HsaINT0188392 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000204946 | ZNF783
Description
zinc finger family member 783 [Source:HGNC Symbol;Acc:27222]
Coordinates
chr7:148964188-148975618:+
Coord C1 exon
chr7:148964188-148964313
Coord A exon
chr7:148964314-148975489
Coord C2 exon
chr7:148975490-148975618
Length
11176 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CACTGATTTACATTCTCCAGGCC
3' ss Score
6.07
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTATGCAATCTCCAAACCAGACATCCTCACCCGGATAGAGAGGGGAGAGGAGCCTTGTCTTGACCGGTGGGGCCAGGAGAAGGGGAATGAAGTAGAGGTGGGACGTCCAAGGATGATGGGCACTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCCTCCCTCCGTATCCAGAGCACCTCACCAGCCCACTTAGCCCTGCCCAGGAGGAGCTGAAAGAAGGGCAGGCCCCCAAGCAGCAGCAGGACTCAGAGGCGAGAGTGGCCCCAGCCGGGCCAGAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204946-ZNF783:NM_001195220:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.488 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)