Special

HsaINT0188462 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000204514 | ZNF814
Description
zinc finger protein 814 [Source:HGNC Symbol;Acc:33258]
Coordinates
chr19:58388284-58400442:-
Coord C1 exon
chr19:58400135-58400442
Coord A exon
chr19:58388411-58400134
Coord C2 exon
chr19:58388284-58388410
Length
11724 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
ATCTGTCAACATCATAACAGGGC
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGGGTCCGGACTTCCGGCGCCCTCTGGTGGCGGCCATTTTGATTGGTGTTGGATTTATTTGTAGGAGAGGCTCCTGAGCGCTAGGTCCGCACTGTGGTGACTGAACCCAGAAGTCGGGGAGCAGTTGTCCTCCGCTGCACAGAGGCTACTCTGGAGCTCTGTGACGGCGCCCAGCGTGACCCACTCCTGGGCCAGGATACGGACCGTCGTGCCCATATCTCCTGGCTGGTCGCCCTATCCTCCCGACTCTGCTTAAAACCACGTGGTTCGATGGCTGCCGCGGCTACGCTGAGGCTCTCCGCTCAG
Seq A exon
GTAATTGTGGGGCCTTCTGTGTCCTCAGGTCACCTCATCGTCACCCAAAAGCAGCGAGGTAGCAGCGCCTGTTCACGGCTCTGCAGCCCGGACGCCGGCGTTGGGACACTGAGGCGCTTGCGGGAGGGGCCCCATTTCTGACACCCGTGGGATGCGGTGGGGAGACCGGCAGGTACAGGGACTGGCGCGGGCAAAGGCCTGGAAGTGAACTGAGCCAGAAGGATGGAATCTGGGGTCCACAGGTGCCTGTTGGGAGCAAATTATGAGGCGGAGCTCCTCCTGGAAGAGCAAGCAGGCTGGGGGCTATGAACTCACGTGAGGACCCTAGAAGGCATGGAGATTTTCGAAGAAAGGAGGGATGTCATGAGCATTGTAAGGGTAGAGATAATCAGGTCCATGCATGTTTGTGTCTTTGCACAGTGTCAGGTGATATTTGAGTCAACAAAAGCCATGAGCTAAATGGAGTTCGAAGGAGGCAATTCTCTTGTGATTCCAGTTCACTTGGTAGTTGGCCATGGGCACAGAGGCTGAAGACACTCCCCAAGTCAGTCAATATAGCAAACAATACACAATAGTATACTTAACATGTAAATGTTAAAGGTTAAACATAACACTGTTGTACCCGGGCGAGTTAGAAAAACGCCACACTTTGAGACGAATTAAGAGTCCTTTATTCAGCTGGCGGCCAAAGAGACGGCTAACGCTCAAAATTCTCTCGGCCCCGAGGAAGGGGCTTGATTAACTTTTATACTTTGGTTTAGGAAGGGGAGGGGAGCTTAAATGCAACAACTCTTCAGAAGTAAAAACATGCAAAAAATTAAAAGGATAAATGGTTACAGAGAAACAAACAATTTAAAAGACAAATGGTTACAAAAAGGCAAGGTACCAGGTGTGGCGCTCTAAATCCTTCATAAGAGTTAGATATGGGCACTACGCCAGACACAAACTCAAGGCTTTATGGTGTTATCTTTTGAGCAAAATCCTGGGAACTTCATACATGGTTTGTTCCCAGTCCCTTATCAGTTAATTGGACTCCTTTGATATGTTGAGAATCTGCTTACACAAGTTAACTCCTTGAGGAAAGGGGGGTGGGTAAGGAGTCCTTAATGTCTTGTAAATCAAGGGGGCCAGGTGGAGCTCGTCTGGCTTTCTCAGCTAAGCGAGAGTCTATTCATGTGGAAACGAGGCTAGGTGATTAAGAGAGCAAAAGGGAGAGTCTAAAAACAGGATTAGTGAAAACAAGGTTGGGCATTACAACACAAGGAACAAAATAATGCTTAGCATCAAGAGGAAAAAGATATAGGAGCAAACGTTATGGAACCAGTTTAGAGGGAGCAAGGAAGACAAAAGGCATCTTGGTCTGGGCCAGTTGGTGGGCAATTGGCCTGCAGTCTTACAAGGAAGAGTCTTTGAGGTGGCAGAGCCTTAGGCAGCAGATGCTGAGTTTTGAGCTGCTGAAGGCCTAATCTTTTACAGTTACAGAATACTCTGGTGAGAACTGATAGTGGAAGAGTTTCCTTGTTTGTGACCTTACCTGGTTAGATGTAGTCTTTATTTTTTATTTTGTTTTGTTTTCTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCAGGAGTACAATGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTTGTATGTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCCGACTTCAACTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAACTTGCTAGGATTACAGGCATAAGCCACCACACTCAGCCTATTTTATTTATTTATTTATTTTACTGAGACAGCGTCTCAGTCTGTCACCCAGCCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGAGATTCTCTTGTTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCGCCATGTTGCCTAGGCTGCTTTTGAACTCCCAAGCTCAGGCAATCCGCTCGCCTCGGCCTCCGAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAACCACCGTGCCTGGCCGTCTTTTTTTTTTGTTTATTAAACAAAGCATCTTACCCTTGATGGCAGAGTGCCCTGTGAAATACAAATTGTCTTTTTCTAAGATGGAGTTAGTTATGTCAAGTGTGCTCTATACAAAGGACAGGATCAAAATCTGGATTTTAAAGGTTTTCCGAAGGCCAATCAAAGGAAGAACAGAGTGGAGAGAAGTGATGAGCACCGTGGGGCCCTGGGAGGTTGAATCTTTGTTGTAGATCACATAGGTGGCAGAGATGACATTTTACATTGAGGCATGCAGGTCAGACAAGCAGTCTGAGGTCACCTGACTCCAGGGCCAAGGAGGGGTACCTGGAGGTCTGAGCTTATCACATCCTATCAGGGACACATTCCTGTAATGTCTGCCTCTCCTCCAAGCACTTAGAAGCATTTTAGGAACTCAGATAAGGAAGTGGAGAGTGTTCCATTCCCTCACTGGTACTGACCCCGACCTATATGTTCTCTAGCTTGTGGTGTTGTGGGACTCTTTATTTTTTATTTTTAAAAATATTTTCTTTTTTAAATTTTAAATTTTTGTGGGTATATAATAGGTGTATGTATTTATGAGTTACAGGAGTTATTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGAGAAGGAGTCTCACTCTGTCATCCAGACTGGAGTGCAGTGGCGTGATCACAGCTCACCACAACCTCCGCCTACAGGAGATATTTTGATACAGGCAAGCAGTGGGTAATAATCATACTAGGGTTAATGTATCCGTCACCTCAAGCATTATCCTTTGTGTTTCAAACAATCCAATTATACTCTTTTTGTTATTTAAAAATGTACAATTAGGTTGTTTTTACTGTAGTCACCCTGTTGTGCTACTAAATACTAGATCTTATTCTCTTTTTCTAGGTCTTATTCTCTTTTTCTAGATCTTATTCTCTTTTTCTAGATCTTATTCTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGACACAGTCTTACTCTGTTGTCCAGGCTGTAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTGCCCAGATTCACGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAGTAGCTGGGATTACATGTGCCTGCCATTGCGGCTGGCTAATTTTTGTAGTTTATAGTAGAGATGGGGTTTCACCATCTTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCATGATCCACCCACCTCAGCCTCCCGAAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGCCACCACCGCGCCCTCACATTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCCTTCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCATGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGACTAAACACGTGTGCCACCACACCTGGGTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATTGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCCTGATCCACCGGCCTCGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCGTCCGGCCTACATTTTCTTTATCCATTTATCTGTTGATGACCACTTAGGTCACTTCCAAGTCTTAGCTGCTGTGAACAGTGCTGCAGCAAACATGGGAGTGCAGATATCTCTGTGATATACTGGATTCCTTTTGGTTTATACCCAGCAGTGGGATTGCTGGATTATATGCTAGCTTAATGTTTAGTTTTTTAAGGAACCCCCAAACTGTTCTCCATAGTGGTTGTACTAATTTCCATTCCCACCAACAGTGTACGAGAGGTCCTTTTTCTTCACATCCTCACCAGCATTTGTTATTGCCTGTCTTTTGGATATAAATAAGCCATTTTAATGGGGTGAGATGATGTGCATTCTCTTATGACCAGTGATGTTGAGCACCTTTTCCTATACCTGTTTGCCATTTGTATGTCATTGTCTTTTGTTTGTATTTTTGAGACAGGATCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAATGCTGTAGTGTGATGATGGCTCACTGCAGCTTCGACCACCTGGGCTCAGGCTATCCTGCTACCTCAGTCTCCCAAGTGGCAGGGACCACCACAGGCATGTGCCACCTTGCCTTGGCTAGCTTTTAAACTTTTTTGTAGAGATGGGGGTCTCACTGGTTAAACAGGGTGGTTATAAACTCCTAGGCTCAAGTGGTCTTTCTGCCTCAGTCTCCCAAACTGCTATGATTATAGCTGGGAGGCACTGCTCCTGACTGTATGTCTTCTTTTGAGAAATGTCTATTGAGATTTTTAAATGGGATTATTAAGGGTTTTTCCTATAGAGTTGTTTGAACTCTATATATTCTGGTAATTAATCCCTTTGCAGATGGGTAGTTTGCAGATATTTTCTCCCATTCTGTGGGTTATCTCTTCACTTTGTTGATTGTTTTCTTTGCTGTACAGAAGCTTTTTAACTTGATCTGATGCCATTAGTCCAATTTTGCTTTGGTTGCCTGTGCTTGAAAGGTATTACTCAAGAAGTCTTTGTCGGCCAGGCTCGGTGACTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGGGGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTACATGCCTGTAATCACAGCTACTCGGAAGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGTGCCATTGCGCTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTTCATCTCAAAAAAAAA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Seq C2 exon
GGCACAGTGACTTTTGAAGATGTGGCTGTGAACTTTACCTGGGAGGAATGGAATCTCCTTAGTGAGGCTCAGAGATGCCTGTACCGTGATGTGACGCTGGAGAACCTGGCACTTATATCCTCCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204514-ZNF814:NM_001144989:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PU(95.1=90.7)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains