DreINT0177160 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044615 | zak
Description
sterile alpha motif and leucine zipper containing kinase AZK [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-386]
Coordinates
chr6:6767468-6774462:+
Coord C1 exon
chr6:6767468-6767566
Coord A exon
chr6:6767567-6774281
Coord C2 exon
chr6:6774282-6774462
Length
6715 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTCTGTTTCTCTTTCTACAGTCA
3' ss Score
9.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGACAATGAGGCTCCGCACATTATCTTATGACTGGGATTGTTCATAGTGCGACAGGCCAACGAGTTTCACCGGACCTCTCGGAACACACGACCAACAG
Seq A exon
GTAGGAAAGCATGGGTTTTTCATGTTAATACACTTTATGTTTCTGTATGTGTTAGTAATACTTTATTTTTAACTATATAACTGTGTGGAATGAGTTTTAACCCTGCAGGGGAATTTGTTTTTGACGACTTCAGGAGTGTGGGATAATGTTCGTCAAGTGTGTTTTTGCTTTCCAGAAGTTCTCCTTAATCTTTAAAAGTCGTATTATTAGTTACATTTTAGATAAAATATAATAAACAAAGAGTAAATTAAGTGTTCTGAAGTCTTAAAAAGTATTATTGGGTGAATCTGTAGTGGTACATAACATTGTATTTACATAACATTGTAATTACATATTGTTTTACACATAAATACAGCCATTTGGTGCACATAAGATTTAAATACACAATTAATGCTGAATTAATGTGAAAATTTCTATTCCTGTGGCCTCTAATTTATGCACAGTTAATAATTTTAATAATATTAGGCTGTAGTACATGTTGTTTTTTGGCAATGCCTCAAGTCTTAGGTATGAATGAGCTGTTTTCAGTCAAAAATAGCTGAAAGTGTGACACATTTGCCTTCTGTTGGCCCCTGATGTCACAGCCAAAGGGCCACAGTAATGATATGCGGGTTGTTTTTAGAATCTGGGCTCTCTTAAAGTGATATCCTTTGTACAGGACACATAGGTCGGCCACTGAACTGGGGAAGCCAATCTGAGGTCATAGATTTCAGGGAAAAATGACGCATGTACTAGTTATGCATAAGAAACCGGACCCCCATGATGACCATCTAACTACAACAACATTAGAGGTGAAAGCAAACACAAGCCTGGTTGTGGAAGCTAGATTTTATAAACATGAATGAGAAACTGTAAAGTACAAAACCAAGCAGTGTTTCCCACATGCTGTAGTCATTTATAGCAGTGGTTCTCAAAGTGGGGGTCGGTACCCCCCGAGGGGTCGCGGGGCAATGAAGGAGGGTCGCCTGGTGATTTCAAAAAATCTATTTATTTTTATTAAAACATAAGAATTAACATATTTTATCCATAACTATACTGAAAATAAAAATAGTCGTTTATAGTTACTTTATTCTATATAGTTAATATAGTAGCTTATAGTTACTAGTTCTATTGGATTGCAACCCCTGGGGTAATTACATTATATTAAAGGCAGCAATAGCGTCAGATGCGTTTTGATTTTATAACATCAGGTTATACTTTCTGGCACATTTAAAGCACTGACACAAATTTAATTGGTGTGTCTGCGTCATTGCATGCAAGGTTTCTGTATTTATAACCACCTCAGAGGATATTGGGGGTCGCGAGTCACTGGCATTGTTATTTTGGGGGTCGCGGGCTGAAAAGTTTGGGAACCCCTGATTTATAGTATAGTATAGTATAGTATAGTATAATATAGTTATAGTAATGCTATATTAAAGTACTTGAAATAATCTGTTGTGGTAATGATATAGTTGCTATGGTAATACAACAACTTTAGTAATATAAACATATCACATAAATACAGTTTTCTACAAATATAGGGTATACTACAATACACCAGTTTACTTTAGTAAAAACCTAAGTATGCTACAGTATTTATTACAGCTTATTAGTTCGCTATAATTAATACTATAATCATACTATTATTATAATGCTATACAGTATATAATACACATTACTATAGTATAGTTCAAAAACACCACAGTATTTACAGTAAATGACTGTAGTATTTCTGTCATGTGCGGCAGTAGTTGCCAGATAAGTTTTCTTCAGTGTTCCAGACTTAATTAATTAATTTATAATTATTTCAAACAGCACATTTAGCATTTTCAGCTTTTAAAAGGCTGCTTTTAGTGCAAGGAAAATTTGTTCTTGTAAAGATTTATGTACCTCTAAATTCAAATATCAATTAAAAATGCCACACTCTTAAGAAGCATGATCAAATTGCCAGATTTGCTTAAAAGGAGCAGTTTTTTTATGTTTCCGCGAGGAATCATGCCTTCAGCTGAAATTTTAGTGGTGTTATATTCCACTGTAGTTTTCATACATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCTCTTTATTAATCTGGGGTTTCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCAAGCACATCAAACACAGCGAAGTTGCAACCCATCACTGGAAAACACCCATACACTCTCATTCACACACATACACTACCCAATTCACCTAAAGCGCATGCCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAAGAAACCCACACCAATACAGGGAGAACATGCAAACATAACCGTCTTGCTGTGAGACGACAGCGCTACCCACTGCGCCACACACAACCGCACTGTAGTTTTAATTTCTAATAATATTACTTTTTAAATAAGGATTTAATTTGATGATTTTATTTATGAACAGTGCCTGTTCTTAACATTCAGTACATAATTTACCTATTGCCTTTTTCAGCGTTTATGCCAAAAAAAAAGAAAGAAAAAATCTGACATCAATTTATGTATGTACGTGTATTTATTGAAACAAATTTCCTAAAATGAAAAATTCTCAGTGAAAAGGTCTTCTTGGTATTGTTAGAGGTTTTAGAAGTGTTATCAAGTCAGCAGCAATGGTTTTCTAATTGTTTTGCCGCATTATTTGTACCCATACACTGCAAAAATTACTTTTATTACTTTTTTATTATTTATTTTTGTCTTGTTTTCAAGCCCAAATGTCTACAAATTCTTAAATCAGGAAGCATTTTCTAGACCAGCAAAAAAACATTGTCTTGTCTTTTGAAATAATATGCCAAAATTAAGTGAGTTTTTCCTTAAAACAAGGAAAATAATCTCATGTCAAAAGGAAATAAAAGATTATTTTGCTTACCCCATTGGCTAATTATTTGGCTTGTTTTATGGAAAAATTTGGCATATTATTACTTAAAACAAGACAGATTTTTTCAGAAAAGCATTTTTTTTTGCCGTGTATATTATAAACATTTCACAAAAGTCTGAAATTAACTTGTTAAGCCAAGAACAAAATCAATCATTTGCAGGAGGAAGCACAAGATTATTTGAAAATCAGACAAAAAGGACAAATGGATTCTATCTCAGCATGAACGACACAATGAAATAAAAAACTTAAATAACTCATGAATTATTTATTTAAAATTGTTGGCTGTATTTAAAAAAATAAAACAATCAATTTAATGTTTATTATATGAATAACAGTGCTTTATATGAATAAATATACATTCCCAAATCACTTTAAGACAAATTAGGCTTAATATAGCTTTGCTTGGTAGCAAAGGAAATAGTAAAATAACAAATAAAACCACATAACCTCAGCCATATACTAGAAATATGATACATGGCAATATATGTAAATTACATATATGACATACAAGTTGCTTGGATTTTACATATAAAATATGTCAAATGAAACATATTTCAAAATATAGCAAAATGCTTTTACATTTTTTGCAACCTTTGGAAATTATAAATATGTGCATGTTAAAATATATTAGCGATAACTTAAACTTTAAACAATAATTTAATAATTTAAATTATAATAATAATTATTTTAATTAGTTAAATAACTGATTTATTATTTATTTATTTATGTGTTTATTATTATTATCATTATTTTTGTTATATTTATTTATATTTTTATTATTTATATTTATTTAATTCGATTTTTGTTTATTTATTTCTTTTATATTTATTTATTTTTATTTATATTTATTTATTTTATATTTATTTAATTATTTTATATTTATTTATTAAAATTGATTTATATTTATTTTTTTATTTATATTTGTTTATTTTGATTGTTTTAATTCATATTTGTTTACTTAAATTTATTTATATTTATTGTTTAATTTTTATTTGTTCATTTAAATTTATTTATATGTATTTAGATTCATATTTATTTTTATTTATTGATTTAATTTAAATGTATTTATGTATTTATTTTATATTTGTTTATTTAAATGTATTTATATTTATTAATTAATTTATTTTATTTATGTTCATATATGGCCATCAGATTTTCATATTTAGATGACAGAATTTGATAGAGACGTTTTTGATAGAGGCAGTTTAGATAAACCCAGTGTGCCATATCAGAATATCATAGAGACATGAGAAACCATTAAAAAATTATGAGGCCAACATTGTGACAGGCAGTTTTGAATGTCCTTGAGTCTTCATACTGTAAGCGCAAAAAAACAAACCACGTCAACAAGTGCATTGCCATGTCAGTGCTGAACTTCCTGTCTTTCTCATTTTGCAGTTCAATTGCCAGTTTCCAGAGCTCTGATATTTGATTATGAATTATAGAGCAAAATCATAAACAGATGGCTACATTTCTACCTAATCATTATATGCTTATTCTGGAGAGCATCTGCAGGATTTTCTCTTTTTTTTCACGTAAACAGAGATAATCTCTAAAACAGTACAGTTGATGTTTATCAATCTTATTTCTGCCTCTCTTTTGTGTTCTGATAATGCCTGAGGTTTCATGTAGACAAAAAAGTGGCAGGAGTCCAGTTGCAGATGTGGTGAGTAAACCCAAGGCAGATACATGGCAAGTCATTCGGCAGTTATGCGAACATGTAAAGGATCACATTGTAAATCACACAGAAGGGGTCGACATTTCACACAGACCCCCCCGCTCAACACAACTCCCCCCTTCCTCCGATTGCGTAACAGTCATGATAATGCAGCAGTTTTCCATGCATGGCTGTAGCTTTCTCTTTAAAGGTCCCATGAAATTAAAATAAAGTTGTTTAGATGTTAGTATCTATTGTTAGTTTTTAGGATATCTATAAGCTGGTAAGCTCCAAAAAGGTGACAAAATTCGCGTTTAGAAGATATAAGCTTGATATAAGCATGTAAAGCCTATAGTTTGTCACTTCCGCTTAAATGGATCAACTGTTTTATTCACGTCACCTCATATTTCTGTTTCTCGTCAAATCCTGACCATTCAAAGGCTCTCTAGTATCTGACATGCACACTGGTCTAGCTAGAAC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Seq C2 exon
TCAGCGTGAATGTCAGTATGAGATGTCGTCCCTCAGCGCCAGTTTCGTTCAGATCCCTTTCGATGACATTCGCTTTTATGAGAACTGCGGCGGCGGGAGTTTTGGGAGTGTGTACCGAGCACACTGGGTCCCACAGGATAAAGAAGTGGCTGTCAAAAAACTGCTGAAGATTGATGCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044615:ENSDART00000065551:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.049
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0771412=Pkinase_Tyr=PU(15.1=60.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]