HsaINT1022495 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000091436 | MAP3K20
Description
mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17797]
Coordinates
chr2:173075959-173091190:+
Coord C1 exon
chr2:173075959-173076002
Coord A exon
chr2:173076003-173090997
Coord C2 exon
chr2:173090998-173091190
Length
14995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTTTTTCTTTCTTTCTGCAGATT
3' ss Score
13.12
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTCCGCGCCCCCGGCTGCTGCTCACGCCCCGCCCGGGAGCCAG
Seq A exon
GTAGGGGTCAGGCTGGAGCCCGCGGAGGGCGGGGAGGGAGGGGGCGAGGCCCGCCGCGCTCGCGAGTCGTCCCTGCGTCTCGGGGCCGAGGCTCCGCCGGAGCCCGGGAGTCTAGGCGGCCTCGGGAGGCTCCTCGGGGCTCCCCTCCCCGACCCAGGGCCCGCCCGGCGGCGGCGGCCGGAGCGAGCGGGCGGGCGAGCGAGCGAGCGTTCGCGGCGCCCGGGAAGTCCTCGCGGGACCTTGGCCGCGGCGCCGCCAAGTGCGGTTCGGGAGAGTTCGGGCCGGTCCCATGGAGAAGTTGGCGCCTGGAGGCGCGGGCGCAGGCCGGAGCGGCCCCGGCTTTCGCGGTCCCGGGCGTGCGGCACGGGCAGGGGCTCCGCGAGCAGCAGAGCCGGCCAAGCAGCGGGTGACTGGGGCACTGTCGGGAGGCGAACCGCGAGGCCCCCAAATCAGGGTAGGGTGCAGGCCACTTCCCAGCACTCGCTGTGCGTGCGAGGAGGGACGACGAACTTCTGCTTTTCTAAGAACTCGACCGCGAGCGGTGTTGCTTCCCATCCATTTTCCTTCATTCTGTTTTCCTCACACAATTAGGCCATGCGAATAACCAGCAGGAACAATGAACACTAAAGATTAGTTTTAAAAACATGCGTAAATGTATCCAGAGCCACCGCTCCCCGCCCTTCCTGCCCCGGGCTTGGGCAGCATGAAGCGCCCGCCCTCTCGGGCTTCCCCCTTTCCTCCCACCGGAGCCGGGGATGTCTCCTTTGGCGACCCTCAGGCAGCGGCTTTTTGTGGGCTCCCAGACCTGCACCAGGCCCAGAAGTGCTTACCCAGGCCGTCGCCTCGTCTGGCCTCGCTTGCCCATGACAGCTTTCAGAAAACTTTAATTCAGGACTGGCTAGATGACATCCGATTGCCTAAAAAATTTTTTTAAAAAGTTATCTCTGTTAGATCGCTGAAAATGTTATGTTTCTGATGCGCTTTGAGATCGCGCATAAGTACTGTTTATGGGGAACTTAATTACTATTTTTGTTAGTTTCTGTAATAATGAAAGCAACACAATTTAGGGGCCCATTCCAAGTATGGTACAGTAAGCAGCTCTCGATACTGGTGTGTGAGAATCGTCTTACAGAGTGAATTTGAGGATGTTTGACTTAAGATTGTTGAAAACTGTACTCCTTCTTTAACCCCGAAGCTGTTTTGGAAGAGCCTTCTTGCTTCCTCGACCTTCGTTGAAATGAACAGCTAGGATTTAGTGGATCCAAACCTCCAAACACGTTTAAAGACAAAAATAAACAAGTGATTCAAGGCTAGTTAATGTCCTCTTTGTAGTAGGCCTATCTCCACAGTGAAATTTCACTTGTTTTTCAATTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGATGGCTGCATTTTAATTATGGTTATGGTCATTTGTAGAGTCTTTGTTTTAAATTCCTGCTACTATAGTGAGAGATTTAGGAGATTGTAAATGAATACGAATTTAGTTTGGGAAAACAGAATTAAGATAAAGAAAAATGGTCTTTTGGACCACTGCACTGTTTATTTTAATCTATCACAATTTAATTCCTACTATAACTTTTTGAGATTATTTGGGGAGTTTTTTAACTACAAAATATTGTTTAAATAAAAAAATTTAGTGATAATAATTCCAGAGTAAATGACCATGATGCAATTGCAAGGACTTTCTCCGTTGTCTAAAAAAGCAAATAGATGATTGATCCGTTTTTCTTAATCTTTTAGGGAATATATAAGGACACAGTAAAGAGAGAAAAAAAAATCCAAATATTAAACACTCGGACTTGGATCTAAAAATGGATGGTCAAAGATCTTGGGAACTAAGGGGCCTTCTTGCCAAATAAGGAAACTTGGCAAGTTGCACTGTGTATTTTAACTTAGCACAAGAGTGAGTGTTATTGGCAATATATTGGCTCAGAGCCTATCTGGAATGAGCAGTGAAACTGACTTTGATAGGGCTACAAAATTATAAATAGGTTTGTGGGGGCGTGGAGTGAATAATCGAATCATCAGAGAAAACACTGAAAACTTTTCATGAAAATAAGTCAGATGTAAGGTGAAGCTATTAGTGTGGAGTGACAGAGCAAAATGGACAGTTTATTTTAGAAAGTGGTAGATTCAGAAGAGAGGAGAGAATCAGTGGTTTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTAAACTGGAAAAAGATGTTTGTGGGGATATAATACTTCTTGGAATAAGATAGCCCTATGTCTGTATCCTGAGATGTTGGAAATAAAAATGAATTTAGATCACTTGTTTTCCATTTTATTCTACCCAGGACAGATTGACAGGGTGAGTATCTTGTCTATCTAAATGTAGTAGGAACAGTTAAGGCACCTTTTGGTCTTACTGCAAGGAAGATTTAGGCTAGTTTTTTGGTAGCTATTAACTTTGCCCCACTAGACACAAATAAGCAGAGTTCCAGCTGTGACCAGAAAATTGTACCTGGTAAGGGAAGAGGACTATGAATGCTAGAGCTTAGATTGATTCGACTGATACATGGGTGCTTTTATGTCAGACCCTCCTACGGATGCTGAAGCATCGTCCTAATAGCTGTTAAGTAATCCCAGCACAGTAGAAGAATCTGTGAGAACAAAGCAGCCCCACATTTGACACCCTAACCCCAGTGTCTTCAATTGTAATAGGAAATTAAAGCCTCAAATTGAACTTTAGGTGGATGGTGAGCAATCCAGTAATTACTGTAATAAGAAAATAGTTTAAATAGGGTAAACAAAAGGCAAATTAGAAGGAGGAGGCAGAATGTTATTAACAAAAAGACATGATATGGTAGAAAACAATGATATGACTTTGGAGTCAGGCCTGAATTTGACACAAGTTGTGTCACCTGTAAGGTAGTTGGCTTGAGCTACTTTCATACCCCTGATCCTCAGTTTTCTCACTCATGTAAGTTAGGAACAGTAGTACCTGCTTCCTAAGGATAAGTACAGTCATGTGTCCATTAATGATGGGGATACGTTCTGAGAGAACTGTGTTGTTACGTGATGTTGTAGTTGTGTAAATACCACAGCGTGCACCTACACAAACCTAGATGCTATAGCCTACTACACACCTAGGCTGTGTGAGATAGTCCGTTGCTCCTAGGCTACAGACCTATGTAGCATGCTGCTATACTGAATAGGCAGTTGTAACACAGTAATAAGTATTTCTATCGAAAAATAGAAAAGGCACAGTAAAAATACAGTATAAAATATACAGTATCAAAGATAAAAAATGGTACACCCGTATAGGGCATTTACCATGAATGGAGGTTGCAGGACTGGAAGTTGTTTGGGGCAAGTCAGTGAGTGAGTGGTGAGGGAATGTGAAGGCCCAGGACATCACTGTACACTACTGTAGACTTTATAAACACTGTACACTTAGGCTCTACTAGATTTATTTAAACATTTTTCTTCAATAATAAATTAACCTTAGCTTGCTGTAACTTTCTTGTTTTATAAACTTTAAACTTTTTTTTAACTTTTTGAGTCTTTTGAAATAACACTTAGCTTAAAACACAAACACATTGTACAGCTATACAAAAATTCTTTATATCCTTATTCTGTAAGATTTTTTTTCTATTTTTAAATTTAAAAAAAAATTTGTTTTGCTTCTTAAACTTTGTTAAAAACTAAGACAGAAACACACACATCAGCCTAGCCCCACATGGGGTTAGGATCGTCAATATCACTGTTTTCTACCTCCACATCTTGGCTCACTGGAAGGTCTTCAGGGGCAGTAATGTATATGGAGCTGCCATCTCCCCATCTCCAGTGATAACAATGCCTTCTTCTGGACACCTCCTGAAGGACCTGCCTCAGTTAATTTTCTTTTTTTTTTTTTTAAGTGGAAAGAGTATGCTCTAAAATGAGGATAAAAAGTATAGTAAATACATAAATGAGTAACACAGTCATTATCCTTATCAAGCATTGTGCACTGTACATAATTGTATGTGCCGTACCTTTATACAGCTGGCAGCATAATAAGTTTGTTTACACCAGCATCACCACAAACACATGAGTAATGCATTGTGCTATGATGTTAGGAAACTGTGCCATCACTCAGCAATAGGAATTTTTCAGCTTTATTACAATCTTATGGGATCGCTGTTATATATGCAGTCCATTGTTGACTAAAGCATAGTTATGTGGTGCATGACTTTATGAGAAAGCACATAGAAATGCTTGTAACAGTGCCTGAAATTTCAGCCACTGTATCAATGTGGTAAAGAAGGATGTTTTACTACATCTCTCAAGTTATACGCAGAGCTGCTTGCCCACTGTCCTAGTCTGTTTTCTGCTGCTAGAGCAGTCTGTCACAGCCTGGGTAATTTACAAGGAACAAGGGTAATTTATTTGGCTCATGGTTCTGGAGCCTGGGAAGTCCAGGTACATGGCTCTGGCATCTGGCGAGAATCACCCATTGTGGAAGGGTGGAAGGCGAAAGCAAGCCATGAAAGACAAAGAGAAAAAGTGAACTCCTGAGATAATTAACCTACTCCCAGGATAACAGTGAGAATCCATTTATGACCTAATCACCTCTTAAAGGTTCTGCTTCCCAGTACTGTTACATTAGCGATTAAGTAATTAAGTTTCAACATGAATTTTGGTGGGAGCATTCCTACCATAGCACTCAGCTCTTCCAGCTAAGGCTTGCCTTTGGTACCCTGTCCTGTTCCCAAGTTATACTTATGTAGTGGGTATGTAGGTTTTCATAACTACTCTCCTGCTTTGAGTATAAGTGTTTCTAAAGTGTGCTTTAGAACCACTTGGAACCATTTTTATAGCTAATTTTGAGCAAGGCCCCAATACCCTTCTTTCTGGACTCATCTCCAGGCTTCCATTTAAGAAAACCAAAAAGAAAAGGAAAGAATTGCTGTCTGCACGTCATGTAATAAATCTTTACTTATTAAACTTTTCTACCAAAGTACTCTATTGTGGGG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Seq C2 exon
ATTTTGTGGAAGTATAATACTTTGTCATTATGAGATGTCGTCTCTCGGTGCCTCCTTTGTGCAAATTAAATTTGATGACTTGCAGTTTTTTGAAAACTGCGGTGGAGGAAGTTTTGGGAGTGTTTATCGAGCCAAATGGATATCACAGGACAAGGAGGTGGCTGTAAAGAAGCTCCTCAAAATAGAGAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000091436:ENST00000375213:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0771412=Pkinase_Tyr=PU(15.1=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains