HsaINT0188610 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213973 | ZNF99
Description
zinc finger protein 99 [Source:HGNC Symbol;Acc:13175]
Coordinates
chr19:22942219-22951202:-
Coord C1 exon
chr19:22951107-22951202
Coord A exon
chr19:22942485-22951106
Coord C2 exon
chr19:22942219-22942484
Length
8622 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ATTATTTTCATTTCTTCCAGTTA
3' ss Score
8.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCGCTGTCTCTAAGCTAGACTTGATAACTTGTCTGAAGCAAGGGAAAGAGCCTTGGAATATGAAGAGACATGAGATGGTAACTAAACCCCCAG
Seq A exon
GTATGTGAGAGTGAATACAAGAAACAACACAAATAAGAGGTCCAGAGGTCCAGGAGAAAGCCAGTTCTCAAAATGTGACCTGAGAAGCTGTGCTCCAAAGGAAGTAGTTTCTGGGAAGACTGAGATTTTTTAAAATTTTGCTCTCATGTAGGGCATCTTCTGTCTTATGCTTTAAAATTCTCTAAGGATTCTATTTTCGTTTTGGTAATTTCCCTTCAAGTTTACAGTGAGAGCCAAAGTTGTGTTCATGGCATATAAGGGACTGCACAATCTGACTGCTTTTCCATATTGGGGACACACAAATATCTGTATAGTTTTGAGAAACTATTTTTAAAAAACCTGGCTCTTTTACCTCACACTTGCTCTATCTCTTACCATGTGATATGTCCAGTTTCTCTTCGCTTTCCACTATGATCATAAGCTTCCTGAGAACACACCAGAAACAGATACCGGCATATACTTCTTGTACAGTCTGTTGAACTGTGAGCCAAATAAACTTTTCTGTTATAAATTATTTACTCTCAGATATTTCTCTGTATGTAAAATATTACAGTCCATAATGTTATCTACATTTTCTATTTTCTTAATCTTCTATATGAATTTTCTATTATTATTGAAAATGGGGTCTCAGTGTCTGCAACTGTTATGTTGCTATGTACTTCTTGCTTCACCTATGTCAATATTTATATATTTTGGAGGCCTGTTGTTATACCTACCTGTACATATAAATATAATAGTTATAGATTCCTGGTAAATTGACCCATTTTACTATTATATAATATCAATCTTTTTCTTGTACTAGTACTTGACTTAAAGCATATTGTGCCCAATATAATTACGACTACCTCACCCAATTGTGGCTACTATTTGCATGAAATATAGATTTTTTTAAATTCTGTTACTTACAGACTATTTGACTCAGTGCTAAAATTGGTCTCTTGTAGAGAACATATTGTATGCTTCTTTTCTTAAGCCACTCAGGCATCTTCTTTCTTTTCCTTTTAATTAATTAATTAATGAAATAGGGTCTCACTTCGTCAACCAGGCTGTTTTGCAATGGTGTAATCATGGCAGTGAACTGCAGCCTCAGCCTCTCAAACTCAGATAATCTTCTAGTTTCAACCTCTTAAGTAGCTGGGTTACAGGCCCATGCCATTAAACCCAGCTAGTTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAGAGACAGGGTTTTGCTTTGTTGCTCAGGCTGTTCTCAAACTCCTGGAATCAAGTTATCAGCCCACCTTGGCCTCCGAAAGTCCTGGAATTACATTTCTTTTTATTAAGTAGTTTGATAAATTTATATTTAAAATGATTTCTTAAAGAAAGTTACGCCAGGCATGGTGTCTCACGCCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTATGTCTGCTAAAAATATAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTATTCGGGAGGCTGATGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGTGGTAAGCCGAGATGGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGACAACAACAGTGAAACTCCGACTCAAAAAAAAAAAAAGAAATAAGAAATAAAGTTATGCCGGGCACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCGAAGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGCCAACACAATGAAACCCCGTCTCTACTGAAAATACAAAAATTATCCAGGCATGGTGGCACGTGCCTGTAGTCCTAGCTGCTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGAGGCGTAGGTTGTGGTGAGCTGAGATCGTGCCACCGCACTCCACCCTGGGCAATAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAATAAAGTTACATACCAGTTTCATTGTTATGTTTTATGTTTTTTTTTTTTTTACATATTTTGTCTCATTTCTTGTTTAACTATTTTTTGTTTAATTTTGTAGTGGCACACTTTGCTTATTTTTTTTATTTTGTTTTGCGTAGTTTCTATAAAATTTTTGTAGTTATGTTGAAAAATGGACATTATGTAAAACATCTTAAGATTAAATCAATGTGTTTTAATATCATAACAACTTAATTGAATACAAAAACTATATTTCTATATTTTCAAGTTTGTTATTAATATTACAAATTATTTTATATTGTGTATTCAGATTTATGCAGATTTATATTTTGTTTTTATATTCTATAGAAGAATTTTAAGGGTATTATGCCTATTATTATAGTAAGACATTTTATATGTGTCTGTATGTTTACATTTAATAGAAAGCTATATATTCATATACGGTTTTTTGATGCTGTCTAGCATCATTTTATTTTTCAACATAAAAGACTCATTTTAGCATTTCTCTTGTTATATATGCACAGTCTCACTCTGTTTTGGGGCTGATCTTGAACTCTTGGTCTCAAGTTTTCTGACTACCTTGGCCTCCTAAAGGTGTAGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCTGGCCACCATGTAGCTTTTTTTTTTAACTGTGCTAGTGGTGATGAACACCCTTACCTTTCATTTTGGAAAGTCTTTATTTTTTATTGTTTTTTAAAGTAAAATAATTTCTGATCAAGTATTATGGATTAAGAATTTTTTTTATTACATCAAAATTTGGAAAGCTCTTTTTTTTCGTCTTCAAGTAACCTGTGTACTACTTTATTTTTTTTTATTTATTTTATTTTTTCATAAGTTATTGAGGTACAAGTGGTGTTTGGTTACATGAGTAAGTTCTTTAGTGGTGATTTGTGGGATTTTTGTGCACTCATCACCCGAGCTGTATACACTGCACTCTATTTGTGGTCTTTTATCCCTCGTTTTCCTCCCACTCTTCCCCCCAAGTCCCCAAAGTCCACTGTGTCATTCTTATGCCTTTGCATCCTCATAGCTTAACTCCCACATATCAGTGAGAACATACGATGTTTGGTTTTCCATTTCTGATTTACTTCACTTAGAAGGATAGCCTCTAATCTTATCCATGTTGCTGTGAATGCCATTAATTTATTCCATTTTATGGCTGAGTAGTGTTCCATTATATATATATCTCACAGTTTCTTTATCCACTCATTGGTTAATGGGCATTTGGGTTGGTTCCATGATTTTGCTGTTGTGAATTACGCTGCTATAAATGTGTGTGTAAGTATCTTTTTCATATAATGACTTCTTTTCCTCTGAGTAGATACCCAGTAGTGGGATTGCTGGATCAAATGGTAGTACAACTTTTAGTTCTTTAGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTACTAGTTTACATTCCCACCAGCAGTGTAGAAGTGTTCCCTGATCACCACATCCACACCAACATCTGTTTTTTTATTTATTTATTTTTTATTATGGCCATTCTTGCATGAGTAAGGTGGTATCCTTTGGTGGTTTTGATTTGCATTTCCCTGGCCATTAGCAATATTGAGCATTTTTTCATATGTTTCTTGGCCATTTGTATATCTTCTGTTGAAAATTGTCTATTTGTGTCCTTAGCTCAGTTTTGATGGGATTTTTTTTTTTCTTGCTGATTTGTTTGAGTGCATTGTAGATTCAAGATATTACTTCTTTGTCAGGTGTATAGATTGTGAAGATTTTCTCCTACTCTGTGGGTTGTCTGTTCACTCTGGTGTTCCTTTTGCCATGCAAAAGCTCTTTAGTTTAATTAAGTCCCTGTTTTGACACTATTCCACAAGATAGAGAGAAAACCCTCCCTAATTTATGTTTGTTTTAATTGCATTTGCTTTTGGGTTCTTGATTATGAAATCCTTGTCTAAGCCAATGTCTAAAAGGGTTTTTCCAATGTTCTAGAATTTTTATACTTTCAGGTCTTAGATTTAAGTCCTTAATCCATCTTGTGTTGATTTTTGTATAAAGTAAAATATGAGGATCCAGTTTTATTCTCCTACATGTGGCTAGCCAATTATCCCAGCATCATTTGTTGAAAAGAGTCCCTGGCCAGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGACGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAATGTGATGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGCAGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAAGTTGTGGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAACAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAGAAAAAAAAAAGAGTATCCTTTCCCTACTTTATGTTTTTGTTTGCTTTGTCGAAGTTCAGCTGGCTGTAATATTTGGGTTTATTTCTGGGTTCTCTATTCTGTTCCATTGGTTTATGTGCCTATTTTTATACCAGTACCATGCTGTTTTTGTGACTATGGCTTTATAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGTGTGATGCCTTCAGATTTGTTCTTTTTGCTTAGTCTTGCTTTGGCTATGCAGGCTCTTTTTTTGTTCCATATGGATTTTAGAATAATTTTTTCTAATTCTGTGAAGAATGACGGTGGTATTTTGATGGAAATTGCATTTAATTTGTAGATTGCTTTTGGCAGTGTGGTCATTTTCACAATATTGATTCTACCTATCCATGAACGTGGACTGTTTCCATTTGTTTGTGTCATCTGTGATTTCTTTCAGCAGTGTTTTGTAGTTTTCCTTGTAGAGGTCTTTTACCTCCTTGGTTAGGTATATTCCTAATTTTTTTTTTTTCTCACAGCTATTGTAAAAGAGTTTGAGTTTTGATTTGACTCTCTGCTTCGTCGCTGTTGGTGTATAGAAGAGCTACTGATTTGTATGC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Seq C2 exon
TTATTAGTTCTCATTTTACACAAGACTTTTGGCCAGATCAGAGCATAAAAGATTCTTTCCAAGAAATAATATTGAGAACATATGCAAGATGTGGACATAAGAATTTACGATTAAGAAAAGATTGTGAAAGTGTCAATGAGGGTAAGATGCACGAAGAAGCTTATAATAAACTTAACCAATGTTGGACAACTACCCAGGGAAAAATATTTCAGTGTAACAAATATGTGAAAGTCTTTCATAAATATTCAAATTCAAATAGATATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213973-ZNF99:NM_001080409:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=PU(19.2=5.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)