Special

BtaINT0095831 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
Bos taurus metal response element binding transcription factor 2 (MTF2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046556]
Coordinates
chr3:50514989-50560463:-
Coord C1 exon
chr3:50560300-50560463
Coord A exon
chr3:50515188-50560299
Coord C2 exon
chr3:50514989-50515187
Length
45112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
ATTATTTATTTCCTAAACAGAGA
3' ss Score
6.76
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTTAAAGGGAAGAAGTGGAAGGAAAAGTGTGAGATGGGCGAGAGGTACCTTATATTCGGAGCCCACCAAAAATCTGAGGCAATTCTTCTGTTTAATTAAGTCTAACTGTTAATGCCTGCTCGGATGTAGATTTGTATTATTGTATTCACTTTACAACTGAG
Seq A exon
GTAATTACGGCTTAAGAGATTTTAACTAATTTGCCAAGATTTCTTAACATGTTTTAGTAGTGCCAGAACTCTTAACTGTGTGTTTTACAATCTGGCGTCCTTGGTTGTTAGAAATTTTCTTGGGAAGCAACTAGAGGGAACAGATGAGATGGATTTATCGGGGTGATTTGACGAACTGTAAGGGTTCGAGAACAATGGGAAAAGGGGTATGAAATGCTATTCTATTCTTTAAAACATTTAACTTTGGTTGAAGATAGAGTCCATTTACTAATTCAAATATATAAACCTAGGTAGGCCTGTGTATAATGTAGGAAAGCACCATGTGAGGTCAGTATAGAACTAGAAGTATGTATATAGGGCTGATTTGACTCCAGATGCTCCGGTAGTAGTAACTTTCTCCTTCGGATTGATTCCAGGTGACCCTTCTGTACACCCTGGCTGTAGGTTGGTTTCAGTTTCATGTTTTCATTCTCGAGAATTTCTTTGGCAGTGGATTGCAAAGACAGTGCATTTAAAAGTATTTAGTGTGGATAAAATACAGTGTGCGTCAATTAATGAGTGACCTTTTCGGACGTTTGAAATGCTTTAAATGGAACTGATTTGACTAAGCTTTAAGTGCCCAGTAGTTTTAGCAAGGAAAGAGCTGATTTTAAATTTCTGTTATATTCTTGGGGCTTCCCTGGGAGCTCAGCTGGTAAAGAATCCGCCTGCAATGCGGGAGCCCCAGGTTCGATCCCTTGATATTTGGAATGTTGTTCACCCTCCAAGCAAACGTTTGAAGTGATAACTTGGGATGGGAATATGAGGTGAAGCTTTTTGTTTCTGTTTTTTTAGGTTTCCAAATATAAAAATCTATTTGAATTCACATTTTAAATTTGTTCACCTCCATTTTTTTTTAAGTGCTAAAAATATTTTAAAATATTTGAATTAAGAGTGCACCTGTTTCCTGATACTGCACATTCATGTCAGAGGGCATTAACGAAATCTATACCTACCGGGAAGAAGCGCACTCACAGTTTTAGAAGTAGAAGTATAGAAATCATCTGGCTAAACATTATATCTAGGCAAAACAATGTATTTAATTATGCTTTTAATTATGCCTGTTACCTCAGAACTCAATTAGGAAATTAATTTTATTCTGTGTATTTTGCTATGGGTCATAAACTCTTTGATGTCATGGATTATAAATAGACCTTTTCATTACATCTTTGACTGAAAGGATACTTTGCTTTATATTTCAGCATAATCTTTACATCTGACTTTAGGAAACTGGCAGTATAGTGAAATCTAGTTTAACAGATGGGGAAATTTGCCTCTGAGCATTTGCCAAGGCCAACATCTGTAGCTTAGTCGTTCTGAAAGTAAAATTTAACTCTAGCTTTAGTCAGTCTAAACTTCCATGAATGATATTTCTTTGTTGATATATTATGCTTTGTTTTCCCTGTTCTTCAAGATTTGTTTCTTGTAGCAAAATACAGTATATGTGTGTGTGTGTTAAGTTGTTTCAGTCCTGTCCTAATCTTTGCAACCATATGGACTGGAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGAATTGCCACGTTCTTCCTGACCCAGGAATCTGACCCAGGGATCTAACCCCCGTGTTTTACATCTTCTGCATTGGCAGGCGGGTTCTTTACCACTAGTGCCACCTGGGAAGCCCAAAATACAGTATAACAACCCTGAATTGGACTATGATGGTTTCTCTGTGGATGTTTTTTAATGTGTTCAAGTAGTGTTCTCCGATGGAACTTTCTGCAGTGATGGCAGCTGTCTATATCTGCTGTACCCAGTATGGTAGCCATAGGCCCATGTGGTGTTAAACACTAGAAATGTAACTAGTGAGGCTGATAATTGAATTTATAATTTAATATACTTCATTTAAACTAAAATTAAAATGGCCATATGTGACTGCTGTATGGGACAGCACAGTATTGCATCCATTTATTAGGAATTGTCAAACCCATTAACCATGGAAACCACACGAACCCGAGGGTAAGGAACTATCTTTGAACTGAAGGGATTCACATTCTCTTTGTACCTTTTTAAGGTGAAGTAATCTTCATTTTTGCACACACCATGTCTTCTGTCATGTATCTGTTTTCACATAACATTGCAAAAGAATAATGAAGGTAGCAATGTCTCTTGTTTTTTTTTAAGATACAAGATTCTTTTTCTTTCGTCAAAAACAACAGAAATGGATTTTAAGAAAATTAGTTTACTTTGCTATTTAAAATAATTTGTTATTTTTACACATAAAATTTCAACACATACAAAATGAACAGAAAGAAGTATAAAGAGCTTTTTGATGGAAAATTTATACATATTGAAATGCAGATATTAACTCTACACTTTAATAGCTTGAGATATAATGCATGTTTTATATTTATATATACATATACTTGGAAGCTTCCCCGGTGGGGTAGCGGTAGAGAACCCGCTTACTCATGTAGGAGACATAAGAGACATGGGTTCATCCCTGGGTTGGGAAGATTACCTGGAGGAGGGCACGGCAACAAGAATCCATGGGATTCTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGAGACCTGCCGGGCTACAGTCTATAGAGTTGCAAAGAATCTGATATGACTGAAACGTCTTAGCGGGCAGGCACACAGTCATAAGGGAGAGGCAGCATTTTGGGCTTCTCTGGTGGCTCGGTGGTAAAAAGTCCACCTGCAGTGCAGGAACCTCAGGAGATGCAGGTTCGATACTTGGGTTGGAAAGATCCCCTGGAGGAAGAAAAGGCAACCCACTTCAGTATTCTTGCCTGGGAAATCCCATGGACAGAGGAGCTTGGGGGGGACTACGTCCATGGGGTTGCAAAGAGTTGGACACGACTGAAGTGACTTAGCATGCATACATACATAATTCACATGTATGTACCCTTTTAATTTACAATTCAGTGATTTTTAGTATATTCAGAGTTGTGCAGCCATCATCATTATCTAATTTCAGAACATTTTCTTTACCCCAAAACGAAAGTCTGTATTCATTAGTCAGATCAGATCAGATCAGTCGCTCAGTCGTGTCCAACTCTTTGCGACCCCATGAATCACAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTCAGTAATGTCATACAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAGTGAGTCAACTCTTCACATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCTTAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGTGCTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGAACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCACTCTTTATTCTTCCCTACCCCTACCCTGGACAACCACTAATCTACTTTCTATGTTTGTATTTTGCCTATCTTGAATATTTCATACGAGTGGAATCATACATTTTTGAGGCCTTTTGTGTTTGGCTACTTTAACCTGTTGTAATGTTTTCAAGGTACATCCATGTTGTAGCACTTGTAGTAAGTACTTCCTTTTTATGGTTAAAATATATTTCATTGTATGGACATACTACAGTTTGTTTATTCATTCATCAATTCATTGACGTTTTATCCCCACTTTTTGGCTATTAATGAATAATGCTACTGTACACATACATATGCAGGGTTTGTATGGACATGTACTGCCATTTCTTTTAGTTACATAGCTATGAGTGGAATTACTGGGTCAGATGATACCTCTGTATTTAAAGTTTTGAGGAGCTGCCAAACCATTTTCCAAAGGCCCTGGACCCTTTTATAGCCTCACCAGCAACTACAGGGGTTCCATTTTCTCCATATTCTTGCTTATGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCTTGTCTGACTCTGTGCGACCCCCATAGATGGCAGCCACCAGGCTCCCCCGTGCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGCGGGTTGCCATTGCCTTCTTCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTTCCAGGCTCCTGCGTCCACGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTGCCTTCTCCAAATCCTTGCTTATACTTGTCTTTTTGATTATAACCATCCTACTGGATGTGCAGTGGTATCTCATTGTGGTTTTTATTTGCATTACCCTGATGGCTAATGCTGTTACATGTTTTAAACCCTGTGGTTATTTGGGTTGTGGTATGTCTTGTTTGAATAACTGCCTATTCAGGTCCTTTGCCTCTTTAAAAAAATTGGATTCTCTTTTTAGTGAGAGTTGTAAGCATTTTTGTGTATTTTGAATCCAAGTCCCTTATCAAATGTATGATGTACAGTTATCACCTGTGGGTTGTCTTTTCACTTAATGATGTCCATTGAAACACAGAAGTTTTCAATTTTGAAGATGTTTGATTTATCCCCTTTTTCTTTTTTGCTTGTGGTTTTTTTTGTTATTACTATCATTTTTCAGCTGTGCCGAGTCTTCATTGTTGCTGAGGCTTTTCTCTAGATAGGTGTATCAGTTTCTCATTGCGGTGGCCTCTCTTGTGGAGCATAGGCTCTAGGGTGCCTGGGCTTCAGTAGTTGCAGCATGTGGGCTAGGTTTGTAAGGTACTTGGCCTCTGGAGTGCTGGCTCAGTAGCTGTGGAGCTTGGGCTTAGTTGC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CTAATTATAAGGTTTTTAATGGATAAAACATTTTGATAAATACATGATTGGTATAAAATATAAGCTTTATAAGTAAATCAGTCTTATATGTGATTATTTATTTCCTAAACAG
Seq C2 exon
AGACTCTACAGGGGCAGGTAATTCACTGGTCCACAAGCGGTCTCCTTTACGTCGAAACCAAAAGACCCCAACATCCTTGACCAAGCTGTCTTTACAGGATGGACATAAAGTCAAAAAGCCAGCATGTAAATTTGAAGAGGGTCAGGATGTCCTAGCTAGATGGTCAGATGGCTTGTTTTATCTTGGAACTATCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001393:ENSBTAT00000001831:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]