HsaINT1026925 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000011405 | PIK3C2A
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8971]
Coordinates
chr11:17136482-17145731:-
Coord C1 exon
chr11:17145668-17145731
Coord A exon
chr11:17136626-17145667
Coord C2 exon
chr11:17136482-17136625
Length
9042 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TTTATTTTTTATTTTTAAAGAAC
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACCCTGTTGAAGAACTCTTAGATTCTTATCACAACCAAGTAGAACTGGCTCTTCAAATTGAA
Seq A exon
GTAAGTCTTAATTCACATTTTGGCATAATGACTTAAAGATTCTTGCTGCTTCTTTCTCTTAAATGGTAGTGTTGGCATTGGATTAAATATTTTAGGACTTTTAAGACTATATTCTTCTTTTTAATTTATAAAGAAAATAGGTTTAATTGACTTACAGTTCAACATGACTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTAAATCATGGAAGAAGGCACCTCTTCATAGGGCAGCAAGAGAGAATGAGTGTCAAGTGAACGGGACCCATTATAAAATCGTCAGATCTCATGAAAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGGGGGAAACCACCCCCATGATTCAGTTTATTGCCATCTGGTCCCACCCTTGACACGTGGGGATTATTACATTTCAAGGTGAGATTTGGGGGGGACATAGAGCCAAACCACATCATTGTGCCCCTGGCCCCTCCTAAATGTCATGTCCTCACATTTCAAAACACAATCATGCCCTTCAAATAGTCTCCCAAGGTCTTAACTCATTCCAGCATTAACCCAAAAGTTCAAGTCCAAAGTCTCATCTGAGACAAGGCAAATCCCTTCCACCTATGAGCCTGTAAAATCAAAAGCAAGTTAGTTACTTCCTGGATACAATGGAGGTACAGGCGTGGGGTAAATACAGCCGTTCCAAATGGGAGAGATTGGCCAAAACAAAGGGGCTACAGGCCCCATGCAAGTCCAAAATCCAATAGGGCAGTCATTAAAGCTTAAAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCTGAGTCTCCATGTGTTGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCTCTGCAACCTCTGCCTCCTGGTTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAGAGGCATGCATCACCATGTCTGGTTAATTTTTATATTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCCACCTTGGCCATCTAAAGTGCTAGGGTTACAGGCATGAGACACCGTGCCCAGCCAAGACTATATTCTTGACATTAATGTTTCATGTCTTGTTTTCGGACCTAACTTACCCCCAAAATTTTCAGTAATGCTTAAATTAACATGTTTATTCTCACTTCAGCTCTGTTGCCAAGAAGAACCTTCAGTTCATCTCTAAAAGCATTTATTGGATGCTTACTATATGCTGAATGCTAGAGTTATGAAAATGAATGACCTAGTCCCCACCTATCAGGAACTTAAAAACTAGTGGTGAGGGATTTAAACAAAACTTCAATATAGTATAGTAAAATGTATTATAGAGGTATGCCTTGCAGTTATGGAAATCAAGGAAGAGCACCTTACCTAAGTTGAGGGTTCAAAGAAGGCCTCTTAGAAGGGATGTTCCCTGAACCAAGTCTTACACAGTTAGCAAGAAAAAATTGGGAAGGGTATATAAACAAAAGCAGATAGGTGTGATATTTACATGGAAGTATAAGCAATTCTGTGATAGAGTACAAAGTATAAAATGAAGATTGGCAGATGACATTGGAGATAGCTATGTGATTATTATCCTTATAATCCATGTTAAGGAATTTTACTTTATCTTCTAGGTCAGGAGACCATATCCAGTCTACTTTCTAATTTGTAAATTAAAAAAAAAAATTAACAAAACCACACCCCTGGATTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTTACCTTGTCACCCAGGCTGGAATTCAGTGATGTGATCTTGGTTCACTGTAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTTTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACTCGCCTTGGCCTCCCATAGTGCTGGAATTGGGCGTGAGCCACTGCGCCTGGCCCCATACCCTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTAACATATTCTTTCTTGTCATTTACATTTGTGCTCCAACACTAGAGTTGAGTAGTTGGAACAGAGATTGTGTATCCTGAAAACCTAAGCTGTTACTGTTTGGCCCTGTACAGAAAAAGTTGGCCGACTCCTGCTCTAGCCACTTAAGGTGTTTTTAGCCTAGGGTGGGTTGGGTGAATTGTTTAGTCCTGTGATCTGAAATCACTCTGGCTGTATTGTGGAAGTTAGATTTCAGGTTGGGATTGGTTTCAGAGCGAATATTTAGAAAGGTTTTTATAGCAGTCCAGGTGAAAGATAAAGAGCATGGAGAAGTTAAAAAGGAGAGAACTGATTAACAATATTTAGGAGATAAAATTGAAAAGATTTTAATAGGTGATGAGATGTGAGTGAAGGGGAAAGAGTATGAGTGTAGGATGGCTTCCATATTTTTATCTACAAGTACATTCTTATCAACATATAAATATATTTATTCAAAAATATTCACTGAATATCTCTGGTAAGCTGGAGTTTACTAGAATCTGGAGTTTCGTATGGAGTGTCCAGGCTAGAGATAATAAACTTGGAAATCATCAGAATATAAATTGTATTTTGCAGCCATAGGCAGGATGAGGTCACCAGGAAAATCATTGTAGATGAAGAGTTGCCCATCTTAAAAAAAAAAAAATCCCCACCCCGCCCCCTGCCGCAGGAGCCACACCATTTCTCTATTCTCCTTGCCACAAAACTTCTGAAAGTTAAGTGGTTTTACAGCTTCCAATTCCTTTCTTCCCATTCTCTTATATGCCCACTCCAATCAGTTTAGTACTTCCCTGAAACTGTACTTATTAAGGTCATCAAGGACTTCCATGATCCTGAATTCAGTAGTCAGTTCCTAATCTGTTGATGGATGGATCGATGGATGGATGGATGACAGGGTGTCACTCTGTCACCCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCACAGATCACTGCAGCTGCAACCCCCTGCAGATTTCTCTGTGTTGTCTGGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAACAATCATCTTGCTTCGGCCTCCCAAAGTGTTAAGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCACCAAGTCTTTATTTTTCTCAACCTGTCTGTATTTTTTGATACAGTTGATCATGTCTTTCTTTTTGAAATACTTAGTTGGCATCTGGGATACCACCTTCTGCTTTCCTTATTTCCATTAGCTGCTCTGTCTCACTCTTACTTGTGGCTTCTTCCTTATCTTCCTGACTACCAAACATTAGCATATCCCCAGGGCTCAGTTCTAGGACCTCTTCTCTCTGTATTCACATCCTAGGTGATCTTGGTATATCCCTATACTGATTGACTCTGAAATTTATATGTCTAACCTTAACCTTTTCCACATCTCCAGACTCAAATATCTATTACTTGACATCTTTATGTGAATATCTAATTAATTGACATCTCAAATTTAAGATGTACAAAACTGAATTTTTTATAGTACCCATCATATCTATTCATCCATCGACCTTTCCTTTCTCTTTTTAAGAGTTTATTTTTTGAGAGCAATGTTAGGTTCAGAGCAAACTGAGAGGAAGGTACAGAGATACCTCATATACCCCCTTCCCTACACATGCATAACTTGACCTCATTATTTCCCTTTTTAATAAATGGCAACTTTGTCTTCCATTTGCTCAGACCAAAACCCTGGAGTCATCCTTGATGTCTCAAGAAAAAGATCTTATACATTTCACATTCAGTCTAATTCTGGTCAGCTCCACCTTGAAAATACATTTAGAATGTGAGCACTTTCATCATTACCAAAGCTATACTCTAGTCAACTGCAGTAGTTTCTTACTAATTTCCCAGTGTCTACCCCTGCCCTCTACAGTATGTCTTCCACAGGCAACCAAAATGATCTTTTGAAAATAAGTCACTAAATGTAATGTGATATCCTGGATTATATTCTGGAAGATAAAAAGCTCATTAGTGGAAAAGTTGGTGAAATCTGAATAAAGTTTGAAATTTACTTAATAGCAATATACCAGTGTTAATGTCTAGCTTAGACAAATGTAACGTGGTTTATGTAAGATTTACTTAGTCTAGTTTTCCAACATTATATGGGAACTTTGTATTTTTTTATAACTGTCTATAAATTTAAAATTATTAAAAGGTAAAGATTTTAAAAATGAAAATAGGAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCGTGTACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGGCTGAGGTAGGAGAATTGGTTGAAACCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACACTGCTGCAGTCCAGTCTGGGTGAATGAGACCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGAAAAGAAGAGCAGAAAGCAAAATAAGAGAAAATCAAAGGCAGAAGGTGGGGCTTTGAAAAGATAACGTTTGTAAATCCTTTAAAAAGTGTTAGATCATGTCACTCCTTCACTGAGAATCCTGTTTACTCTCTTACTTAGTAAAATTCAAAGCCCTAATTGTAGCTTCAAGGTTCCGCACAGTATGGACTCACTACCTCTCTGATCTGGCTTCTTATCACTTCCCTTTGTTTTTTTTCTGGTTGATTATCTGCCAGTTATGTTCCCCACTGGGGACCCCTGTGCATGTTGTTCCCCTCTAAATGCTTTTCCCTGTGACATTTGCATGGCTCACCCTTACACTTTTTTAAGGTCAGTGCCCAAATATCACCAGAGATTTCTTTACTCACCATCTTATCTAAAATAGTAACTCTATATTATACTTATCCCCCTCCTTTATTTTTATAGCTTTATTGAGGTATAATTTATATATCATAAAATGTACCCATTATATGCACACAATTCAGTGATTCTTAGCCAATGCATAGAGTTGTATAATTATCACCACAATCCAGTTTTAGAACATTCTCATCACTCCCAAAAAAGTTTCCTTGTACTGATTTGCA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Seq C2 exon
AACCAACACCGAGCAGTAGATCAAGTAATTAAAGCTGTAAGAAAAATCTGTAGTGCTTTAGATGGTGTCGAGACTCTTGCCATTACAGAATCAGTAAAGAAGCTAAAGAGAGCAGTTAATCTTCCAAGGAGTAAAACTGCTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000011405:ENST00000265970:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.045 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains