HsaINT1025299 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000119508 | NR4A3
Description
nuclear receptor subfamily 4 group A member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7982]
Coordinates
chr9:99833282-99844848:+
Coord C1 exon
chr9:99833282-99833454
Coord A exon
chr9:99833455-99844648
Coord C2 exon
chr9:99844649-99844848
Length
11194 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
CTCTCTGGTTTGCATTCTAGTAC
3' ss Score
8.05
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGTCCGTACAGATAGTCTGAAAGGGAGGAGAGGTCGTCTGCCTTCCAAACCAAAGAGCCCATTACAACAGGAACCTTCTCAGCCCTCTCCACCTTCTCCTCCAATCTGCATGATGAATGCCCTTGTCCGAGCTTTAACAGACTCAACACCCAGAGATCTTGATTATTCCAGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TACTGTCCCACTGACCAGGCTGCTGCAGGCACAGATGCTGAGCATGTGCAACAATTCTACAACCTCCTGACAGCCTCCATTGATGTATCCAGAAGCTGGGCAGAAAAGATTCCGGGATTTACTGATCTCCCCAAAGAAGATCAGACATTACTTATTGAATCAGCCTTTTTGGAGCTGTTTGTCCTCAGACTTTCCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119508:ENST00000395097:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.515 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PU(32.8=91.0)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains