HsaINT0184423 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr2:173940565-173955918:+
Coord C1 exon
chr2:173940565-173940730
Coord A exon
chr2:173940731-173955725
Coord C2 exon
chr2:173955726-173955918
Length
14995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTTTTTCTTTCTTTCTGCAGATT
3' ss Score
13.12
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGTCTTCCTCATTGGCGCCGTGCAGAGAGGCGGAATGTTCAACTCCTAACTGCAGCGGAAACGTGGGAGCCGCGCGGGCCGCTGTCGTCCCAACCCCCGCCGCCCTCGTCGCGCGCGGGGCCTCCGCGCCCCCGGCTGCTGCTCACGCCCCGCCCGGGAGCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTTGTGGAAGTATAATACTTTGTCATTATGAGATGTCGTCTCTCGGTGCCTCCTTTGTGCAAATTAAATTTGATGACTTGCAGTTTTTTGAAAACTGCGGTGGAGGAAGTTTTGGGAGTGTTTATCGAGCCAAATGGATATCACAGGACAAGGAGGTGGCTGTAAAGAAGCTCCTCAAAATAGAGAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZAK:NM_133646:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)