HsaINT1010648 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115827 | DCAF17
Description
DDB1 and CUL4 associated factor 17 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25784]
Coordinates
chr2:171458372-171469030:+
Coord C1 exon
chr2:171458372-171458477
Coord A exon
chr2:171458478-171468887
Coord C2 exon
chr2:171468888-171469030
Length
10410 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
TCCTTTTCCTGTCTCTACAGACA
3' ss Score
11.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTATGGCTACTCTATAGTATTTTTTCACCTTAAAAAAATTAAGTGGTCATATAAATAGTTATTAATTATAGTCATCCAAATGTTTTTCTCATTTATTTAAAAAACTCAATTCATTTTACTCCTATACATCATGTGCCTTGCTATTCAATAATGAATAAGCTTCGAGGAAAATCTGTCAGTTATTCATTGAACCAAAGGCCTGGGGATGCTGAGCCTTGCTTGGCCACAGACCTTTAGCAATTCACTTTACTTTTCTGATCCTTGATTTCCTTATCTGCAAAATGAGTTGCAGCAAATGATACCATCTTAGCTCTCTTATAACTTAGTATTTTACAATTCGATGAAATTTACCCCCTCTCTAAGAAAGGTGTTTTCCAAGAAAAAATTTTTACCATGACATCTGAACATAGAGCTTAGACACAGACAGAACTTCCCAGTATACTTAAAGAGTGCCAAATCACAAAAAGAAAATTATATACAAGTCTATAAATATAGTAAAAATGTTCTATATTTAGCTTATGAAATTCAGTTGTTAGAAAAGAAATCAACTGGCCAGGCATGGTGGCTCATGCCCGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACTTGAGGTTGGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACGTGGAGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCACCTACTCGCAAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAACTTAGACCTAGGAGGCAGAGGTTGTGGTGAGCCAAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAGAAAAGAAATCAACTATTACTCAAATTCAGTAGTAGTACATTAAAAGAAATAGATCATGACTGTTCAGAGTTCATCTCAGGAATCCAAGGATGGTTTAATGTTTACAAATTTAGTAGCTATAAAGATCACATGAGTAAACTAAAAGAGAAAATTTTCTTTATTATCCTAATATCTGTTTATCTTAATTCTTGTTCATTAAGACTCATTCCTTATCATGTTGAACACATTCCTCTTATTTATAACCAACCAATAAGCATTATATTTTTAGGTGAAATGCCAAAGGATTTTCTAATATATGCAGAATAAGATAAGAATTTTTTCTATCATTTTTCCTTAACATTGTATTAGTAATAGACCAAGAAACAGAAATGAATGATGTCATTGTTCAAAAGGAAAAAAATATTATTTTTGGTAGTAAATGACAAATTATAAAAACTACTGGGAGTTCAAGTAAGTTATTCATGAAGTTCAAAATAAATATTTTAAAAATTACTCAAGTTTTTAGATGCCTTGGACAAACTGAATTAGGCAGTTGTATGAAAATTCAGCTCTAGCAATACCTCCTGTATTCAGTACAAATACATTAAAAGCAATCTATTAAGAATTTTAAAACTGTAGGCTGCAGTGGTAACCAGGTTATTTTGAAATGGGTTATTTTGGACAGAGTTTTTCCAAATGGTAGCATTTTTCTTGTTGAAATGCAAATAAAAAGTAAGTAAAGTCTGGGCACAGTGGCTCAAGACTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTAGGCACGGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGTTTGAACCCAGGAGATGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGCGATTGAGCGAGATTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGAGTAAAACAAAAGAACAAAGATGATAAAGACAAAGTACATAGAGCCTGAAGAATTGACCTGGAGTTTTATCCCTTTTTTTAGAAAGAAGACTGGATTTGGGATCAGAATTTTAGTCTGCTGACTAGTAAGGGTGACACTCTGCTACTAATTGGTGGTATGATAGTGGGCAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGAGTGGAGTGCAGTGGAGAGATCACAGCTCACTGCCACCTCCACCTCTTGGGCTCAAGTGATCATCCTACATTAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTTTGGTGGAGATGGTGTTTCACTATGTTGCTCAATTTGGCCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCAGTCTGCCTACCTCATCCGCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCAGCTGATAGTGGGCAAGTTATTTAACCTCTCTGGGCCTCAAATTTTGAAACTTTGAAATAATAATATTTGAAAACATGATCTATGAAATCATTTGTCATTGTAAAAAAAAATAATTCAATGATTTTTGTATGTTTGACTAAGAAAATTAGCACATTATATTGGAAGCTTTCAGTGTTTATTTCATACTGTAGAGACTTAAATCCCATTCATTTCTCCAAATTTGTTTTTCAATCTTAAGGTCTATACAAATAGTATTTATTTTAACTTTAAATAACTTTTTTTCTTAGTGCAAAAGCAGTTCCTTTGCATTATTTAAAAAATTGGGAAATTGGCCAGGCGTGGTGCCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTAGGAGGCTGACGCGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTGCAAGACCAGCCTGGCCAACACAGTGAAACCCCGTCTCTACCAAAAATACAAAAAATTAGCCTGTAATCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAGGAAAGAAAAAAAGAAAAAATAAAATAAAATTTAAAAATTGGGAAATAAAGATAAGCAAAAGAGAAAATGTAAAACATTATAGTCCTCTTACATGGGGTTAACTGTTATCTCCTTGATGTGTAATTTTCTAATCTTATAATGTATATATTTCTATATGTTTAAAACCAAGAAAAGAATCATACCATAAGTGCTCTTTTATAACTCACTTGTTAAGAAATCAACTCTATTGAGGTATAATTTACATGTAATTAAAATGCACCCATTTTAACTGTACAGTTTGAGTTTTGTCAAATGTATACATCCATGAAATCACCACTACAGTCAAGATTTAGAATCTTTTCATCATCCCAAAAAGTTCCCCTGTGCTCTTCGCAGTAAATTCCTCTCTTAACCCAGCCCTAGGCAACCAGTGATCTGCTTTTTTTTCACAGTAGATTAAATTTATATTTTCTGGAGTTTTATATTAATGAAATCACATGGCATGTATTTTTTGGTTTGGCTTCTTTCACTCAGGATATTATATTTGAGATTCGTTTCATGTTGTTGCATGTATCTATAGCCTAACCCACTTTTTGATGTTAATATATTATGAGTATTTCCATCTAGATTATTTAATAGGTGGCCTTGTGAAAACAACAAAGTTGTAATCCTATCTCACTCTTAAATAATAGATGGATCAAAGACTTAAAAGTTTTAGAAGAAAACTTGGGAGAATCTTTTTATCTCAGTGTGGGGAAGACCTTTTTAAGTATGGCACAAAACCCAAAGCCATAAAAGAAGAGATTGATAAATTTGATTATATAAAAATAAAATTCTGCATGGCAAAAAATCCCCAGAAATATACAACATAAACCAACTCAAATAACAACAGGAGACATAGTTACAAATCATACTGTAATGGGGCAATTTCCTTAATATGTGAAGGGTTCTATAGATCAATAAGAAAAGGAGTGATAACACAATTACAAAATGATCAAAGGATATTGTTTAAAAGAAACAGAAATATAAATGACTTTTAATTAGGGGAGTGCAAAGCTCAATGTCACTGATAAGACAAATGTAAATTAAAATTATTATAAGATAACATCTCTTCAGATTCTTAAATATCAGAAAGTTAGAACTTTCGATACAATATGGTTGGTAAAAGTTTAGGCACTTTCATTTATTGTTGGGACCCTTTATGGCCCCCAACAATTTGTCAATATGACAGTTTGTTAATATGTATCAAAATTTTAAATGCGTGTACTCCTTGAACCCAGCAACTTCAGTACTAGGAATTTATCCCAGATATATTCACTTGTACAGAAAGTGATAAATGTACAATTAAAACATTGTTTCTAATAGCAAAAGATTGGAAACAATCTATACATTGGTAAGTGACATTAGTATTATTATATCATCGTATACAAAAGATTGGAAACAATCTATACATTGGTAAGTGGCATTAGTATTATTATATCACCATATAGCTGTATCACAAATTTAATTGCTAAATTGTTAAAAAGAAGGAGGAGTTTTAACTGGGCATAGTGGCTCATGCCTGTAATCTGAGCACTTTGGGAAGCGAGGCAAGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTAGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGCGAGCACCTGTGATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCACGAGAATCACTTGAACCCAGGAGACAGAGGTTGCGGTGAGTGAGACTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGATGGAGCGAGATTTTAAAAAAAAAAAAAAAACAGAAAGAAGAATTCTTTTTGCACTGGTATAGGATAATTTCCAGGATGTGTACTATTAAGTAAAAAAAAAAAAAAAATCGGTGCAAAACTGTGTATATAAAAATCTTCATTTGTGTAAAGTATTGTGTAAAGTATTCATACTCATGTATTAAAGGAATATATATATGGTGATGTGCTTTTGGATTTGCTTGGAATATCTGAAAGGACACATAAAAACTTGATAAATCGGAAGAGATA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Seq C2 exon
ACATGCCACCACTGCTCTTTGAGGTGTCATCCCTGGAGAATGCTTTTCAGATTGGAGGCCATCCTTGGCACTACATCGTCACACCTAATAAGAAGAAACAGAAAGGAGTTTTCCATATTTGTGCCCTAAAAGACAATTCCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115827:ENST00000375255:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains