GgaINT1027740 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009569 | TLK1
Description
tousled-like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11841]
Coordinates
chr7:17598997-17614595:+
Coord C1 exon
chr7:17598997-17599063
Coord A exon
chr7:17599064-17614476
Coord C2 exon
chr7:17614477-17614595
Length
15413 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
TCATTTGTTTGTTTGTTTAGGAG
3' ss Score
8.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGCAATGGATGAACTTCATAGCCTGGACCCAAGAAGACAAGAATTGTTAGAGGCAAGATTCACAGGAGTAGTAAGTGGCAGCACTGGGAGTACTGGAAGTTGCAGCGTTGGAGCTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009569:ENSGALT00000015585:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.462 A=NA C2=0.975
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]