HsaINT1044088 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198176 | TFDP1
Description
transcription factor Dp-1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11749]
Coordinates
chr13:113585774-113611062:+
Coord C1 exon
chr13:113585774-113585849
Coord A exon
chr13:113585850-113610995
Coord C2 exon
chr13:113610996-113611062
Length
25146 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TGTTTTGTTGCTTTCCGCAGGCC
3' ss Score
11.51
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCCGGTCTAATTGAAGCCAACGGAGAACTCAAGGTCTTCATAGACCAGAACCTTAGTCCCGGGAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198176:ENST00000375370:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.219 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains