HsaINT0167539 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198586 | TLK1
Description
tousled-like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11841]
Coordinates
chr2:171974249-172017410:-
Coord C1 exon
chr2:172016800-172017410
Coord A exon
chr2:171974368-172016799
Coord C2 exon
chr2:171974249-171974367
Length
42432 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
ATATTTTTTTTTCTTAATAGGTG
3' ss Score
10.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCAATGGATGAGCTTCATAGTCTGGATCCAAGAAGGCAAGAGTTATTGGAAGCTAGATTTACTGGAGTTGCAAGTGGGAGCACTGGAAGTACGGGCAGTTGCAGTGTTGGAGCTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198586-TLK1:NM_012290:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0165911=Luteo_Vpg=PU(74.6=93.6)
A:
NA
C2:
PF0165911=Luteo_Vpg=PD(23.7=35.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)