HsaINT1010481 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138109 | CYP2C9
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily C member 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2623]
Coordinates
chr10:94949108-94972245:+
Coord C1 exon
chr10:94949108-94949284
Coord A exon
chr10:94949285-94972103
Coord C2 exon
chr10:94972104-94972245
Length
22819 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTGCATCAAATCATTCCTAGGAA
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138109:ENST00000260682:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains