HsaINT1039804 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:178022440-178034801:-
Coord C1 exon
chr1:178034705-178034801
Coord A exon
chr1:178022669-178034704
Coord C2 exon
chr1:178022440-178022668
Length
12036 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
CTTCTTCTCTTTCTCCTCAGCCT
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCTGGCATGGGAGGGCAGGATTGTGGTGGTGGGATTTGCTGGAGGAAACATTGCTTCTGAACCAGCCAACCTTCTGCTCCTGAAGAATATCTCTGCTATGGGCCTGTACTGTGGTCAATACAAAGATATGAACTTTCCCGTCTTCTCCAAGAGCCTATCTTCAGTGCTTCAGTACTGCCAGCAAGGGTGCATCCAGCTATATGTCAGAATGGTTTTCAAGCTGGACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000254154:ENST00000464428:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains