HsaINT1026481 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000132915 | PDE6A
Description
phosphodiesterase 6A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8785]
Coordinates
chr5:149868095-149883536:-
Coord C1 exon
chr5:149883429-149883536
Coord A exon
chr5:149868159-149883428
Coord C2 exon
chr5:149868095-149868158
Length
15270 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TATGTGAGT
5' ss Score
5.56
3' ss Seq
AGGGTGTCCTGTGTGCCCAGGGC
3' ss Score
6.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGAGGACGATGTTCCAAAAGATCGTGGATCAGTCTAAGACATATGAGAGTGAACAGGAGTGGACACAGTACATGATGCTGGAGCAGACACGGAAGGAAATCGTTAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCCATGATGATGACCGCCTGTGATCTCTCAGCCATCACCAAACCCTGGGAGGTGCAGAGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132915:ENST00000255266:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.004 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0023314=PDEase_I=FE(14.5=100)
A:
NA
C2:
PF0023314=PDEase_I=FE(11.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains