BtaINT0111666 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004901 | PIK3C2A
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 alpha [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8971]
Coordinates
chr15:35890466-35898545:+
Coord C1 exon
chr15:35890466-35890529
Coord A exon
chr15:35890530-35898401
Coord C2 exon
chr15:35898402-35898545
Length
7872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
ATTACTTTTTATTTTTAAAGAAT
3' ss Score
5.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATCCTGTTGAAGAACTTTTAGATTTGTATCACAATCAAGTGGAGTTGGCTCTTCAAATTGAA
Seq A exon
GTAAGTTCTAATTTATATTTTGGCATGATGGTTTAAAGATTCTTTTCCCTGTATTCTCTTAAATACTATTGTTGAAATTGGATTAAATATTTTAGAAGGACTATTTAAACTATATTCTTGATGTTGCTATTTGAGAACTTGTTTTCTGATCCAACATATTAATAGAAATTTAGTACTTGGGTTACTTCAGCTTTATTACTAAGAGGAACCTTCAGTTCAATTCAAAAAGCATTTATTGAATGCTTGCTAGATGTGCTGGGGTTGTGAAAATGAATGACCTGAGCCCCACTTACCAGGAACTTAAACAGAGACTTAAATAGAATTTCAATATAGTAAATGTAGAATAGGGGTATGCATTGAGGTTTTTTGAGAGATCAAACAAGAGCACTTTTCCAGTCAACTTGAGAGTTCAAGGAAGAGGCCTCTAAGAAGGGTTGTTGCCAAGTCTTAAATGGTATGAGTTAGCTAGAAGATAGTTGGAAAGGGCATGTGAACAAAAGTATATAGGTGTGAAACATATGGGGAAGTATAAACACTTATCTAATACAGAGTATGAGGTGAAGATTGAAAGATGACATTGGAGATAGGCCAATATAAATTACCACCCTGTAATCCATATTATGTTTTCCTTTATTCTCCAGATCAGGGGGCCATATATAGTCCACTTCCAATTCTTGTAAATAAAAATTTGGCGGGGGCACAGCCACATCCATTTGTTTACATGTTTTCTATGACTGCATCTGTGCTCTAATACTAAAGTTGAGTAGTTGAGATAGAGACCATATGCCCTGCAAAGCCTAAACAAGTTACTATTTTCATTTTATAGGAAATGTTTGCTGACCCCTTCTGTAATCATTTAAGGTGTTATTTAAGGTGTTTTAAGCTGAGGGTAGGAGGTAGAGTGGGATAGAGTAGTTGACTTGTTTAATCTTGATCTTTGAAGTCCCTCTGCCTAAAGGAAGTTAAATTTAGGGTTGCCAGGATTGGTCTCAGGGAGACTACTTAGGCAAGACTTTTTATAGTGGTCTAGGTAAAAGACAGGCTTCCCTGGTGGCTCAGTGGTAAAGAGTCCACCTGCCAATGCAGGAGATGTCGATTCAGTCCCTGGGTCAGGAAGATCCACTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCACTATTCTTGCCTGAGACATCCTATGGACACAGGAGCCTGGTGGGCTATAGTCCGTGGGGTCATGAAAGAGCTGGACATGACTTAGTGACTAAACAACAACAGCAGGTAATATATAATGAGTATGGTGACAGTAAAGAGAAGGGACTGATTAACGATATTTAGGAGATAAAATTGGTTAGATTTTGATAGATAATGAGATATAAGTGAAGAAATAGTGTAGGATGACTTCCAGATTTCTAGCTACTAGTATATATTTTTTATCAGTATATAATTATGTCAATTTATTTAATAGATATTTACTGAATTCTCTCTCAAGTCACTGTTGCAGGTGTTGAGCATATAACAGTGGATAAAAGAAACTGTAATCCTTGCCCTTTAGAGAATTTACATTCTAGTTAGAGGAAACAGAAGTTTAGTAATAAACTGGCAAGGTATATATCAGGTGGTAAGTGCTGTTAGAGAAAAATAAAGGGGGGAGGGTAATGTTGCAATTTCAAATAAGATAATCAGAGAAGGGCTCATTGAGAAAATGAATTTGAGTAAATTACCAGAGAAGAGAGGAAGAAGCTACCTGGTTATCTGGGGAAAGGGTATGCCTGGTATATAGAAGGTCTGCCAGGCTAGACTAGAATGAGGAGAGGGGCAAGAGTAGAAACAAATCAGTGAGGAGAGAGAATGATGGCTTAGACCAGAGTGATAGTAAAAGTGATGAAAAGTTAATGCTAGGAAGATTTACCAATAGATTGGATGTGGAACATGAGAGAGAGAGATGAGTAACTTCAGAATTTTCTACCTGAGCATGTTGGAAGTTTGGAGTTGCCTTTAGTGAGAGGTAGTGTGAGATGAGTGCAATTGTGCGGTAGTTTGAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTGAAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTGCTGTGGCCACTGCTGTGTTTTCCAGATTTGCTGGGATATCGAGTGCAGCACTTGCACAGCATCATCTTTCAGGATTACCCTAGGGGCTTCCCTAGTGGCTCAGACGTAAAGAATCCACCTAGAATGCAGGAGACCTGGGTTTGATCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGGAAGGATCATCTCCCTCTCCAGTACTCTCGGCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGGACCTGGCAGGCTACGATCCATGGGATCGCAAAGAGTCAGACACAACTGAGCAACTAACACTTAAATCCCCTACCTAGGTGGATCATCACTTCAGATTCAGATGTCTGATACTTAACTTTTTATATAAATGTCTAACATCTCAGATTTAAGATGTATAAAACCATGTTTTTATTCTACCCTTTATATCTATTCGTCAGTCTTCCCCTTCTTAATAAAATGGCCGCTCTGTCCTTCCATTTGCTCAGGCCAAAACTTTGGAGTCATTTTTGATTTCCCAAGAAAAAGATAATTCACATCTCACATGCAGTTCCATTTCTGTCAACTTTACCTCAGAAATACATTCAGAATGTGACAACTCTCTCCACTACCAGGGCTATACTCCTAGTCAACTACAAGAGTTAACAGCGATTGCCTACTGGTCTTCCAACTTCTACCTGTCCTTCTATAGCCTGTCTTCAATAGGCAATCAAAATTATATTTTAAAAACAAATCACTAAATGCAGTGTGGTATCCTGGATTATATCATGGAAGAGGAGAAATACATTTGGAAACACTGGTATAATCTGAATAAAGCCTGCAGTTTAGGTAATAATAATGTAGTGAGTATTAATGTCTTAGTTTTGACAAATTTAACATGGTTATATAAGAAGTTACTTAACCAGTTTCCTTTAATGTTGAATGAGAACTCTCTGTACTATTCTTGTAAATCTAAAATTGTTCCAAAATAAAAAAAAATTATTTTTAAAAATGAATATAAGCACAGAAAGCAAATGTAAAATGAGAGAAAATCAAAGCCAAAAAATGGTTGTTTGAAAAGATTAATCAAATTTATAAACCCTTAAGAGTATTAAACCATGCCACTATTTTGTTTAATATCCTGTTTACCATCTCAGTGAAATTTAAATCTTAATTATGATTTCAAAGCCCTACACATTCTGAGCTCTCTCTGATGGCTTCCTACCTACCCCTTTCTTTAAATGTGTGTGTGTGTGTTTTCTTTTCCTTTTTCTTTTTTAAACTGGAATGGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATCAAAGCTGCGTCACCTGGAATAGTGCTTTTTTAAAAATATATTTTATTTATTTGACTGCACCAGATCTTAGTTGCAGCATATTGCATGTTTTTTAGTTGAGGCAGGCAGGATCTAGTTCTCTCGCAGGAAATGAACCTAGACCCCCTGCATCCCTGCTTTGGAGCGTGATGTCTTAGCCTCTGGACCACCAGGAAAGTCCTTTCTACCCCTTTCTTCCTTTGTTCTAGTTGACCTGCAGGTATGCTTCCCAACTGGGACCCTTGTACTTGTTCCTTCTTTTAATGCTGTTTCTCCAGATACTTGGGTAACTTATTCTTTCAGTTCCTTAGGGTCTGTGCTCTGATGTCTAATAAGAGAGCTCTTCACTGACCATCTAATGGGAAATAGCAACTCTCTATCATATCTATTCCCCATATTTTGTATTGCTTTATTGAGATACAATTTATGGATCATAAAATTTATCCATTTAATGTGTACAATTCAATGATTATTTTAGCAGATGAATCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTGCTCAGTCTTGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGCATCATCAATTGCCAGAGTTCACTCAAACTTACGTCCATCGAGTCGGTGATGCCATCCAGCCATCTTATCCTCTGTCATCCCCTTCACCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTTACATGAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCAGTCCTTCCAGTGAACACCCAGGACTGATCTCCTTTAGGATGTACTGGTTGGACCTCCTTGCAGTCCAGGGGACTCTCAAGATAGAGTTGTATAATTGTCATTACAGTGGTGTTTTAGAACATAAGTTTCCATGTGCTACTTTCCACTCATTCTCCCATTCCCATCCTCAGCCCCAGACAACTACTAACCTGGTTCCTATCTCAATAGATTTCCCTTTAATGGAGATTTCCTGTAAATGGAATCATACCCTGTGTAATCCTTTATATCTGATTTCTTTTACATATCATAGTGTTTTTTTTTAATTGGAGGATAATTGCTTTATAATGTTGTGTTAGTTTCTGCTGTACAACAATGTGAATCAGCTGAAAGTATACATATATCGTCTTCCTCATGAGCCTCCTTTCCCGTTCCATCCTACCCATCTAGGTCATCACGGAGCACCGAGCCAAACTCCTGTGTTATACAGCAGCTTCCCACTAGCTAACTGTTTTATACCTACCATACTGTCTTAAGCTTTGTTCATGTAGTGTGTATCCATTGTTTTGTTTTATTGCTGAATCCTTCTGTTGTTTGGCTGTACCATGTTTTATTTATCTAGTCACCAAGTAACTGACATTTTTAACTGTTTGTACTTTTTGCTTTTATTTTTTAAAGCTGTTTATTTAATTTCTGGTTGCTTTGCTTGGGCTTTCTCTAGTCATGGTGAGTGGGGGCTACTCTCTAGTTCTGGTGCTTGGGCTTCTCATTGCGGTGGCTTCTCTTGTTTTGGGGTACAGGATCTAAGCACATGGGCTTCAGTAGCTGTGGCACGCTGGCTTAGTTGCTCTGTGGCATATGGAATTTTCCTGGACCAGGAAGAT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Seq C2 exon
AATCAGCACAGAGCAGTAGATCAAGTAATTAAAGCTGTAAGAAAAATCTGTGGTGCTTTAGATGGCGTGGAGACTCTTGCCATTACAGAATCGGTAAAGAAGCTGAAGAGAGCAGTAAATCTTCCAAGGAGTAGAAGTGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004901:ENSBTAT00000046627:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development