RnoINT0108900 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017816 | Pde6a
Description
phosphodiesterase 6A [Source:RGD Symbol;Acc:1306835]
Coordinates
chr18:56593112-56609254:+
Coord C1 exon
chr18:56593112-56593219
Coord A exon
chr18:56593220-56609190
Coord C2 exon
chr18:56609191-56609254
Length
15971 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
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3' ss Score
4.44
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GGCCATGATGATGACCGCCTGTGACCTCTCAGCCATCACCAAGCCCTGGGAGGTGCAGAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017816:ENSRNOT00000024171:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0023314=PDEase_I=FE(14.5=100)
A:
NA
C2:
PF0023314=PDEase_I=FE(8.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]