HsaINT0188462 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000204514 | ZNF814
Description
zinc finger protein 814 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:33258]
Coordinates
chr19:57876916-57889037:-
Coord C1 exon
chr19:57888767-57889037
Coord A exon
chr19:57877043-57888766
Coord C2 exon
chr19:57876916-57877042
Length
11724 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
ATCTGTCAACATCATAACAGGGC
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTGATTGGTGTTGGATTTATTTGTAGGAGAGGCTCCTGAGCGCTAGGTCCGCACTGTGGTGACTGAACCCAGAAGTCGGGGAGCAGTTGTCCTCCGCTGCACAGAGGCTACTCTGGAGCTCTGTGACGGCGCCCAGCGTGACCCACTCCTGGGCCAGGATACGGACCGTCGTGCCCATATCTCCTGGCTGGTCGCCCTATCCTCCCGACTCTGCTTAAAACCACGTGGTTCGATGGCTGCCGCGGCTACGCTGAGGCTCTCCGCTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCACAGTGACTTTTGAAGATGTGGCTGTGAACTTTACCTGGGAGGAATGGAATCTCCTTAGTGAGGCTCAGAGATGCCTGTACCGTGATGTGACGCTGGAGAACCTGGCACTTATATCCTCCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000204514:ENST00000435989:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PU(95.1=90.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains