HsaINT1010533 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000186160 | CYP4Z1
Description
cytochrome P450 family 4 subfamily Z member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20583]
Coordinates
chr1:47084824-47094669:+
Coord C1 exon
chr1:47084824-47084978
Coord A exon
chr1:47084979-47094565
Coord C2 exon
chr1:47094566-47094669
Length
9587 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
ATCATAATTTTTCCATCTAGAGA
3' ss Score
7.1
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCCTGGACTCATACCTGAAAGCAGTGTTCAACCTTAGCAAAATCTCCAACCAGCGCATGAACAATTTTCTACATCACAACGACCTGGTTTTCAAATTCAGCTCTCAAGGCCAAATCTTTTCTAAATTTAACCAAGAACTTCATCAGTTCACAG
Seq A exon
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CCTTTAATTATTAATTTTTTCTGACTTTCATAGACCCTCTTACAACATACTTAAAATTTCTGACATGTCCTAAACATTCTTCCTTTAAACAACCAGTCATCTTTTTTAGGACAAGTATTTACCATACAAAATCCTTTCTTTTATAAAATCTTCTTCTTTATAACCTTCTCTTCATAGCTTAAAGTGGATTATATTATGAACCTTCAGTAAAAAGTCCTATTAAACTTAATGATAGTAAAATTTTCATACTTGTTTCTTATCCATAACTATTACTCCTGCCATAAGCAAAACAACCTTGACTAAATCTTTCCTGCAATTATTAATCCTGTTATAAGGATAATAATTAGGCAAGATATTACAGCAATTAGAATTTTATAACCAGAGTTCCACATTGTGGGTGCTACAGTGTATACTTCTTTTGCAAATAGTAGCATGACTATAACAATTCCCACAAGAGTGGCATAGTAAATAATTTCCTTTGAAAAGTTTACATAACATTTCCCTTTGGGGATTTACAAAGTTACAAATGCGATTCTACGAATAATTAAAATCTCCCTGCAAATATGCGTTAAAAAGAGGTTTTAGTATCTGGTGATGATCTTTGAGAGGAAAGGTTAGAAATAGTGAAAAGTATCTGGTGAGGTAGGAGAGGGACTGAGTAAGATAAGTAGCCGTCACTCAGTTACTTATCTTTCATGATTTTCAGCTTAAGATCCTCTGTTTCTTCACATTGATATGGAGACATTCCTCTGAGCTGTCAGGGGTTGCTCCCTCAGCTCTTCAGGCTTTGACTTGAGTGTGATGTATCCAGGAGTTGATTCCTGTAACTTTTACTGCTGAGGGGGTTGAAAGAAGAACAGTGTAGGGCCTTTTCCAGCTTGACTTAGGGAAGGAGAAAGAGCTGAGAGTTTTCACCAATACCAAATTTCCTGGGTTAAATAAAGGTGTTTCTATTTCTTGGGATTGGGTTCTTGTTAGTTGTGTTATCGTCTATTGGAAGTGAGCTAGAGAGTTTACATGCTTAACCAATTTAGAGGTTTCCTGCCTGAAACAATCTCTGAGCACATTGATAAGTTTTTGTCCTTTTCCAAGTGAAAAGCTTGGCAAAGGATTTTAAGGACTTTCCATTGGCTGGAGGCTGGCAAATAGAGTTTGCCATCCTGACTGTAACCATCCTGAGAACTGAAAAGTATGCCCTTGAGAAGTGGCCTATTTTATTTCTGCAGGGGAATACTGGGATTTAATTTCTCTTATGACGCCTTCCTAAATTAGAAGGGGCTTGAAGCATGTTGATGCCCTGAGGCTTCCTTGCCTTTGATTTAGCTGCCTGATCAGCTAACCTATTTTCTTCGGCTATCTTATTTGTTCCCTTTTGATGTCCCCTACAATGCATCCCTCCTATTGCTCATGGAAGAAAAACTGAGGATAATAACCTGCTAATTTTGTGGTGATATTTTATAGGAGGTCCATTGGCGGTTTTCCTTTTAAATGGCAGCATGAGCATGGAGAGCTAAGAGAGCATACTTGGAGTAGGTATAAATGTTAGCTACCTTTCCTTGCTTAATTCAAGTGCTCTTGTAAGAGCTATTAGCTCCGTCAATTAAGTGCTTGTGCCTGGGGAGAGACATTATTTAGAGTGACTACTGCTTATCCTGCCTTATGTACTTCTTGCTTTACTGGCTGTTTGTTAACTAAGAGCTCCCCCTACAGGACAGTGATAATGCCACATCATGTGGAGTGTAAACAGTTAAATTATTTCCTAGGGTTAACCTGGAGGCTTTTTTTTGCTAGTAGAGCTGTTATGACGATGGTTTGGAAACACGTGTAAACAATAAGTTCTAACTGCAACTAAGGTTGAGAAAAATATTGGATCAGAGTTTTTCCTGATATGCCCCTTCCGGTCCTGCTGTGGGAAGAGGGGAGGCCTGGAGTTAAAGGGGAGAAAGGAGACTGGCTCTAATGTTCAGAAGGAGGTCCGCTTTCCTTCCTTTAATTTCCAGAATCACCCAGGGCTCCCGTGCTGTAATAGCAGTTTGAGCCACTGGAGTCGGCATTTGAGTCTCAGGACCCATCAGTCCTGCTGGACCATCTGTGAGAGTGGTCCTGAACCCAGTGACCTCCACCTCTGGGGGCACTTCCATCTCCAGTGATCTGTGCCACAGGCTGGACAGGGTCACGCTGGCTTTGTCTTGCTGCCTGGGCACTCCTTCTTAAAATGCCACACCGATAGAAACTAGCGGATGCAACTTGGGGATCCTGGACTTTGCAAGCCTGCAAAGTTGTTGCTACCGTCTCTCTCCTTCTCCTGAGCTTTTTCTCTTCTTTTGGGCCTCCCCCTGGTCCCTATTATAAAAGACCAAAGTGGCCACATTCAGGAGGTTCTCTAAGGTGCTATCTGGTCCTATAGCTTGCTTCTGTACTTTCCTTCTAATATTGGGGTTCTAGTACAGCCTCTCTCAGCCTTTCTGTAAAGGCTACGGAATTCTTATCTGGCTTCTGGTCTCTTACAGACAGTTTAGAGTAATTGAGAGGGTTGGTCCTGGTTTTCCATAGGCCTTCTAAAATGCATATTAAAAAGTGCTTCCTTTTCCATTTATCTTCTGAGTTATTGGGGTTGCAATTAGGGGTCTTTACCAGAATTGCCTCTCTCCCAATTGGGAATGGTGTTTTTGCTATTTCTTCACTTTCCCTATCTGCTTTCTTCCCTTTTGGTGTATTATAGGAGATATATTGCTCATCTCCAACATTTTCTGTTGCTTGCAGAGCTGCCTGATTTTTAGCTGCTGTGAGGGTCTGGTTTAGGAACAGCATAACATCCCTCCATGGCAGGTGAAATACCTGAGTTAAATTTTGGAAAGCCTCTAAATACCTATCAGGGTCATTAGAAAACTGGCCTAAGTCTCCATTTATTTGCCTAAGGTCCTATAATGAGAAGGGAACTTGAAGGGGCCCCAAATAAGGGGAATCCTCAGATGGTTTCCCTGGAGGTTACTTCTCTAATTTGGGGGAACTATTCTTTTTTGGGCCTGCCTGATATGATTGTTAAAAGAGTTGGGTTGATCTTACGATGTTTGCAAGGGTTTAGTAAAAATGCCATGCACTTGTGCAAAAGAAAATGAGTTGCTTTTCTTTTTGAAGTCCTGAGGTTAAAGAAGTTCCAGTGTTTCAGAGTGCACTCCAGAGGGGTGCAAGCTGAAGATAATCTGTTACCCATCTAGAAAAAGATGTGAGAGTTCTTTTAGTCTCCTTCCTTTCCATATGACCCAGGGTGAAGGACAAGACAGGGGAGCATCCTTCTGGCTGTTTTCTCTCCCTGGTTCTTGGGTCCCAGCACCCTGTTAAATATGCCACCTATGGTCGAAGGCGTGGTCCTCCAAGCTATGGAACCAGATGAACTAAGTGATGCTTTACCCACACAACCTTAGCTTATCCACCTTGTGTCATTCCTCTTTTCACTTCCTAAACCTGTGTAATCTGCCCGGCTCCCCAAAATATGAGAGACTGTGTCATTTTTGGGCAAGCCTCCTTTAATGGAGGCAATGTGCCAAATTGCCTGCTATTATGGCCCATGCTAAAGCATTTACCTTAGAAAAATGGTTCCGGTTAACTTCCAAACTTAGAATCCCCTTACTAAGTACCATTTTAGTAGGAAACAGATTGGATGTCTTAAAAGAACATAGGAACTGAGGGGCTATTTTCATGCTGATGGGACAATATGGAGACTAAAATTTGGCTATGGAAGACATTTTACTCCTAACTGCTAAAGGCAGAACTTTCCTGTTCACAGAAGTAGCTTAGAGCCTAGTTTCCAGTAGAAAAGGCACAAAAAGGAAACGTTGGAAAGCCACAACGTACTGCAGAGAACCAACAATGTGTGTTATGGAGAGAATTTCTGTTTCCACTAGTCATTTATCAGTTCCAGGAGCCTTTTGGCAGAGTCTTCAGGGTTTTCCAGGCATAGAACTTTGTCATCTACAAAGAGAGAAAGTTTGATTTCTTATTTTCCTATTTGGATGCTTTTTATTTCTTTCTCTTGCCTGATTGCTGTGGCTAGCATTCCCAGTACTATGTTAAATAGGAGTGGTGAGAGTAGGCTTCCTTGTCTTGTTCCAGTTCTCAAGGGGAATATTTTCAGTATTCCTCTGCCACTCAATTTGAGCACCAGTCTCTACCATGAGATATGACATCTCATCTTTTTCTTTAAAACCAAAGCCTAGGTTGTACAAATTAAGCTCAGCGATTGGTAACAGTACCCTACATCACAAACAAATTTTACAACCTTTGAATTAAATTTATGTACCAAGCACCTCTAAGCATATATGTCAAACACCTCCAACCTTTACAACAACCCTGTGTGATACATTTAAACATCCTTATTTGAAGGAAGAGAAATTGTGGCTAAAAGGTGGGATGGGACGATTTTTTTAAAAAGACAGCTAGTGGTACTGTCCCTTACCAACTCAGGAACATTGGGTGGGGGGCAGCCAGGGGCTACCGATAAAGCACCAGCTTCTCAGAACTACATTTGGCTTTGATTGACTTTCCAGTAACCTTGATAATAACAAAGATCATAATTTTTCCATCTAG
Seq C2 exon
AGAAAGTAATCCAGGACCGGAAGGAGTCTCTTAAGGATAAGCTAAAACAAGATACTACTCAGAAAAGGCGCTGGGATTTTCTGGACATACTTTTGAGTGCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000186160:ENST00000334194:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.086
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(7.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains