTGTGGGCTAATCATGTAGACACCCTCTGTCTAGCATCTGCCAAAATTACAGACTGTGAGATGGAAAACTGGTGTTCCCTATCATATTGTTTGTGCAGGGCTGGCACGGTGAGCCCCTCGGCAGTTATGAGAATCTTGTTTCTAGATGCCAGCCAAGGGCAAACCTTACAAGAAAGCCTTTCTAAGAGTAGCAGTCTCAGGCCTGCTGAATCAACTCTTTTATTTATTTATTTATTTACTTATTTATTTTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTAGTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGCTATCCCTTCCCCCTCCCCCAACCCCACAACAGTCCCCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTAATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCCACAATAAACATACATGTGCATGTGTCTTTATAACAGCATGATTTATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGCTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATTGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGGTGAGCATTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGAGTTCTTTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGTCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACATGAAATCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTAATGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTGATGGTTTCAGGTCTAACGTTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTGATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTGTTTTTCTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATAGTTGTAGATATGCGGCGTTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCATTGATCTATATCTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCCTTGTAGTATGGTTTGAAGTCAGGTAGTGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTTGCTTAGGATTGACTTGGCGATGCGGGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATGACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACCATATTGATTCTTCCTACCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAGTTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACAATGGGGTTTTCTAGATATACAATCATGTCGTCTGCAAACAGGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAACACTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGTCATCCTTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTATTTTGAGATATGTCCCATCAATACCTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGGTTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGGTTTTTGTCTTTGGTTCTGTTTATATGCTGGATCACATTTATTGATTTGCGTATATTGAACCAGCCTTGCATCCCAGGGATGAAGCCCACTTGATCATGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTTTATTGAGGATTTTTGCATCAATGTTCATCAAGGATATTGGTCTAAAATTCTCTTTTTTGGTTGTGTCTCTGCCTGGCTTTGGTATCAGGATGATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGACTCCCTCTTTTTCTGTTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTACCAGTTCCTCCTTGTATCTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCTGTCTGGTCCTGGACTCTTTTTGGTTGGTAAGCTATTGATTATTGCCACAATTTCAGCTCCTGTTATTGGTCTATGAATCAACTCTTATCTACACAAAAGCTATGCAGATCCCTGGCATAACGTAGAGTAAGACAAACATATTTGCCATATCAACTAATGTTAAGTGGATTAAATTCACCTATTAAGAGAAAATGCTATTAGATTTTGTTAAAGAGGTATATTTTAAAAATAATTTGAGAAGTTCAAAATACGGTTATGAATTGCTAAGGCAATAAACTAAAATAATTCAGTGTTTATTTGCTTTAAATTCCTACCTCTATAGCGTAATCTTGGAATACTTTACCCTATACTTTATCTCTTCTGTTTGTAAACTCAATAACACTAAAGTTAAATTCAGGTCAAAAAACAGAGAAGAGAAAGGGCATTTTGATAATGCTAAAATAGACAGTTTTAAAAGGATATTTTAAAAGTAGAGAACTTTAAAATATATTTAAGAGTTTTGAATATTTGTGCACTAAATTTTCATCAGGTGTCATAAAACAAAAAACTGCAAGTGTTCTGAGGAAAAATGGAAACATATTAGGTCACATAGACTTTAATTTACCTCTTTGATTTCATACCAGAGCCAGTGGATCACAACTGAGTTCCTAGACTAGTGCTCAGCAAATGAGGACACAGGTGAAATTCTACCTGCTGCCTATTTTGGTCAGGAAATATTTTTCTAGAACACAGCCATAGCTATTCATTTATGTGCTCATGCTACGAGGTAGAATTGAGTAGTTACAACAGAGACCACATGATCAGCCCAGTGGAAAACATTTACTCTCTGGCCTTTTACAGAAAAAGTTTACTGACTCCTGCTCTAGAAGTTATAAATAACATATTTTATAAAAATGAATCTGATGTGTCTTTCACAACTCTGCTCTGGAAACAGAATGAACCCTTTTTAAAATGACCATGGGACCCTGACAAAATATAAAAGTATTTTGTGCAAAAATGAATAAATCCACAAAGATATTATTGTCCAGTAAAACTGCAAATTGCAAACAATGTAAGAAGAATTAAAGTCTATCTTAAACTCAATAAGGAATATATATCTTTAAAAACATATTTAATCAAAGAGTAAATGAAAATCAAAATTGTCTAATATCCAGAAAATTTCAAAGATAAAAAACATGCATATTAGAACCTTTGGGATATAGATAAAGCAGTGCTTAGAAAAACTTTTAGTCTTATATTAGTCTTATGTACTTGTTTTTAAAAGTGAAAAAGTTTTCAAAGAAAACTAAGCAAAGCAAAAGATGTAATAAAAATAAGACTATATTAGTATAAATTTTAAAGCCAAAAGCGGTTCTTGCAATAAAAATAACTGAATAAAATAGTCTCAATTCGAAAAAGGGGGAAAGCACTATTACTCAAAGTTTTGATTTAAATTCCTACTTCTGTGGTATAGTTTGAAATACTTTAGTGTATGCCTTATCTCTTCTTTTTGTAAACTCACAACCTACTTGATAGATGTGTTAAAAGAAAATGAAACACTGTGCCAGAGAGCACATAGCTATGAATGTGCTCCATTCCCACCTGGATTATAACCCACTAAAAAGAATGGTCTCTGCTTTACTCTTCTATATATTGAGTCCATGCAATATAACATGTAAGTATTTTTAATAATATTGTGTATTAACTTCAAAGCCACTCGGGAGAGGTGTTTCATATTGATTCATTCAAAAAACATGATCCCTAAATGCAAACACCCCAGTCAAATTTCTGAGACTTTTGAATAATCAGGTGTAGGTTAGCATTGAGTCTGAGCACTTGTGTAGGAAAGAGGAGGTAATTTTGAGGCACACTGCTTTTTAACAGTCAC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Seq C2 exon
AAGACTCCCAACCTGATGAAATCTCAGAGAAGAGCCCAGAAAATCAAGGCAAACATTTGTTGCAAGTTTTATTCACCAATAAATTATTGACTACAGAGCAAGAAATTTCAGGAAAACCACATAATCGAGACATAAACATTTTTCGTGCAAGAATGATGCCTTGTAAATGTGACATTGCGGGGTCTGCTTGCCAGGGGCTCAGCCTGATGGCCCCACACTGTCAGTATTCAAAAGAAAAGGCTCATGAGCGTAATGTTTGTGACAAATGGCTCATCAGTATTAAGGATGGCAGAACTAACACTCAAGAGAAATCTTTCGCTTATAGTAAAATTGTGAAAACCCTCCATCATAAGGAGGAAGTTATTCAACATCAGACAATTCAGACTCTGGGGCAAGATTTTGAATATAATGAAAGTAGAAAAGCTTTTCTTGAAAAGGCTGCCCTTGTTACATCTAACAGTACCCACCCAAAAGGAAAATCTTACAATTTCAATAAATTTGGGGAAAACAAATATGATAAATCAACCTTTATTATTCCTCAGAACATGAATCCAGAGAAGAGTCACTATGAGTTTAATGATACTGGAAATTGTTTCTGTAGAATCACTCACAAAACTCTCACAGGAGGGAAATCCTTCAGCCAAAAGTCACACATTAGAGAACATCATAGAGTTCATATAGGGGTGAAACCCTTTGAATATGGAAAAAGTTTCAACCGTAATTCAACCCTCCCAGTGCATCAGAGAACTCATGCAACAGATAAATACTCTGATTATCACCCATGTACAGAGACATTCAGCTACCAGTCAACTTTCAGTGTACATCAGAAGGTTCACATAAGGGCAAAACCCTATGAGTATAATGAATGTGGGAAATCCTGCTCTATGAATTCACACTTGATTTGGCCTCAGAAAAGTCACACAGGGGAGAAACCCTATGAATGTCCTGAGTGCGGGAAAGCCTTCAGTGAGAAGTCACGCCTAAGAAAACATCAGAGAACTCACACGGGAGAGAAACCATACAAATGTGATGGATGTGATAAAGCTTTCAGTGCAAAGTCAGGCCTAAGAATACACCAGAGAACCCACACAGGGGAGAAACCATTCGAATGTCATGAATGTGGGAAATCTTTTAACTATAAGTCAATCCTCATAGTGCATCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAACCTTTTGAATGTAATGAATGCGGGAAATCTTTCAGCCATATGTCAGGCCTAAGGAATCACCGAAGAACTCACACAGGGGAAAGACCATATAAATGTGATGAATGTGGGAAAGCTTTCAAACTGAAGTCAGGCCTGAGGAAACATCATAGAACACACACAGGGGAGAAGCCCTACAAATGTAATCAGTGTGGAAAAGCTTTCGGTCAGAAATCACAACTCAGAGGACATCATAGAATTCACACAGGGGAAAAACCCTATAAATGTAATCATTGTGGGGAAGCTTTCAGTCAGAAATCAAACCTCAGAGTACATCACAGAACTCATACTGGGGAGAAACCCTATCAATGTGAGGAGTGTGGAAAAACATTCAGGCAGAAATCAAATCTCAGAGGGCATCAGAGAACTCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAATGAATGTGGAAAAGCTTTCAGTGAGAAGTCAGTCCTAAGAAAACATCAGCGAACTCACACCGGGGAGAAACCATATAATTGTAATCAGTGTGGGGAAGCTTTCAGTCAGAAATCCAATCTCAGAGTACATCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAACCCTATAAATGTGATAAATGTGGGAGAACTTTCAGTCAAAAATCAAGCCTTAGAGAACATCAGAAAGCCCACCCAGGGGATTAAATGTATGCATATAAAGAATACGAAAAAACTCTGAGCTGGAAATCAAACCTCACAATACATAAATGAACACACAGGAGAGAACTGTTAACATAGTGAGCACTGGAATTTCCTCTACAATTTCAGCCTCCACCAAATATCAAAGAATAGAAGATAAATTGTTGAAATCTATTTTATATGGGCATTCTTTCAGCCAGAGCCCAGTCTTCTATGGATATACAGAACTCACACAGCAAAGAAACCCTATAAACATAATGAATATGGAAAATACTCTTGCGAACTCACTCCTCAGAAAACTCACGCTGCAGAAAAGCTCTGAGAAAGTAATAAAAATGTGAAAACTTTGTGCCAACAATCAAAACTCATTCACCATCAGAGAAATCACACAATGACAAAAGCTAGAATATAATAAGTGTGTGATAAACTTTAATGAAAAGTCAGTACAGCAGAAAATACATTCAAGATAGAGACCTCATAGTATATTAAAACAAACAAGAAATGAAGTTAATGGATGTGGGAAATTCTTCTGCCATGTCAACCCTCATTTTAACCTACACAGAGGTAATCCCTATATGTCGTATAATAACTATTGAAATGTTCACTAGTAATCATTTTCACTTCTCCCTCATGCCACACCTGGCCTAAATTTCTCAACCACTCTCTCATCTAAACGGGGTCATATTGTTACCCTCTAGCTAGTGGAATATGGGGTCAGTGACAGGTCTTAAATACATCAGTCAAATTCTCAATATTTTCTTCTATCCCTCATTAGAATGGAATGGAGGAAAACCTTGGGACTCAGGCTCTGATGATGGAAAGTACAAGATGGTAGGAACCCGGGTCAGAGAAGGATCCTGTGGCATGGAGTTTTCTCCTCCCTGTACACAGTTGGACTTCTTGCAGTGAGGAAATAAATGTGTTCCCTGCTGAACTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196597-ZNF782:NM_001001662:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.133 A=NA C2=0.217
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF127602=Zn_Tnp_IS1595=WD(100=9.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF0013017=C1_1=WD(100=9.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF0013017=C1_1=WD(100=9.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF0013017=C1_1=WD(100=9.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)