HsaINT0188449 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000204524 | ZNF805
Description
zinc finger protein 805 [Source:HGNC Symbol;Acc:23272]
Coordinates
chr19:57759973-57774106:+
Coord C1 exon
chr19:57759973-57760068
Coord A exon
chr19:57760069-57764440
Coord C2 exon
chr19:57764441-57774106
Length
4372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GTGTGTTGGATTTCTTTCAGGTG
3' ss Score
9.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGTCCTGTTCCCAGACCTGAGCTGATCTACCACCTAGAGCATGGGCAGGAGCCATGGACCAGGAAGGAAGACCTCTCCCAAGGCACCTGTCCAG
Seq A exon
GTAGGAGCCAAGATCTGGGCAGGTCGGAGTCCCTGCTGGCTTGAGACTTCGAGGAGACCACTGGCCCTGGGATCTCTTGGGAAGCTTCTCACTGTGGCTTCTCTAAGGGTTTGGGAGCCTTGGAGCCCTTTAACCTGTGGTTTCTCCGTCCTCCCAGCCCCATCGCACTTGTCGCCACTCCTGGGGAGGAGTGAGGTGTGTGAACTGAGACTGGTCCTGGGGCTGCAGCCTTGTGTGCCGGAACCCTGGTTAGCCAGTCATCTACTCTGTGACCCCAGTGAAGTTTGTATATGAGTTTGGCTAAGTTAATACCAACTGCTGTATCCAACAAACTCCAAAATTTAAATGATTCACACATGAAAACTCTTTTTCACTCATACCAAGGTCTGTGTGGGTCAGCAGGGAACTCTGTACCACACAGTTATTCAGGACCTAGAGTCCTTCTGTCATCAACCTGTTGCTTTAAGGTTGTCCTGACATCTTCTTGCTGGTAGAGAATTAAGGGAATAAGGAAAGTCATACCCACTTCCAGACCTCCCCTCACATCTCACCCATGGGAACTGGGCATTTGGCTGTACTTGGGTCCATGAGTCTAGGAATTGTGGCTGAGCTGCCTGTCCAAGGAGAAGAGCAGATGGTCTGGTGAGCACCTACTCAGTCCACTACACTCAGTCTGTTCCTGAAAAATGATATTAGAAATTATTTTTATAAAAAACAAAAAAGAAAAACATTATTTTTATGCCATTGGGCAGTTTGAAGTTGTAATCATGTGATACATTAATGCATAAAACTGCATAGTTTCTGAGCCATAGTAAGTGACTTATCAAAATAAGCTATGAGTGTTACTCATGTCATATAAACATTGATGAGTGATGATACGTTACATTTCCTTCTGAACTCTGGGGAATAGGGCCTTTCTTACTCTCCCAATTTCTCTTTCCACTTATATTCTGCCTATCAGCCTCTCCCACCTTCTCCTTCCACCCATTCCCTGAGTGTCAATCAGACACTAAGAAGCAGTAGTTTGCCCATGTCTTCCTATATCTCCTGTTTTCCAAAAACCTCAGGGTGACATTTGACCTTCTGTGTCCCACACTCAGGCTGCTGAGGGCACTGAGGCCATCTGTCATGTGTGTGGATTGGTGCCACTGCAGAGCCTTGGCCTCTGCCCGCGTGGGTTCCTTGAGCTGCTCATCCAACCCTGAGTGTCTGTGCAGTCCCTGTTCAGCCCTTCAGAGTCTGTTCCAGATTGTCCCCTCCTCAGTGCCACATCTGCACTTGAAAATCTCAAAAGCACAAAACTCAACATGCCTAACAAGGAACCCATGATCTTGCTCACTCCTGCCACCTCCCAAGTTTCCGTGAATGGTTCTGCCATCCAGGCAGATTAGGGGACTGGCCCCAACCTCAGACAAGTCAACCCCTCCACCTCCATGAGTCCCTGCATCCAGCCTATCTCCACAGCCTTTCGATTTCACGTCATGCATGCCTCCTGAATTCATCCCTCTATCACCTCCATGAGACCTATCCTTCTGCTTTTTTCTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGTTTCTCCTGCCTCAGCCTTCCGAATAGCTGGGATTATAGGCATGCACCACCACATCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGACACCGGGCCCGGCCCCCTTATGGTCTTACTCTAAACTCTTATCATCTTTTTTCTAGGGGATGTTAATAGACTCCCAAAACTTAATCTCTGTATCTGCTTTGTGCCTCTGGTCAGCTCTTTGTCCTGCGTGGGGTACTCCAGCATTCAGACCTTGTTCCAGACAGTTAATATTTCCCCAGCAACTCAGCATATGACTGCTGATGTATTAGCAGGTTTTCGTGTTGACAGTGTCATCTACTTCTATTGTTTAATCGGCAGTCCTTACACATTCCTCTCAACCTCTCATATCGGTAGCTTCTCTTTTCCCCTGGTGGAAGAGGTCTTACCCTTGGCCACGGCCAGTTTTTTCAAGAGTTTATATTATACGTTTTCATGGACGTTTTTTCTTCACTTATATTCCGCTTGTTTTGTAACTTCATCCTTTCTGTACTCAACATAAAAATATGCTCAACTTCCTTACCCTTGAAGAAAATTCAACAATTCAGTGTTCATGGTTCACAGTGTATTCATATATTCATTCACTGTCTGAGCACTTAATTGTTTACATGTTTTTATATCAGTGATGCTGTGGACATTTATGTATGTTGTTCATCTTTCACATGTGTAGGGACACATTTTTGATGTTTCTGGAGTGAAATAATTGGATTATAGATTATGCAAATGTTCTAGTTTGCAAGATCATTCTCATTGTTTTCTAAAGGGCCTATATCAAAAAATTCCTCTCAGGAATTTTTGGAAGGTTCCATTGATCCATATCCTATCTAATACTTGAAACTATAAGGCCCCTCAATTTTTGCCGATTAAATGGACACAAAATATTATCTGTTGTGCTCTTGATTTGCATTTTCCTCATTGGTAGGGTGGTTTAGTGTCTTTCATGATTCTGAGCCAATCTATATTTTCTTCTGTGAGATGTTATTTGGTGATAAATGCCTTTTTTTCAATTAACTTCTTTGGCTTTCTCTTTTTGATTTTATTTTTGTACATTATAGATACCTATCTTTTATCAGTTACATTTGCTGCCGGTATATTCTTCTAGTTTTTAATTTTGTCCTTCCACTCTTTTTAAAGTATCTTTTGTTCAATGAGTTCCTTACATAGCGTAGTCTGATTTATGTTTTTTTTTTACGTGATTAATGATTTTGTACCTTGTGGAAAAAATGTTGCTTTACCCTAATGTCAAAAAGGTATTCTTGTTTATTTTATTGTAAGTTGTAAAACTTGCCATTTGGCATTCAAGTCTTTATCAATCTGAAGTTGATTTTGAGTATAGAATGTGATAGAATACAATATTTCCATTCCCCGTGTTGGTAGCCAATTTTTCTAGCTCTAATTCCTTAGTAGTCTCTCATCACTGAGGTGCTGTGCCTCTTTGCCATCTACCAAAGCCCCATCTATGTGCAAGGGGATTTCTGAGCTCTCTGTTCTTCTTTATTCCCAGTTTGCATTATGTCTGTGCCAGAGTGGTACCTCTGCCTTATGAGCTCTGTCCTGAGAGTGGCACTGCTCTTCACAGCTGTCACCTAGGTCAGAATCTTGGGAATCAGTCCCCCTGTGCCTCATCTTTCCCTAGATTCTCATCACCACCACCCTCTCATGCACTGTAGCTCATTTGCATATTCTTTCTCCTAAGGCTATAGTGTCTTTCTCACATTCTCTCGTGACAAGTGGGACTTACTTCACTGGGTACCTTCTATTGGAAAACTGCCTTGATCTTTTTCTACCCAGGATTAGCCAAACTCAAGATAAGGACACAGTCCTCCAGGACTTTGTCAAGTCTACCCAAATCCTCTTAATTCCAACTGCAAATTCAGGGATTTCCTGAAACCAACCTTAGGTTTCATAACTTGCTAAAAAGACTCACAACACTTTCTAAAACCTATTATACTCACAGTTTTGTTTATTACAGACAAAGCATACAAATTAGAAGAGGACACGGGATGTGGGGCTGAAGGGGTTCCAAACACAAAGCTTCCTCAGTAACTTGTTACCCACCCAGCATTGAGTGTAAAATATGTGCACAGAGCATTGCAAACCCAGGAAACTCACTGGAGCTCTGGTTTTTAGAGTTTGTTGAGCTTCATTACACAAGCACGGTTAATCGAGACATTGCCCACATTGCCATGTGAAGTTTCCAGCCTTCGTCCCTTTTCCAGAGTTCAGCTGATATCTTGTGGCTCAGAGACCTAACCTTCTACTCACTGGTTGGTCTTTCTGGTGCCACCAGACCTCAGCCAGAGTCATCTATTTAGGATAAACTATTTAGGTACCTATAATGAGTTACCTTTATATAAATATTTAGTCTGGAATTGAAGCGATATCTCCACTCTAGGCCCTGTCCCCTCACCTGGTCTCTCTGCCTGGTCTCCCTTTCAAGGAGTCAGGAATCCAAGGAAAATAAAAGAAACAAATTATAGATCTGGGGTTCAAGATGGCAAAATATAACAGACATAAAGGCACCATTTATAACTTCATTTTTTTTACTGAAGTGGTGAGTTTGTTTCTTCTCTTTTTACATTACTAACAAGCCCTTCTGTGTGTTGGATTTCTTTCAG
Seq C2 exon
GTGACAAAGGAAAACCCAAGAGCACAGAACCTACCACCTGTGAGCTAGCCTTGTCTGAAGGAATCTCTTTTTGGGGACAACTAACACAAGGAGCTTCAGGGGACTCCCAGTTGGGGCAACCCAAGGATCAGGATGGGTTTTCAGAAATGCAGGGAGAACGCTTGAGACCAGGGTTAGATTCCCAAAAGGAGAAGCTTCCTGGAAAAATGAGCCCCAAACATGATGGTTTAGGGACAGCTGATAGTGTGTGTTCAAGGATTATACAGGATCGAGTCTCCTTAGGAGATGATGTCCATGACTGTGACTCACATGGATCAGGTAAAAATCCAGTTATTCAGGAAGAGGAAAATATCTTTAAATGCAATGAATGTGAAAAAGTGTTTAACAAGAAACGCCTGCTTGCTCGGCATGAGAGGATTCACTCTGGAGTGAAGCCCTATGAATGCACAGAGTGTGGAAAAACCTTTAGCAAGAGTACATACCTCCTGCAGCACCACATGGTCCACACTGGGGAGAAGCCCTATAAGTGCATGGAGTGTGGGAAGGCTTTTAATCGGAAGTCACACCTTACCCAGCACCAGCGGATTCACAGTGGAGAGAAGCCTTATAAGTGCAGTGAATGTGGAAAGGCCTTCACCCACCGCTCCACTTTTGTCTTGCATAACAGGAGCCACACTGGAGAAAAACCCTTTGTGTGCAAAGAGTGTGGCAAAGCCTTTCGAGATAGGCCAGGTTTCATTCGACACTACATCATCCACAGTGGTGAGAATCCCTACGAGTGCTTCGAATGTGGCAAGGTCTTCAAACACAGATCATACCTCATGTGGCACCAGCAGACTCATACCGGGGAGAAGCCCTATGAGTGCAGTGAATGTGGGAAGGCCTTCTGTGAGAGCGCAGCGCTGATTCACCACTATGTCATCCACACTGGAGAGAAGCCCTTTGAGTGCCTCGAGTGTGGGAAGGCTTTCAACCACCGATCCTACCTCAAAAGGCACCAGCGGATTCACACTGGGGAGAAGCCATATGTGTGTAGTGAATGCGGAAAGGCCTTCACCCACTGCTCTACTTTCATCTTGCATAAAAGGGCCCACACTGGAGAAAAACCTTTCGAGTGCAAAGAGTGTGGGAAAGCCTTTAGCAATAGGGCAGACCTCATTCGCCACTTCAGCATCCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAGTGCATGGAGTGTGGAAAGGCCTTCAACCGCAGGTCAGGCCTCACAAGGCACCAGCGGATTCATAGTGGAGAGAAGCCCTATGAATGCATCGAGTGTGGGAAAACATTTTGCTGGAGCACAAACCTCATTCGACACTCTATCATCCACACTGGAGAGAAGCCGTATGAGTGCAGTGAATGTGGAAAGGCCTTCAGTCGCAGCTCGTCCCTCACTCAGCATCAAAGGATGCATACTGGGAGAAATCCTATCAGTGTAACAGATGTGGGAAGACCTTTTACAAGTGGGCAGACCTCAGTCAACATCCAAGAACTTTTATTGGGGAAAAACTTTTTGAATGTCACCACTGAGGAAAATCTTTTGCAAGAGGAAGCATCTTACATGGCATCTGATCGTACATACCAAAGAGAAACCCCACAAGTGTCTTCACTGTGAGAAAACCTTCTGTTGCCAAATGTCATTTGTCACCTAAGGAGTCATATTAGAAAATCACGCAGCTTAGAGCCTTATTCTCCATCCGAATTCATCCTGGAAAAACACCCAGTGGTTATTACGCACTTGGGAAAACCTTTAGCTCCATCTTTCTCATTAGTTTACAGTGCAATGTTATCTCAGGAATTTTTATAAACAGAAAGAGGTGACATAGAAAAGAAAATGAAATGCAGACACTGCTTTTATACTGTTGTCTTGTATGTACATTTCTGTCCTGTGTCAGGAAAGTTAGTAAGGGAAGGTCTGGAAACTTACTCAATGTCTTTGTTCTACAACATTGTCTCTTCTTAAGAAGCATTGTTTTTATGAGAAATAATGAAGCCTTGAGTTATGAAATACTTTTATATTTAAGGATTAAAAGAAACATGAATGCGCACATTTTATTGTACCACTTAATACTGTTTAGGTCTTTGATTTTTTAAAAAAATTCTTTTTTAATGGGTTTTAAACACTAACACTGAGAATTTTTCTTGATTCCCATCTGTTGGTTTACTTGATTGCTATAGCTGTATGGTAAATCTCAAAATTAGGTAATGTGATTTCTTTTTTCTTACTATTTTTATTTAAAATTCATTTAGCATTCCTAGTTTGACTTTCCATATACACTTTAGGATTGGTTTTTCTGTTTTTCAAATATTCTTGCTTGGATTTTGATAGAAATTGAGTTAAATCTATAGATCAATGTGTTGGAAATTGGCATCTTAGTCTTCCAATTCATGAACATAGCCTATCTTTTCATTATTTAAATTTTCTTTGATATATTTCATTACTGTTTTATAGTTTACACAGTATAACTCCTGCACATTTAAAATAAGAATTATAGCTGCATAGTTTTTTGAGTGATTGTAAATGGCATTGATATTTAAAGTTTCAATATTCACATGATGTTGGCTAGTATACAGAAACATTATTTTTTCAATCTTATTTTGCTGTCTTGCAACCTTCCTAAACTCATTATTTCTTGCCATTTCTTTTGGGAGAATCCTTAGGATTTTAAATATAGAAATGTCATTTGCAATTTGGGACAGTTTTATTTCTTGCTTCCCATCTGTATACCTTTTATTTGCTTTTCTCATGTTATTGTACTAGGTAGGATTTCCAGTGTGATGTTGAATACGAATAGTGACAAGTTATCCATGCCTTGTTCCTGATATTAGGGGGAAATGTTCAGTTTCTCATTATTATGATGTTGAAAGTTGCTTCCAAAGAGTTTCTCTATCGAGTTTAGAAAGTTTCCCTCTATTCCTAATTTGCTGGGATTTTTTTGGTTATTATTAATAAGTGTTGAATTTTGTCATATGCTTTTTCTCCACCAATTGATTTAATTATGTGATGTTACTTCTATAGTCAGTTGATATGATGTGTTACCTTGATTGAGTTTCAAGTATTGAACCAGCCTCACATCTTTGTGATAAGCCCTACTTGATCATGGAGTATAATTTTGTTTGTGTACTATGCTACAGTATTTCATTTGCTAGTATTTTGTTGAGGAAGCTTTCCTCTGATTTCATGAGTGATAATCTGTAGTTTTCTTTCTTCAACTGTTACTGTTTGGTTTTGATGTCTAGATGATAACTAACCTCCTAACATGAATTGGAAGGAATTCTCTTCTGTTTTTTTGGAAGATCATGTGTAGAATTGGTGTTATTTGTTCCTTTAATGTTTGGTAGCTTTCTCCAGTGAAGAAGTGGGACCTGGAGATTTTCCTTTTGAATGCTTTTTAATTATGTATTTATTTTATTTAATAGGTATAGAACTATTCAGAGTATTTCATATTGGATGAATTTTTATAGATTTTCTTAAGGAAGTGTTCATTTTATGTAAATGTTCTAATTTGTAGCATTCTTTGAAATATTTCCTTTTATCCTCTTGATGGCAGCAGGATCTGTACTTATGTTCCTTGTTGTATTCTTGATATTGGAAATGTATCACTTATTATTGTCAGTCTTTGTAGACATATGTCAATTTCATTGATCATTTCAAAGAAATAGCACTTTATATCACTGATTTTTCTCCAGTCTCTGTTCTTAATTTCACTGATATCTGCTCTGATGTGTATTGTATCCTTTCTCCTACTTGCTCTGGTTGTATTTGACTCAGTGGTTTCCTGACGTGGATGTTTAGGTTATTGATTTGAGGCTTTTTTTCTTTTTTAATATAAGCTTTAAGTTCTATACATTTTTCTTACACTGCTGTTAGTTTCATCCCACAAGTCTTAATATGCTTTTGATTATCTTACTCAGTTCTAAGATTGCCTGATTCCTTTTGAGACATCTTCTCTAACCCAGGAATTATTTAGAAGTATATTGTTTAATAGTGTTTGGAGTATTCCCTGCTATTTGTTATTGATTTCTAATTTGTTTTGCATTTGATGTTACTGTTGAAATTTGTTGACTTTTTTTCCTTATGACCCAGGATATAGGCTGTCTTGTTTTACATAGCTGCTTGAAAAGAATGTGTGTTCTCGGTCATTTGGTGGAGTTTCTGTAAAAGTTTGTATGATCCTGTTAGTTGGTGGTGTTATTTAGGTCTCCTGTATCCTTGCTGATTTTCTGTCTAGTATTTCTATCAATTGCCAAGAGAAGGATGTTGAAGTCCTGAGCTATAATTGTGGAATTACCTATTCCTCCTTTAAGTTCTATCAGTTTTTGCTCCACATAATTTAAAGCTCTGTTGTTTGGTATATACACATGTAGGTTTGCTTAGTATTCTTGGTGTATTGACCCTTTTATAATTAAGTAATGTCCCTTTTTGTTCCTGTTAATACTCTTATCAATTTTTATCTGATATTTGTGTGGTCAGTCTTACGTTTTGGTTAATGCTTGCATGATTTACACTTCATCATTTTTTTAAACCTTATCTATATCACTATATTGGGAGTAAGTTTCTTGTGAATGGCGTATATTTGGGCTGTGGTTTTATATCCAGTTTGCGTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGTTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGGAGTGGTGCGATCTCCGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGGCTCTTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATCCGCCACCATGCCTGACTGATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACTGGTATGAGCAACCACGCACAGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCTGGCTGGAGTGCAGTGGC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204524-ZNF805:NM_001023563:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=0.219
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF0013017=C1_1=WD(100=10.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)