Special

MmuINT0160563 @ mm9

Intron Retention

Gene
ENSMUSG00000041997 | Tlk1
Description
tousled-like kinase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2441683]
Coordinates
chr2:70624934-70663537:-
Coord C1 exon
chr2:70663250-70663537
Coord A exon
chr2:70625053-70663249
Coord C2 exon
chr2:70624934-70625052
Length
38197 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
GCTTCTCTCTCTCTTCATAGGTG
3' ss Score
12.76
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGCCCGGCGCGCTCCCTCGGCGGCGCGGCGCTCCCCTCCCAGCCCTCGCGCCCGCGCTCGCCCTCAGCGCGGCCCCCGCCATGACGGAGGCGGGTGCCGGTGCCGCCGCCGTCGCAGGGGGGGAGTCGGGCTCCCAGAAAGTAGCTTGATGAGTGTCCAAAGTAGCAGTGGAAGTTTGGAGGGGCCGCCATCTTGGTCCCGGCTCTCCACGTCTCCAACCCCGGGCTCGGCGGCGGCGGCCAGGTCCCTGCTGAATCACACGCCGCCATCCGGGAGGCCCAGGGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact





	

	
No protein impact description available





No structure available

		

			
Features


			

				
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.996 A=NA C2=0.949
 
                        

				
Domain overlap (PFAM):

					





						

							
C1:
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A:
NA

							
C2:
PF0165911=Luteo_Vpg=PD(23.7=35.0)

						

					

				








    
Main Inclusion Isoform:
NA





     
                   









    
Main Skipping Isoform:
ENSMUSP00000035961





     
      









    
Other Inclusion Isoforms:
NA
          









    
Other Skipping Isoforms:
ENSMUSP00000035961f4323A, ENSMUSP00000035961f4324A, ENSMUSP00000035961f4325A, ENSMUSP00000131521
  



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Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
chr2:171974368-172016799 
HsaINT0167539
(TLK1)
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
chr2:25382746-25382839 
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
chr6:3747044-3763587 
LOW PSI
DreINT0163687
(tlk1b)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected




Primers PCR

	

		

			
Suggestions for RT-PCR validation

			

				
F: 
No suggested primer sequences

				
R: 
No suggested primer sequences

				
Band lengths: 

			

		

	





	
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]












INCLUSION PATTERN[edit]






SPECIAL DATASETS
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types






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