HsaINT1011608 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000007174 | DNAH9
Description
dynein axonemal heavy chain 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2953]
Coordinates
chr17:11784300-11793664:+
Coord C1 exon
chr17:11784300-11784539
Coord A exon
chr17:11784540-11793502
Coord C2 exon
chr17:11793503-11793664
Length
8963 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TGTGTCTGTTCCCCTTGAAGGGC
3' ss Score
10.17
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTCACTTCAGCGTGTTTGTCCTCTCCTTCCCGGGGGCAGATGCCCTGTCCTCTATCTACAGCATCATCCTCACTCAGCATCTGAAGCTCGGAAACTTCCCGGCGTCCCTGCAGAAATCCATCCCCCCACTGATCGATCTGGCCCTCGCCTTCCACCAGAAAATTGCTACCACCTTCCTACCCACAGGAATCAAATTCCACTACATCTTCAACCTCAGAGATTTTGCCAACATTTTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCATTCTCTTCTCCTCAGTGGAATGTGTGAAATCCACATGGGATCTTATAAGGCTCTATCTGCATGAATCAAATCGAGTTTATCGGGATAAGATGGTAGAAGAAAAGGACTTTGATCTTTTTGATAAAATCCAGACAGAAGTGCTCAAGAAAACTTTTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007174:ENST00000262442:41
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127752=AAA_7=FE(29.0=100)
A:
NA
C2:
PF127752=AAA_7=PD(8.1=40.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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