HsaINT1023671 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000143033 | MTF2
Description
metal response element binding transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29535]
Coordinates
chr1:93079238-93110428:+
Coord C1 exon
chr1:93079238-93079531
Coord A exon
chr1:93079532-93110229
Coord C2 exon
chr1:93110230-93110428
Length
30698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
GTCTTTTATTCTCTAAACAGAGA
3' ss Score
9.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGACTCTACAGGGGCAGGTAATTCACTGGTCCACAAGCGGTCTCCTTTACGTCGAAACCAAAAGACCCCAACATCCTTGACCAAGCTGTCTTTACAGGATGGACATAAAGCCAAAAAGCCAGCATGTAAATTTGAAGAGGGTCAGGATGTCCTAGCTAGATGGTCAGATGGCTTGTTTTATCTTGGCACTATCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143033:ENST00000370298:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.385 A=NA C2=0.329
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF150571=DUF4537=PU(31.7=28.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains