HsaINT0188413 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197863 | ZNF790
Description
zinc finger protein 790 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:33114]
Coordinates
chr19:36825611-36838384:-
Coord C1 exon
chr19:36838337-36838384
Coord A exon
chr19:36825693-36838336
Coord C2 exon
chr19:36825611-36825692
Length
12644 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTGTGATTCTTTCCTTCTAGCTC
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
AATAGAAAGATCGCGGAACCTTCCACCATCAAGGGACCGCAGGGCCGG
Seq A exon
GTGAGTGATTCCGAGACACAGAAGCCGAATGACTCCGGAGGGCCCGAGGCCGGGGCTGAGGGGAGTGAGGTGCTAATGTCTTTGGAGTTGGTGGCTTTGCCGGCGAGGGAGCGTGGGGGCGAGCGATCGCGATGGGAGCAGTGGATGCGAGAGTGAAATTGATGCAGGAGCTGGGGCCGCGACGGGAGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCACGCGCACACGACGTTGACAGGCGCTGTGTGTGACCCTAATGGACTATTTAAATGTGACTGTATGTACGTGATTATGACTGCGTCGCGTTGTGCGTGACCACGTTCGTAAAGGTGGTGATAGCAGCCGCTATGGGGCCAAAAACAAAGAATTGAGCTTTGCGTTGAGTGACAGGCATAGTCCTTCGTGAATGTGTGGGGAGCAGTTTTTGTGCTGGCCCGTAGCTGGATTGGAGTGGGGGCAACCTAGAAGGAGGGGAGAAGAATGGGACACAGTGTAGACAACATAGTTCAAGAGTTTCTCCGTAAATTAGAGCAGAGAAATGGAGCAGCAGGTTGGGGTAGAGGGCTGGGGAAGACGGCTGGGGAACAACCACCCATCAACATGTTGTTGGAAATGAGCCACGAGAGGGGGGAAAAGTCCAGGCAAGGGTAAGTAAACAAGGCTCATCTGTGTGGGTGTAGTTAAAAATGCAAGAATTAAAAAAAATAGAAAAGGGTAATCGCGCTGCAGAGAGTAAACCATGAGCTGAAGATTTCAGATATAGGGGGAAAATACCCTGTGTTTGGTAGAGGTCAACAAAAGTGAGATGTGGTGAGTTATATACAATCTCATGGCAGGAAATTCAAAACTAGAGTTTGTGGAGGGAGGAAGAAAGGTCTGAAGGTAGTGAACAACAAGGAGGCCGGCCATCTGTTCCATTTTCAGACCCACTGGTAAGAGGCTGTAGCTGGGGAAATGTTGAGAGGGCTGCAGAGTCCTCCAGATACAGCCTAGTTTCTGTTAGACTCAGAATGTTAGGGCGTGTTCAAGGAAGTGGTTGAAGATAAAAGAGGAGTTGGTTGTTAATGAATTATGAATTCCATTATGAAGGCATACAGGAAAAGTGTTGAAAGTTGGGAAGAATGAGAAAAGGGGACAAATGAGACTTGATGGTATACAATGTCCGAAAAGACAGTTGACTAGAAATTCTGGGACTTCTTATAGTAGATAAATATAAATACAAGGTTGGATTGACATTTATTCTGGTTGGATTCAAGTCAGTTTTGGAGAGATAGCGTGGGATAGTGAAAGATGATTTCTTGAGTGTGAGAAACAAACTTACCCGTCCCAAAGAATGGACTCAGAGACCCGGAGAACAGCAAAAGTGAGACTTTTAATGATGGTCTTGCAAGATCAGTGTCTGATAGGCACACCCAACAGTTTCAACAAGCAATTTATCCCCTAGTGCACAGGTTCCTCCCCTGGTTCCTCATAGGCTGATAACTATGGGGTCACAATCTTCCCGGATGTTGCCTATTGATTGTTGGGTAGGGGCTTCAGGTGTTTTGTTTTTTGATTTTTGTGAGACAGAGTCTTGTTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCGTGCCACCACGCCCAGCTAACTTTTCTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGTCGGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACTTTGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCGGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTTTTAGGCTTGTCTTGCTGCATTTGGTTGCGGCCCACAATGCACTGCAATCCTAGTTAGCTCAAGGTCTCTTCAATAGTTGACTTATGACCTAAGCAGCTGGGCAGGCTGATAAAAGCAGACAAAATGAGCTATTTTGCAGGCTAGCAAACTTTCATCTTAGACTAAACTTCTTTGGTTTGGGTGAAGGCAACTAAGTGGGGGAAAGGGAGAAAGCGGGAGGCTGACAAGCAGGCATCATCTATCCAAGCAGGGGCCTAGTATATCCTGTTTCTTCTGTAGTTTGCTTACCTAAGCCAATTCAAGGCATTTTGTCTTGGAAATGGACCACTGTATACATTATTTCCTTCACTGAGTATCTCTCAGAAAGAAGGAAGCTTAAGATAGAAGGGGGGTCAAGGTAGGCAGAATGATGGCCCTGCAACCAATGTTTACTTCCTAATCCCTGGAAACTAGGACGATGCTACTTTATATGGCAAAAAGGACTTTGCAAAGGGGATAAAGTTAAGAACCTTGAAATGGGGGCGATTATCTTGTTGGACTAATATAATGACATGGGTCCTTAAAGTCAGTGAACCTTTCCTGGCTGAGTTTAAAGTCAGAGGGAGATGTGACCGCAGAAGAATGGTCAGAGAGATGCCACATTGCTTACTAGATAGAGGAAGTGGGCCTTAAGCCAAGGAATGTTGGTGGCCTCTAGAAGCTGGAAAACATAAGAAAACGAATTCTCCCCTGGAGCTTCCAGAAAGGAACACAGCCCTACCAACACCTTGATTTTAGCCTAGTAAGACCCAACTCAGACTTCTACTGAACTATATGATAATAGATTTGTATTATTTTAAGCCACTACCTCATGGCAGTAGAAAACTAATACAGTGGTGTAGTGTCTTGGCCTCAGTGTTGTGGAGGAGTCTTGATCCCTGTGACATAAGGGGACCTCAACCTCTGTTGATTATGTTGAAGACTTCCAGTAAAGTACATAGGTCCCCACTTCACCAATAATATAATTTACAGTTTTGCTATATTGTGTTATTTTTAAACTTTGGAACTTAGTGAACTTTTATTTGTGATCTAACATCTGGTCAGTCTATACTTACTTTTTGCCTTACACTTGATTTGTCTTGGATTGAGAGAGGTGTATTAATGAAATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTTTGAGACGGGGTCTCCCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGGGATCTCGGCTTACCGCAACTTCTGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGGCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCATGCGCCAACATGCCCGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGACACGTGGTTTCACCACATTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCACAGCCAAAATTTTATTTTATATAACCTGTAACTTTTGCTTTATGAAAGTTGTTGTTGCTTTGATATACAGATATTAATGATTGTTATATGTTTATTATGAATTGCAGGCTTTAGCATGCTCAAGATCATGGCCTCTGCTTATTTTTTTGTTTGTATTTGCCTTGTAATATGCTGTATTTCTTCCTAGTCTTTTTATTGAAGTTTATCATATATACAGACAATACGTTATTCTCATGAATAATCAGGAAGAGAGCATTCTTGCACTTGTCATTTTGTGTTTACATGTATGCATTTCTATTGGGTTATTCCAAGGAGAGGAATTGGTGAGTAAGAGTATGTGAATCTCCTCAAGCAGATACTGTCAGTTTTCCAAAATGGCTGAACCAGTTAAAAGTTCCCATCAACAGTTTATGCAAGTTCCAATTGATCCATCTTCTTGTTAACACATGGCATTGTCAGACTGTAAAATGTTTGCCAATATGGTGGATATGTAGTGGTATTGCATTGTGGTTTTCCTAACTGATGACTAAGGAACTTGAATACCTTTGTTTTAATGTGCATTGTCCATTTGGATATCTTCCTTTGGGAAGTGCCAGTTCAAGTTCTTAGCCTAGCTGTTGGGAAACTTGTCTTTCATTGTTAATCCTTAAGAGTTCTTTGTATAATCTGAATGAGTCCCTTGTCAGCTTTGTGTATTGTATATATCGTCTCCTAGCGTAAGGTTTGCATTTTTACTCACTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAATGCAATGGTGCGATCTCGGCTCACCGCAAGCTCTGCCTCCCCGGTTCAAGTGATTATCATGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCATGTCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAAGAGACAAGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGATGATCCACCCGCCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCATAAGCCACCATGACCAGCCCATTCACTCTTTTCTGATGAACAAAAATTGCTTTTTAAAATGTAGTCTGATCATTATCATTTTTCTTTTATGGTTTGTACTCTGTATCTTATTCAAATCTTTGCTTATCCCCAAGGTATGAAGATATTCTGTATTTTCATCTATATTTATCTGTCACATGTAGGTATATAAACCTGGAATTGATTTTTGTGTCGTGAGGGGAAATCATGATTTGTTTTCCTCATATAAATTCAGTTGACCTGGCACCATGTATTCAAGACCATCCTTTCTTCCATGTTATTTATTTGCTCTGAAATCTATGGTGTCTTGATATTATAGCCACCTAAGCATTATTTTGATTATGATTTGCATGGTATATCTTTTGCTATCCTTTTACTTTTAAGCTTCCTATACCACTATATTGGGGAAACTGACACCTTGAAAATTATCAGCCTTTCATCCCATGAATGTGATAAATTATTTCATTTGTTTAGGTCTTCTTTAACTATTTGTAGTAATTAATATAAAGACATTGTACAGGCCAGGTGCGGTGGCTCATGCCTGTATTCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAATATGGTGAA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Seq C2 exon
CTCTGCTTTCCCAGCACGCTGCCTCACCAAGAAAGAATCCAGAGAAGGACTGGTGGACTTGGAATGTTAAGTCATGGCCCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197863:ENST00000356725:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains