HsaINT1017240 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000135253 | KCP
Description
kielin/chordin-like protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17585]
Coordinates
chr7:128887215-128889039:-
Coord C1 exon
chr7:128888863-128889039
Coord A exon
chr7:128887301-128888862
Coord C2 exon
chr7:128887215-128887300
Length
1562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAGAG
5' ss Score
0.88
3' ss Seq
TGGACTCCCCGCTCTGCCAGGAT
3' ss Score
6.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTGAGTACCTGGGGGAGTCCTACCTGAGTAACCAGGAGTTCCCAGACCCCCGAGAACCCTGCAACCTGTGTACCTGTCTTGGAGGCTTCGTGACCTGCGGCCGCCGGCCCTGTGAGCCTCCGGGCTGCAGCCACCCACTCATCCCCTCTGGGCACTGCTGCCCGACCTGCCAGG
Seq A exon
GTAGAGCCACACCTGCCCTTCCATTCCCCCTGCTGGGGCTCCCGGGGTGCCTTTCTCACCGATTCCACTTTCCTCCCAGCCCTCCCACTGCCTGCCGCTCCACCATACTTTTCTCTCACTCTCCGACTCCCTCACCTTTGATAGAGGTCCCGGGCACGGCTGTGTGTTTGTATGTATGTGTGTGTGTATGTGTGGCTCTGTGTGTGTGTGGCTGTGTATGTGTGTGTGTCTGTATGTGTGTGTGTGTGTCTGGCTGTGTGTGTGTGGCTCTGTGTGTGTGTGGCCGTGTGTATATGTGTGTGTATGTATGTGTTGCTGTATGTGTGTATGTGTGTATCTGTGTGTGGCTGTGTGTGTTGGCCTGTGTGGGTGTATCTGTGTATCTGTGTGTGTGTGTTGCTCTGTGTGTGTGTGGCCGTGTGTATATGTGTGTGTATGTGTTGCTGTATGTGTGTATGTGTGTATCTGTGTGTGGCTGTGTGTGTTGGCCTGTGTGTTTGGGTGTATCTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCTCTGTGTGGGTGTATCTGTGTGTGTGTGTTGCTCTGTGTGTGTGACAGTGTATGTGTGTCTGTGTACGTGTGTGTGTGACCGTATGTGTGTCTGTGTATCTGTGTGTGTGGCTGTGTATCTGTGTGTGTATGTGTGACTGTGTGTATATGTGTGTTTGTGTGGCTGTGTATGTGTGTGTGGCCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGGCTGTAGCTGTGTGTATGTGGGTATGTGTGTGTGTGTCTGTATTTGTGTCTGTGTATGTGGGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGGCTGTGTGTGGGTGTGTATGTGGGGGGGTCTCTGTGTGTGGGTGTGTGTGCATCTGTGTATGTGGGGATGTGTGTGTGGCTATGTGTTTGTATGGCTGTGTGTGTGGGTGTGTATGTGTATGTGTGTGCGTGGCTATGTGTATGTTTGTGTGGCTGTGTGTAGGTGGGTATGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGGCTGTGTATATGGGTATGTGTGTATGTGGGTGCGTGTATGTGTGTGTGTGGCTGTGTGTTTATGTGTGTGTGTATGAGAGTGTGGGTGTGGCTGTGTGTGTCTATGGCTGTGTGTGTATATGGGTATATGTGTGTATGTGTGTGTGTGGCTGTATGTATATGTGGGTGTGGTTGTGTATGTATGTGTGTGTGGCTGTGTGTGGGGGGGTGTAGGTGTGGCTGTGTGTGTATGTGTGGAGGGGGAGGGGCTGTGTGTGTATGTGACAGTGGCAGTTCTGTTGATGGCAGGTTTTCTGTTGCACTCCCACCTGCTGTGTGTATATGCGTGTATGTATGTGTGTGGCTGTGTGTGTGTATGTGGTTGTGGGTGTGGCTGTGTATATGGGTATGTGTGTGTGTGGCTATGTGTGTGTCTGTGGCTGTGGCTGTGTATGTGTGGAGGGGGAGGGGCTGTGTGTGTGTGTGACAGTGGAGGTTCTGTTGATGGCAGCTCTTCTGTTGGACTCCCCGCTCTGCCAG
Seq C2 exon
GATGCCGCTACCATGGCGTCACTACTGCCTCCGGAGAGACCCTTCCTGACCCACTTGACCCTACCTGCTCCCTCTGCACCTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000135253:ENST00000620378:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009313=VWC=WD(100=95.0)
A:
NA
C2:
PF0009313=VWC=PU(47.4=93.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CTGTGAGTACCTGGGGGAGTC
R:
CTGGCAGGTGCAGAGGGA
Band lengths:
262-1824
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains