BtaINT0000263 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Bos taurus sterile alpha motif and leucine zipper containing kinase AZK (ZAK), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001205493]
Coordinates
chr2:23595022-23608298:-
Coord C1 exon
chr2:23608204-23608298
Coord A exon
chr2:23595215-23608203
Coord C2 exon
chr2:23595022-23595214
Length
12989 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTTTCCCCTTCCCTCTGCAGATT
3' ss Score
14.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGCGCCGCGGGCAGCCGTCCCCTCGAACCCCGGTAGCCGTCCCTGCCCTCGCCGCGCGCCGGGCCTCTTGCTCGCGCCCGGCCTGGGAGCCAG
Seq A exon
GTAAGGGGCCAGGCCGGAGGCCGCAGGGGAGAGGGTGGGGGGCAGGCCTATCGCGATCGCGACTCGTCCCGGCGTCGCGGGCCCAGGCCCTGCCGCGGTCCGGACCCCACTGCAGGCACCCCCGCCCGACCCGGGGCCGGCGTCCCGGGCTCCCGCGGCCTTGCGCGGCCGGGAGCGGCTCGGGAAGTTCGCGCGGATCCGATGCAGAAGTTGGCGCCCGGAAGAGTGGGAAGCAGCCCGGGCGTCTCCGGCCGTCTCGGCCAGGCGTGCGGCGCCTCCGGGTCGCGGCTTTCCCTCCCCGGACGCCGGAACGCCGGCCTCGCCGGGCGTGACCCGGGCGTCTCTCGCAAGGCGAGTCGCGAGTCTCCCAAATCAGCGCAGGGTGCAGGCCGCTTCCCGGGAGAGATGTTCGCGGGCGAGGAGAGCCCACTAACTTTTGCTTTCCTGCCAGCGGGCCCAGGAGCTCGCCTCCCGCCAAGGGCGACCGCGCCAGCCCTGCTCCGTGAGCCTGGAGCCCGCGCCCTCCCGCACTTCGAGGGGCCCCCGGGCCTTCCGCGGGCCCCGGGGTGGCCCCTTTGCCGACCCGCTGGCGTCCCGGATTCCTGGGCTCGGAGAAGTGCACCAGGCCTGGGGGTAAAGGCTGAAGCGGCCGCCAAGCCGCGTTGGCTCCTGACAGCTTGCAGACAAACTTTAACACAAAACTGACCAGTGGACATCGAGTTACTTACTGAACGGGGCAGTCGTTGTTAGAGTGCTGAAAATGTTCGTTTCTGATGCGCCTCTGGTCTTGCATAAGCACTGTTTATGGGGAAACTTAATTACTATTTTTGTTACTTTCTTAATAATGAAAGCAACACCATTTAGTGTCCTATTCCAGTGATACTACAATAAGCAGCTTCTCGTGAATGATAGTGAATTAGAATCGACTTACAGAATTAATTCGATACTTTTTGAGCTAAGGTGGTTGTTAAAGCATATTCATATTTTAACCTTAAAGCTGTTTTAGGAGAAACCTTGCTCTCCTGACTTCCGTTGAGATGAACAGCTAGGATTCCGTGGAACCAAACCGACAGACACATTTAGACAAAATGTAAACAAGAGATCCAAGACAGTTAATGTCTTCTTTGTAGTAGGCCCATCTCCACAATGAAATATCATGTCGTTTTTTGACTTTCAAAAAATATAGAATGGTTTCATTTTAATTATAGTTTTAGTCATCTGTGGAGCCTTTGTTTTCTGTTCCTCTACAATAGTGAGCGATTTGGGAGATTGTAAATGAATGCGAATTTAGTTTGTTTGGAAAGAGGGAATTAAGATAAAGAAACATGGTCTTTTAGAGCAATATGTACTGTTTAATCTTTCACAATTTAATTTTTATTATAACTTTTTGGAGGTTATTTTGGGAGTTTTTTTAAACTGGAAAATATTTTTGTTTATATCAAAAGTTTTAGTGGTAATAATTCCAGAGTAAATGACCATAATGGCAAGGACATTTTTTTCTTGTCTAGGAAAGCAAACAGATGATTGATCTCTTTTCCTTATTCTTTCAGGGAACACATAAGGACAAATTAAAAAGAGAGAGATATCCAAATATTAAGCACTGAGGATTTGGATCTAAAAATGGATGGTCAAAGATCTTGGGAACTAAGGGACCTTCTTGCCAAATAAGGATACTTGGCAGGCTACACTGTGTATTTTAAGTTAGCACAAGAGTGAGTGTTATTGGCAATATATTGGCTGAGTGCCTATCTGGAAAGAACAGTGAAACTGACTTTGATAGGGCTTCAAAATTATAAACAGGAGTTAAGAGGGGCGTAGAGTGAATAATCTAGTCATCAGAGAAAACACTGGAGAAATTACAGTGATGTTTCATGAAAAGGGGTCAGACATGGAGTGAAACTATTAGCGTGGAGTGAAAGAGAAAAGTGGATAGTTGATTTTAGAAATTGTTAGATTCAAAGAAAAGAAAGAGAATCAGTGATTTTTTAAAAAAACCAGAGAAGAGTGTTTGTGGTGATATGATCCTTCTTGGAATAAGATAGCCTTATATCTGTATCCAGAGATGTTGGAAATCAAAATTAATTTGCATCATTTGCTTTCCATTTTATTTGACCCAGGACAGATTGACAGAGAAGGTGTCCTGTCTATCTGAATGCAATAGAAACAGCTCAGGCACCTTTTGGTATACTGCAGGGATCATTTAGGCTACTTCTTGTGTGGCTACTAACCTTAAGCAGAGTTCCAGCTGTGACCAGAAAACTGTACCTGGTAAGGAAAGAGAGCTGTAATGCTCGAGCTTAGATTGGTTTGACTGATAGTGGGTGCTTTTGTGTCAGACCGTCCTATGGACAGCTGAACCATTGATTATGCCCTAATAGCAGTTAAATAATCCCACCACAGTAGAAGATGCTGTGAGAACAAAGCAGCCAGGCATTTGACATCGTAATCCCAACGTCATGATGGCTTCTAGGAAATTAAAGCCTCATGTTGAACTTTAGGTAAATGGTAAGCAATCTAATAATTACTAGAGTAAGAAAAGGGTTTGTTTAAAGGGAGGGAGAGAAAAACACAAGTTAGAAGGAGAAGGCAGAATGACAGCATGGGGAAAATATGGTGGAAAAAATGCTGTGACTTTGAAGTCAGACCTGAATTTGAATCTCAGTTGTGTCACTTTTAAGTTAGGCAGCTTTTACATGCTTGATCCTCAATTTCCTCACATGCAAATTGGGGACAGTAATCCCTGCTTCATAAGGATATGAGACAGCACAAAGAAATGCTTTAACCAGTGCCCGAAACTTTAGCTGCCATCACTGAGTGGTAGAGAAGGGGTTTTCCACATTCCCAAGTTATACGCAGAGAATGCTGCCTGTCTCACCTGTTCCCAGCTAAGGCTTGCCCTTGGTAGCCTGCCCTGTTTCCAGATTATACTTATGTGTACATGGAGGGCTAGCAGATTTTCAGAACTATTTTCTTGCTTTGCATATAAGGATTTCTAAAGCAGCTTTGTGCATACCTCTGGTTTTATACACGAGTTATACATTGCTTTATAATATTCTTGGGGAAGGGGAGGAGAATCTGAAAATTAGTGCATTTAAGTTTGAAGAATTTCGGAGCTATAGGAACAGTGGTTGATTATGACCTAGAAGACCAATATTGGAACCGTTCTTACAGCTAATTTTGAGCACAGATTACCTTCAGGGACCAACACTCTTTATGGACTCATCTCTGGACCTCCAAAGAAGAAAATTGAAAACAGAAGGCAAGGGTTGCTGCCTGAAGATCATGGAGTAAATCTTTGCTGATTGAACTTTTCTACCAAAATGTCCTATTTAGGGGAAGAATGTATTCCTTCAGGGATCTGTAGGTATAACCATAAATACTTCCCGTGTAAGCAAGCACTTTCTCTCAGATCCTGCATTTAATCTTAAAAATTTATGTGACCTTGGCATTCTTTTCTATACTGTTTGATTTATTGAACAAACCAATACAAATGCCAATCATGTTTCTTCCCCCAAATCTTAAAGAAAAATCAATGCTGTAAGATGTGTGTTTGTTCATATACCTTCTTCACAGAGCTGGGTACTCCCCCTGAGGGAGCACCCACATTTGAGGAGCTTGGGCCTGGTTCTGGTAAATGGTACTGCACCATTGAGCTTCACAGCCCAGCCCGCCGCATGGGGTAATGCAATTCCATTATGCTGAGAAAAGAATAGTGTAGATCGTCATCCAAAGAGTTTTTATTTTCTGTGGTCACACTGGGGCTTTCAAGGTCAGAAAAGCTCTTTGCTTTGGAAGTCAAGAAGAGGGGGAGATAGTTGTGGGATAGAAATGTGAAATACAGTTTCACCTTCTCAGCCAGTTTCAGATCAGATCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCAACACCAACTCCCGGAGTTCACTGAGACTCATGTCCATCGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCTCTCTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTTGCATGAGGTGGCCAAAGTACAGTTATTCCCATCATTGACATTGATCACCGTGTTCCTCCACGAGGGAGGGGGCTCTCTGTGTCAGGTTCATGACTATATCCCTAAGAAGGGAAGGGAGAGGTCAGTTAGTCAGGGTGTACTCACGGGGTTGGAGTGGATCTTTACGAAACTCTTCATTCCTCTCCTAGTCTCCTCCCCAACTCCCCTTGAACACTCTCAGTGATAAGGAACTCACTACTAAACAGGGTGGCATATTTTCTTGTTAGGCAGCTCTGATAACCCTGAATTCCATCTGTAACTTGTCTACAGATAGTGTGGCCACTGGCTCTGTGATACATACTGTAGAGTCTTCCTTTGGTCTTATCTACTTTTAATGCCCCTGGTTTTGTTTGTTTTCATGTTACTTCAAGATTAGCAAGTTTTAACTCTCATACTTCCCCTTCTCGGGGAACCTTCACTATAGGTTTGTCCAAAATTGTACTCAGCCAGGAAGGTGAGATACTTTCTATTTGACAAGAGAAGAAATAAGAACAGAAACAAGAGCTGAGTAGAAGCAGAATCGTGAATGGGTGGGCTTATTGACTGAGTAGATCTTTCTTACTTATTAGCAACTGTTTTCTCCTCCACCCCAACCTGCACCCCCAACACCTGTGAATTCCTCTTCTAGCCAACTCAGAAATATGCCCACTCGACGCTTTTTTGCTGTACTCAGACTCTGACCTCCTTCTCTTCCTCAGGCCTCCAATCACTCAACGCTCAAAACTTGTAATCGTTTGACTCAAGGAACACCTGCACTGGCCCGTGTCCTGGGTTGTACCTACTCATAGTTTCCTAGCTAGGCCTCTGTTTGAGCATGGACACATTTCCACAGGGCATTTCTGGGCATCAGTGCCCCTTCTCCCTACATTTCTGTTCCTCATG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CCTACCTGAAAACATACTACCAATCAAGACATTTGAAGACATACAGATTCTCCCCCAAAAACTGCGTCCTGGGCACTCTACTCAGGTCGCTAATGGGAGATGTGTTCTGTCAAAGTAAGAGACTAAACCAAGAAAGGGAAGCCAGGAGTTCCCACAGAGGAAAAGATGAAGGATGCTGAGGATGATGGACAAGCCAGTGCAATCAAACCTGGAAAGCCACTGCTTCAGCCAGACTGCTCAAGGTGAAAGGTATAGGAGACGTGTCTCCTAGAAGAAAATAGACCCTCCTCCCCTGTTACCTGATGTTTTTACTTTACTGAGAGGAGTTTTGCAGTTCAGAGAGTTTGATGAGGTGAATACGTTTTAGATGTATACAAAGCTAAGTGAAGTGAAAGTCACTCAGTCGTGTCTGACTCTTTGTGACCCCATGTACTATACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGAATACTGGAGTGGGTAGCCTTTCCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATTGAACCCAGGTCTCCCGCACTGCAGGCGGATTCTTTACCAGCGGCTAAACAAACAGCAAAAACCAAACCGAACCACTAATAACTCAGGGAGAAATGAACAATTATCCAAGAAAGAAAAAGTCATTGAGTCCTGCTCAGCACTCTTGGGAATAATGTTTACCTTGCCAGACTGCTGTAAACAGTGAATATTGACTTAACCAAATGTTACAGTAGAGCGGGATGCTGGGAGGATAGGGCACGTGTGACGTGTTTGATGTAAGGAGGTAAAGGATGGGGGGTGAGAACTAATCTTTCTTCCACAGGGAAAAGTGAATACGTAATAACTAAAATGGAACAATCAGGAACTAGCTATAAAACACACTTTTAGAAATGTGCTAATAGATATAAAAATATCATATGAAATATAAATATCAGAATAAAATCCTAAGTGAGTTGAAATTAGTTCCCCCTGAAGAGAGAATTGGGTGTGAGGAGGGGTAGGACAGGGGAGTCCTAGTTTTCATTTTTTTTTATAAAAGTAAAAATAGTAAAAATATAGATATAGTATTTATAACGCCGAGGGACTCTTACAAGCAGTGTTTTGCATTTTGTTGAACAAACATTTTGCAGATAAGAAGAAACTTGCATGTTCTATGTACCTATCTTTGGCATGGTCTTAAATTTTGTGTTTTGGGGGGTCCTTTTTTTTTTCTCTAATTAACAAAATATGAATCGAAGCAAAAGTTAGGTAACATTTTTGCCTCAAAAATGTACTGACTGTATTTTGATACTGTGTTTACTTATGTAGATTCTAAAGCTATCGTTTAAACTTCAGAGGGTAAACAGTCTTCTCTCTTGCCTTCATCCCAAAGTAGAGTCAAGTTTGACTTCACTTAAGAAATCAGCATTCTTCAGTGACCTGATGCTCCTAAAATGGATTGGCTAGTCAGCAGCACAATAAGATCTATAATAGATACAAATTTGTACTAACATGTGTAATAGATATAAATTGCCCCTCCTCCTCTTTCTTTTGAAAATAATTAGATTCCATAGAAAAGTAATAAAACGCCCACATACTTGTCACCTAGATTCACCAGTTCTTAACACTGTGCTGGATTTGCCTCCTTCCTTTGTATACCCGTTGACTTTTTTTTGGAGGGTGAAGGGGAGTCGAACTATTTTAAATTAAATTGGAGATATCATACTTTGATACAGCACCCAGTATATCTTCCAAGAACAAGGACATCCTTCTACAAAACCAAAATACCATTATTTGCCATGCAGAGAATAGTATTATCTAATGTATAATCAATATTCAGATTTCCCTAAAATCCTCATAATTGACTTCTGCAGTTTTGGGGGATCCAAAATCTAGTCAGTGATCATGCATTGCATTTAGTCATATTTCCTTGAAGTCCTCCATGTACTAGAAACTTCTCTGCCTTTTCAATCATGACTTTGACAGTTATGAAGAGACCAGGGGAGTTGTTTTGTAGAATGTCCTGTACATATGGATTCATCTTTTTGCTCCCTCAGTATAAGATTCTGATTTACAATTTGAGAAGAACATGCCTAAAAGCTTCTTTATCCATCTGCTTTTTTTGCGGGTTCAAAATTTTAGACCTTCTTGTTCTTGGTTGTAGGTTTTTGTTTTGTTTTTCCTGCTAATTTGTGGTTAGGTATAGAGTGTGAAGAATTACCCCTTACCTGGAGAATAGTGAAACTCCTTAGACTGCAGAAAATATCACTGTAATCTCTGTGAGAGGTAATCTGTTCCTCTGGAAACAGGCATAATATTTTTTTTTTAAACATTCTTGGCAGAGATTACTGGATGACTTAATATATTGTAATCAAGGGCAAATTTTCTGCTCTTTAATTAAGTTCTGCTACAGGACACAGTCCAGGGAGCCACTTCTGGAAAGCACTTGGCCAGTTCTTCTCTCATCCCAGAGCTGACCACTTGCTTTTGGAATCCCAGCCCCAAGCGTGCGTTCTGTTTGCAGTGTTTGGGCCCTCCCGTGCCAGCATGCTCAGATGCTTAGGTTATGTATATTTTATGTTAAGTGAGTACAACGCAGGGAAATGGCATGCCTCAGATGCCAGAAGAGCTGTGCAAGCCTCCTGCTGAGAGCACACTTCCCGTTTGTCTTTGCGGTGGGAGAGAGACCTGGTTTCACGGTAGCCTTTAGGCAGAGCTGCTGGGGATGTGCAGGAAGTGCTGTTGCAGGCTTTGTCCGGGGGGGAAATCTGAGCCATTTCTCTGGGGACAGCTGTATTTCAGAGTCTGGACAGGTTGCTGTTGAGTTTTGCTCGGGCTACCAGGGTAAGTGTTTTCATGTTGATTTGTTTATACTTCTGCGTTTCTTCCTCCTAAGTCATCAAGGCTTTTTGTGGAAGCACCACAGGACTTGGTATGCATTAGCTAAAGTGGAATTCAGGGGTTTCATTCTAATATGTTTCTAATCCAGCTTTTTTTTCCCCTTCCCTCTGCAG
Seq C2 exon
ATTTTGTGGAAGTATAATACTTTGTCATTATGAGATGTCGTCTCTCGGTACCTCCTTTGTGCAAATTAAATTTGATGACTTGCAGTTTTTTGAAAACTGCGGTGGAGGGAGTTTTGGGAGTGTCTATCGAGCCAAATGGATATCACAGGACAAGGAGGTGGCTGTAAAGAAGCTACTCAAGATAGAGAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001083:ENSBTAT00000038527:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0771412=Pkinase_Tyr=PU(15.0=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]