HsaINT0124941 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000011405 | PIK3C2A
Description
phosphoinositide-3-kinase, class 2, alpha polypeptide [Source:HGNC Symbol;Acc:8971]
Coordinates
chr11:17158029-17167278:-
Coord C1 exon
chr11:17167215-17167278
Coord A exon
chr11:17158173-17167214
Coord C2 exon
chr11:17158029-17158172
Length
9042 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
5' ss Score
9.82
3' ss Seq
TTTATTTTTTATTTTTAAAGAAC
3' ss Score
6.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACCCTGTTGAAGAACTCTTAGATTCTTATCACAACCAAGTAGAACTGGCTCTTCAAATTGAA
Seq A exon
GTAAGTCTTAATTCACATTTTGGCATAATGACTTAAAGATTCTTGCTGCTTCTTTCTCTTAAATGGTAGTGTTGGCATTGGATTAAATATTTTAGGACTTTTAAGACTATATTCTTCTTTTTAATTTATAAAGAAAATAGGTTTAATTGACTTACAGTTCAACATGACTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTAAATCATGGAAGAAGGCACCTCTTCATAGGGCAGCAAGAGAGAATGAGTGTCAAGTGAACGGGACCCATTATAAAATCGTCAGATCTCATGAAAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGGGGGAAACCACCCCCATGATTCAGTTTATTGCCATCTGGTCCCACCCTTGACACGTGGGGATTATTACATTTCAAGGTGAGATTTGGGGGGGACATAGAGCCAAACCACATCATTGTGCCCCTGGCCCCTCCTAAATGTCATGTCCTCACATTTCAAAACACAATCATGCCCTTCAAATAGTCTCCCAAGGTCTTAACTCATTCCAGCATTAACCCAAAAGTTCAAGTCCAAAGTCTCATCTGAGACAAGGCAAATCCCTTCCACCTATGAGCCTGTAAAATCAAAAGCAAGTTAGTTACTTCCTGGATACAATGGAGGTACAGGCGTGGGGTAAATACAGCCGTTCCAAATGGGAGAGATTGGCCAAAACAAAGGGGCTACAGGCCCCATGCAAGTCCAAAATCCAATAGGGCAGTCATTAAAGCTTAAAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGCTGAGTCTCCATGTGTTGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCTCTGCAACCTCTGCCTCCTGGTTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAGAGGCATGCATCACCATGTCTGGTTAATTTTTATATTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCCACCTTGGCCATCTAAAGTGCTAGGGTTACAGGCATGAGACACCGTGCCCAGCCAAGACTATATTCTTGACATTAATGTTTCATGTCTTGTTTTCGGACCTAACTTACCCCCAAAATTTTCAGTAATGCTTAAATTAACATGTTTATTCTCACTTCAGCTCTGTTGCCAAGAAGAACCTTCAGTTCATCTCTAAAAGCATTTATTGGATGCTTACTATATGCTGAATGCTAGAGTTATGAAAATGAATGACCTAGTCCCCACCTATCAGGAACTTAAAAACTAGTGGTGAGGGATTTAAACAAAACTTCAATATAGTATAGTAAAATGTATTATAGAGGTATGCCTTGCAGTTATGGAAATCAAGGAAGAGCACCTTACCTAAGTTGAGGGTTCAAAGAAGGCCTCTTAGAAGGGATGTTCCCTGAACCAAGTCTTACACAGTTAGCAAGAAAAAATTGGGAAGGGTATATAAACAAAAGCAGATAGGTGTGATATTTACATGGAAGTATAAGCAATTCTGTGATAGAGTACAAAGTATAAAATGAAGATTGGCAGATGACATTGGAGATAGCTATGTGATTATTATCCTTATAATCCATGTTAAGGAATTTTACTTTATCTTCTAGGTCAGGAGACCATATCCAGTCTACTTTCTAATTTGTAAATTAAAAAAAAAAATTAACAAAACCACACCCCTGGATTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTTACCTTGTCACCCAGGCTGGAATTCAGTGATGTGATCTTGGTTCACTGTAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTTTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACTCGCCTTGGCCTCCCATAGTGCTGGAATTGGGCGTGAGCCACTGCGCCTGGCCCCATACCCTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTAACATATTCTTTCTTGTCATTTACATTTGTGCTCCAACACTAGAGTTGAGTAGTTGGAACAGAGATTGTGTATCCTGAAAACCTAAGCTGTTACTGTTTGGCCCTGTACAGAAAAAGTTGGCCGACTCCTGCTCTAGCCACTTAAGGTGTTTTTAGCCTAGGGTGGGTTGGGTGAATTGTTTAGTCCTGTGATCTGAAATCACTCTGGCTGTATTGTGGAAGTTAGATTTCAGGTTGGGATTGGTTTCAGAGCGAATATTTAGAAAGGTTTTTATAGCAGTCCAGGTGAAAGATAAAGAGCATGGAGAAGTTAAAAAGGAGAGAACTGATTAACAATATTTAGGAGATAAAATTGAAAAGATTTTAATAGGTGATGAGATGTGAGTGAAGGGGAAAGAGTATGAGTGTAGGATGGCTTCCATATTTTTATCTACAAGTACATTCTTATCAACATATAAATATATTTATTCAAAAATATTCACTGAATATCTCTGGTAAGCTGGAGTTTACTAGAATCTGGAGTTTCGTATGGAGTGTCCAGGCTAGAGATAATAAACTTGGAAATCATCAGAATATAAATTGTATTTTGCAGCCATAGGCAGGATGAGGTCACCAGGAAAATCATTGTAGATGAAGAGTTGCCCATCTTAAAAAAAAAAAAATCCCCACCCCGCCCCCTGCCGCAGGAGCCACACCATTTCTCTATTCTCCTTGCCACAAAACTTCTGAAAGTTAAGTGGTTTTACAGCTTCCAATTCCTTTCTTCCCATTCTCTTATATGCCCACTCCAATCAGTTTAGTACTTCCCTGAAACTGTACTTATTAAGGTCATCAAGGACTTCCATGATCCTGAATTCAGTAGTCAGTTCCTAATCTGTTGATGGATGGATCGATGGATGGATGGATGACAGGGTGTCACTCTGTCACCCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCACAGATCACTGCAGCTGCAACCCCCTGCAGATTTCTCTGTGTTGTCTGGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAACAATCATCTTGCTTCGGCCTCCCAAAGTGTTAAGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCACCAAGTCTTTATTTTTCTCAACCTGTCTGTATTTTTTGATACAGTTGATCATGTCTTTCTTTTTGAAATACTTAGTTGGCATCTGGGATACCACCTTCTGCTTTCCTTATTTCCATTAGCTGCTCTGTCTCACTCTTACTTGTGGCTTCTTCCTTATCTTCCTGACTACCAAACATTAGCATATCCCCAGGGCTCAGTTCTAGGACCTCTTCTCTCTGTATTCACATCCTAGGTGATCTTGGTATATCCCTATACTGATTGACTCTGAAATTTATATGTCTAACCTTAACCTTTTCCACATCTCCAGACTCAAATATCTATTACTTGACATCTTTATGTGAATATCTAATTAATTGACATCTCAAATTTAAGATGTACAAAACTGAATTTTTTATAGTACCCATCATATCTATTCATCCATCGACCTTTCCTTTCTCTTTTTAAGAGTTTATTTTTTGAGAGCAATGTTAGGTTCAGAGCAAACTGAGAGGAAGGTACAGAGATACCTCATATACCCCCTTCCCTACACATGCATAACTTGACCTCATTATTTCCCTTTTTAATAAATGGCAACTTTGTCTTCCATTTGCTCAGACCAAAACCCTGGAGTCATCCTTGATGTCTCAAGAAAAAGATCTTATACATTTCACATTCAGTCTAATTCTGGTCAGCTCCACCTTGAAAATACATTTAGAATGTGAGCACTTTCATCATTACCAAAGCTATACTCTAGTCAACTGCAGTAGTTTCTTACTAATTTCCCAGTGTCTACCCCTGCCCTCTACAGTATGTCTTCCACAGGCAACCAAAATGATCTTTTGAAAATAAGTCACTAAATGTAATGTGATATCCTGGATTATATTCTGGAAGATAAAAAGCTCATTAGTGGAAAAGTTGGTGAAATCTGAATAAAGTTTGAAATTTACTTAATAGCAATATACCAGTGTTAATGTCTAGCTTAGACAAATGTAACGTGGTTTATGTAAGATTTACTTAGTCTAGTTTTCCAACATTATATGGGAACTTTGTATTTTTTTATAACTGTCTATAAATTTAAAATTATTAAAAGGTAAAGATTTTAAAAATGAAAATAGGAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCGTGTACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGGCTGAGGTAGGAGAATTGGTTGAAACCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACACTGCTGCAGTCCAGTCTGGGTGAATGAGACCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGAAAAGAAGAGCAGAAAGCAAAATAAGAGAAAATCAAAGGCAGAAGGTGGGGCTTTGAAAAGATAACGTTTGTAAATCCTTTAAAAAGTGTTAGATCATGTCACTCCTTCACTGAGAATCCTGTTTACTCTCTTACTTAGTAAAATTCAAAGCCCTAATTGTAGCTTCAAGGTTCCGCACAGTATGGACTCACTACCTCTCTGATCTGGCTTCTTATCACTTCCCTTTGTTTTTTTTCTGGTTGATTATCTGCCAGTTATGTTCCCCACTGGGGACCCCTGTGCATGTTGTTCCCCTCTAAATGCTTTTCCCTGTGACATTTGCATGGCTCACCCTTACACTTTTTTAAGGTCAGTGCCCAAATATCACCAGAGATTTCTTTACTCACCATCTTATCTAAAATAGTAACTCTATATTATACTTATCCCCCTCCTTTATTTTTATAGCTTTATTGAGGTATAATTTATATATCATAAAATGTACCCATTATATGCACACAATTCAGTGATTCTTAGCCAATGCATAGAGTTGTATAATTATCACCACAATCCAGTTTTAGAACATTCTCATCACTCCCAAAAAAGTTTCCTTGTACTGATTTGCA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Seq C2 exon
AACCAACACCGAGCAGTAGATCAAGTAATTAAAGCTGTAAGAAAAATCTGTAGTGCTTTAGATGGTGTCGAGACTCTTGCCATTACAGAATCAGTAAAGAAGCTAAAGAGAGCAGTTAATCTTCCAAGGAGTAAAACTGCTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000011405-PIK3C2A:NM_002645:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.045 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)