MmuINT0110553 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028341 | Nr4a3
Description
nuclear receptor subfamily 4, group A, member 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352457]
Coordinates
chr4:48056534-48067862:+
Coord C1 exon
chr4:48056534-48056706
Coord A exon
chr4:48056707-48067662
Coord C2 exon
chr4:48067663-48067862
Length
10956 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
CTCTGTGCATTACTTTCCAGTAC
3' ss Score
7.43
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGTGCGTACAGACAGTCTGAAAGGGAGGAGAGGTCGTCTGCCTTCCAAACCAAAGAGCCCACTACAACAGGAGCCCTCGCAGCCCTCCCCGCCATCTCCTCCGATCTGTATGATGAATGCCCTTGTCCGAGCTTTAACAGATGCAACACCCAGAGATCTTGATTATTCCAGA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TACTGTCCCACCGACCAGGCCACTGCAGGCACAGATGCTGAGCACGTGCAACAGTTCTACAACCTTCTGACGGCCTCCATTGACGTGTCCAGAAGCTGGGCAGAAAAGATCCCAGGATTCACTGATCTCCCCAAAGAAGATCAGACGTTACTTATAGAATCAGCCTTTTTGGAGCTGTTTGTTCTTAGACTTTCCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028341:ENSMUST00000030025:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.534 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=PU(33.0=92.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types