HsaINT1044297 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198586 | TLK1
Description
tousled like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11841]
Coordinates
chr2:171117739-171160833:-
Coord C1 exon
chr2:171160290-171160833
Coord A exon
chr2:171117858-171160289
Coord C2 exon
chr2:171117739-171117857
Length
42432 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
ATATTTTTTTTTCTTAATAGGTG
3' ss Score
10.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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CTATTTTCCTTCCTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACGACCTCGATTCACTGCAGCCTTTGCCTCCTGGGTTCAGGTGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGATTACAGGCACACACCACCACGCTCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGTTTAGTAGAGATGTTGGCCAGGCTAGTCTCGAACTGCTGACCTCAAGTGATCTGCCGGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTTCAGGCATGAGCCACTGCACCTGGCCCTATTTTTTCTTTAGTTGCCTGTGCTTTTGGTGTTAGATCAAAGAAACCATTGCTAAATTCAGTGCCATGAAGCTTTATCCATATGTTTTCTTCTAAGAGTTAGAAAGTTTTAGGTCTTATATTCAGGCATTTGATCCATTTTGAGTTAATTTTTTTATATGGTTAAAGTAAGGATCCAACTCAATTTATTTGCATGTGGATATCCAGTTTTCCCTGCACCATTTGTTGAAAAGACTGATCTTTCTCCACTAAATGGTGTTGGTGTTCTTACTGAAAATCATTTCACGTGAGGGTTTATTTTCTGGTCTCCCTGTTTTATCCCATTGCTCTATATATATGTCTGTCTTTATGCCAGTACCATATTCTTATTTTAAAAATGTGATTTAATGTTTTCAAAATAGTCCTGTGCCAGGGAAGGATTGATAGTTTTTTATAAAGCAAAACTTCAGTAGATTTTAAGTTTCAGTGCCAGGCTTAAGACTTGGCAGACCTGGCATATAATAGGTGTGTGATTTGAGAATCATGTTTGAAGCCAAAGGAGATCTGAAAAGAAAACAGAAGGCCATGGGGAATATTTGCAGTTAAGAGAGAACAAGAAGGTGGTGGGGGGAACAGGTGTGGCTGAATTATGAAAACTAGAACTGTTTATGTTTTTGCTTTGGTTTTTCCTCTCAATAAAGGAATAATATACAGTTTCTGATGTAATAGCAGGAAGAGAAAAAATGGAAGCATTGATGATACTAAGGATGATATGGTTATAAACCAGTTTAAGGGAAGAATTAAATGGTAGTACAGTAAAATTGAGGCTAAGGTAGACTTCTAAAAAGACATAAGTGAGGGCAGAAGGAGACAAGGAGTGAGTAGATGCCAGAGAGGTAGGGTACTTGTGAATACAAGATTTCTTGGATGTCAAGAAGGAGTGAGGTCAAAAGCAAGTGTTAAAGGCTTTAGCTTTTTAGAGGGATTTACCTCTTTTTTTGAGCTAGAAGAAGTAGACAGAGGAAGGTGTATTTTCAGGTACAGGGATCCAAATAAGCATGAAAGAGTGGCCACCATCCATCTAGTCCTCTGTCCAGGTGAGGATAAAAAGTAAGAAAGGGAATTTCAAAAGATAAGATCTATAGGAGTAGTTGTTAACCTTTAGGAGAGGAATGTCAGGATGTGTGGAAGGGGCTAGTATAGTTCAAAAATGTTCCCCAAGTCATTCTGGATTCTGGTAATATCCTTACCTGCTCCCTTTGAGAGCCATTCATTTATGTCACTTCTGGGGTTTTTGTTAGAAGAGAATTAGCAGACATAGATAAAGTAATTTTTGTTTGAACTTCATCTAGAATTTGGAGTGCTTTAGTCTGCATAATAACAATAACATCAGGGTGTTAAATTTTTCCCCTTAATTTTCAAGGTGGTTTAATACTAGTAAGTGTTACTTCAGTCATCTGTGTGTGTGGTAAACGTGTTTGTGTTTCATTTACCTGATGGAAACTTAAAACTATCAACCGTACAAAAAATCTTAAGGATTGTGACAATAATAAAACAGTTCTTTATAGTTTAAAATGTAGTTAGTTATATAAGATATACATAAACAAAATAATTAAGTGGTAATGTCGCATAGTTACAATTCTGGGTATGCTCAGAATAGGGAGATTACATTAGGAGAGTAGTATTTTTTAAACTATGGACCCATGGTCCATTGTTGGTTTATGAAATCAATTTAATTGCTATTTACTAGTGTCACCTCACTCTTTTTTAAGTGGACTAGGATAGGCTAGAAAATAGATGTTGTACAGGACTCTTACTACTGCATTGCAGTAAGATTTGGTATTCTGTGAAACTTTTAAATATATGAATGTTTGTAACTGTGTACTAAATTAGATGGAAAATATATTTCTTCTGTGAGTTGCAGCCAAAAGTGTTGGAAATCCATTGTAGGATGTTTTGATAAGTTGATGTGTACATTTAAAAATAAAGTCTCTCAATTTCGTCTGCTTGTAGCATTCATTCCTAAATTTTTAACATCTTAACTAATCACATATATATATTTGTGTGTGTAAGTATAAAGTATACACACATATATATGTGTACATATATATTTTTTTTTCTTAATAG
Seq C2 exon
GTGCAATGGATGAGCTTCATAGTCTGGATCCAAGAAGGCAAGAGTTATTGGAAGCTAGATTTACTGGAGTTGCAAGTGGGAGCACTGGAAGTACGGGCAGTTGCAGTGTTGGAGCTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198586:ENST00000431350:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.991
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains