HsaINT1044304 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000146872 | TLK2
Description
tousled like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11842]
Coordinates
chr17:62580111-62586226:+
Coord C1 exon
chr17:62580111-62580192
Coord A exon
chr17:62580193-62586134
Coord C2 exon
chr17:62586135-62586226
Length
5942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ATAATTTATTCTCTTTATAGGCA
3' ss Score
8.87
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTAAAGATCATCCAACGCTAAATGACAGATATTTGTTGTTACATCTTTTGGGTAGAGGAGGTTTCAGTGAAGTTTACAAG
Seq A exon
GTAAGTATAAGGAACTGGATACAAAGACTGGGGGTTAAATTATCGGCTCCTACCAACTTGGAGAACATTAAGAATACTGATAATTGTAGGTTGATATCCATTGGTTGAAATTCAAAAACTTTAAAAACCTGTATCTTTGGGAAAACAGCTTTCAATAAACCTAAGTGACCAAGCAGAATACAGTATTGCCATTTTCAAGTTTGAAAAATAAATAATTATAGATTTAAAAAACAAGAAGGAAATATACTGGGTCGTGGAATTATGATTTTTATTCTGGTTCTGTACTTCCTGCCTCATACATATTTGTTAGAAAAAAGTATGTGCTATCTTTCTTTCTTTTACAGAATAGATGTGTCAAACCTGTTTCCAATAAGAATAGGTTTTTTTCCATTGGAAAACCTGCTTTTTGTTTTAGAAGTGTTCTAATATCATTTACTAGCACTGGCAGTCTGAAAGAGTGTCCTGGCTTAGAGTGCTTCAGTTGGGCTAGCGAAGTACAGGCTGCTGAGCTTCCAGGTTGATTTTTACCAAATGAGGGATTCAATATGTTTTAAATATAGCTACAGATCCATAACATGTGGGTTTGATTTTTCTACGTGTTTCTGGCACCTGTCTGTAAAGTACAGAATTGTTTATTAAGTAGTCTTTGTTGCATAGCTGTCCCTTTCAGAAATACAGCTTTCACTGTTAGGATTTATGTTATGCTCATATGAATTTATATGTGATAAATCTTTTCAGTAAAATAGTTTTCATTGCAAATAAAAACGGTAAAACTATTTCTACTGTTTTCTTATTTTAATTTTTTTTAAATTGTGGTTTTATTTATTTATTTATTTTAGAGATGGGGTCTTGCTCTATTGCCCAGGCTGGAGTAAGGTAGCACAATCATAGTTCATTGCAGCCTCAAACTGCTGGGCACAAGCAAGCCTCCTGCCTCAACCTCTTGAGTAGCTGGGACTACAGGCCCAGTGCACTAATTTTTAAATTTTTTCTAGAGACGGGGTCTTGCTACATTGCCCAGGCAGGTCTCAAACTTATGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAGGGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGACACTGCACCCAGCTGTGATTTTATTAAGTATATGTTTCAGTGGCATTAAGTACTACAGTGTTGTGCGACTGACATCACTACATCACTGTTCATCTCCAGAACTATATTATGATTAGTGCACTACTCTACTGGTTTTGATATTCTAGTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGACATTGTCTCACTCTGACACCCAGGCTAGAGTGCAGCAGTGCAGTCTCGGCTCACTGCAACCTCCCACTCCAGAGCTGAAGTGTACTCCCATCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGTACCACCATACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTTTTATAGTGACAGGGTTTCATCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGGGCTCAAGTGATCACACCTTGGCTTCCCAAAGTGTTGGGGTTACAGGCATGAGCCACTGCACCTGGCTTCTAGTATCTTATTTGTATTTTTTAATCTGTGTTTATAAGTAGGATTGGCCCATAGTCACCTTTTGTATGCAAGCAGCTTTGTCAAAATTTGATGTCATAATTATTCTAGCTACTTAGATAGAGTTGTGAAGTCTCTTTTTTTCCATGCTCTGGAACCCTTTTCATCACTTGGGAATTGTTGGCTCCTTGAAAGTTTGTTAGAGTTGACTCATAAAAATTCTTGGGCAGGACAGTCTCTGTGGCTCATGTCTATAATCCCAGCACTCTGGGAGCCGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCACAGGAGTTTGAAACCAGCCTGGGCAACATAGCAAGACCATGCCTCTACAAAGAAAGAAAAGAAAAATCTCCTGGGAGATGTTGAGTTAGTGGAAAACATTTGGCTGTGTTTTCAATTTCTTCTACAACTATTGATATATTCAGATTTTCTCTCCCTTCTTAAGTCAGTTTTGGTAATTTAATTTTTCTAGGAAATCTATTTCATTTAGATTTTTTTTTCTTTTTTAATAGAGACAGGGTTTCACTGTGCTGCCTAAGCTGGTCTCAAACTCCTAGCCTGAAGTGATCTTCACCCCTCAGTCTTCCAAAGTGCTAGGATTACAGCCACCATGCTTGGCCTAGATTTTTTAAAAATATTTTCCACATCTTAGTTACTTCTCTGTTCTTGTAAAATTTTTATTTTTGTGTTTCTTGATTGATAGGCTAGAGATTAGTCAGTGTTGTTATTAATTTTTTTCCTAAGAATCAACTTTTTTGTTGATCAAAACTATTTGGTTAGTTTTCTATTTCATTAATGTCTGCTTTCATTCCTTCTTTCTGCTTTCTTCATTTTTATTTATGTTCATTCTTAAGTCAATGCTTAGTTTATTTTCTTTGTAATTTTTTATTGTAAAAAGATAGATATAAAATTTACCATCTTAACCATTTTTAAGTGTGTAGTTCAGTAAAGTACATTCACACTTTTTGTGAAATAGATCTCAAACTTTCTTTCATCTTCCAAAACTGAAACTCTGTAGCCATTAACCAACTTTCCTTTCCCCCTCCTCCTTGTCCTTGGAACCATTTTACATTCTGTTACTCTGAATTTGACTATGTTTAGATTTCTTACAGAAGTGGACTCATACTACGTCTTTTTATAATCAGCTTATTTTACTTAGCATAATGTCCTCAAGGTTCATCTGTGCTATAGCATGTGACAAGATTGCCTTCCTTTTTAAGATCACTTAATATTTTATTGTATGTACCACATTTTGTTTATCCTCCTCTGTCGATGGACACTTGGGTTGCTTCCATCTCTCGCCTACCGTGTATAGTGCTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCATCTCCCCAGTTCAAGTGATTCTGCTGCCTCAGCCTCTTCCAGTAGCTAGGATTACAGGTGTGCACCACCAAGCCCAGCTATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTGGCCAGGCTAGTCTCGAACTCCTGACCTCAAATGATCCGCCCATCTCTGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCACAAGCCACCGCACCCAGCCTATAGTGCTGTTTTGAATTTGGGTGTCCAGTTATCTCTGTGAGACTCTGCTTTCAATTCTTTTGGATGTATACCTAGAAGTGTATGTAATTTTAAATCATCAAAATTGGTTCTTGGTGCCTCCCAGTTACTTTTAGTAATTTGATCATCCTATTTTTTCCTAATGTATTTCTTCAAACATTTTATTTCTTTTTCTCTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGTAGTGTAATGGTGTGATCTTGGCTCACTGCTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGGCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCGACCCCACACCCGGATAATTTTTGTATTTTTTGGTAGAGACGGGGTTTTACTATGTTGGCTAGGCTGGTTTCAAATTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCTGAGCCCCACACATTTTATTTCTGAAATCTAAATACTTCTTACAGTGATGTGTGCATTTAATGTAGTTTTTCTTTTGCTGTTCTCCACTCTCCACAATCCTTTCTTAAGTCAGTGGTAGGTCACAGTGTCTTGGATTTAGAATAGAAGTACAGTGTAGTAGTTAGAGAAAATTATGCTTGAAATAGCATTGGTGCTCTTATAAATTGGGTGGTATTTAATGTTTTTTTCTTTTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATACGGAATCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGAGTGCAGTGGTGCTATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTTGTATATTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGGATGGTCTCGATCTCCCGACCTCATGATCCACCTCCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGTGTGAGCCATCGCGCCCGGCTTATTTAATGTTTTTAAAAATTATTTGAAATGGTTTTCTACTGTGAAGCCATAATGGTATTCATGATTGTGAATGGACTGAAGATTCTTTAAGAAAAGAAGTTCAAAAGTTTCCATTTTTGGCCGGGCATGGCCTCTACTGCCTCTAACCCAATATTTTGAGAGGCCAAGGTGGGAAGATTACTTGAGGCCAGGAGTTCAAAAACAGCCTGGCAAACACATTGAAGCCCTGTCTAGATAAAAAAATAAAAATAAAAAATGTTGCAATTTTTGTGAAATAAGATATTATGTCTGAAGTGAGTGGTTTTTATACTTTAAACATACTGGTTTTAATTTGGTATAAATGATGGAAGTTTCTCTATTTTATAAGCAGCTCTCTCTACATGCAGTGCTTATCCAGAGAAACTTAGGTTTAGATAGATCTGTAAAGTAGTGATCACCCTATTTAGGTACTGTTTTCTGCACTTGTTGCCTTCATTTATTTGTATATTTGTGGAAATTAGCAGATGGGTGATAACAGTGTTGAAACTGAAGTAGTAAGCTTTTAATCTAAACTTTACAAACTAAGAAAAACTATTCTAAAGAAGCTATGCAATAAATTCTTTTGTTTGGAGGGAAATCTTCAATTGAATTGAAAGATTACTTTATCAAATTATGATTTACACCCAGCTTCCTCAAAAATCCATGTTACCTTTTTCACTGTGCTATAGCAAGCACTACATAGCTGATGCAGGACTTGCTGGCAGTGGTGGCCATTGGGGAAAGCTGGTTCCTGCCTCTGGACAGTGCTGGAGAAGTGACTTGGGGTGACTAACTTCAGCCATTTTTGGGATTAGAAACTGCTTTTCGGCCAGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAAGCGGGGCGGATCGCCTGAGGTCAGGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGATGGTGCGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAAGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCGAGAGACAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACCGTTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAACAACAACAACAAAACCACTTTTCATTTACCCAGCATATAGAGATGGGACTAAAGGCAGGGCTGTTTTTTGTTCTTGTTTCTCTTTTTATTTTAATAAACAATATGCCAAATTACAGGGTGGTTTTGTAAACAATCATACCAAAGAAGTATATTGTGAGGGGTTATTTTCTCCAGGAGGCAGGCAGTGTGTGTCCCTGGAATTTCAAAAGTGACAGGATGTTTGAAGCTTGTAAAGTCCCAGTGTCAACTGAAGGATAAGAGACAACCTAAGGCAGACGGGTCCCAGACAGGAATAGATGGTGTCCAGAAAGAGAATGGTTGGGAAATGATTCTGAAGGCAGGGGCTATCTTTCTGTTTGTGGTGTTGGCCTGGTTTTATGTTCTAAATCCCTTGGTGCCAGTGTGTCTGGAGACTTCTAAATTATCTAATCACAAGTTTCAAGAAGGTGCTTGCAACACTGATATAAGTATGTGATGTATTTAATAATGTATTTTGGACTTTGATTATGTTATATGTTAAATTAAAGCTTCACATCAGTTACCTGTAATTTTTCTTAACATTTACCCAGTATATAATTTATTCTCTTTATAG
Seq C2 exon
GCATTTGATCTAACAGAGCAAAGATACGTAGCTGTGAAAATTCACCAGTTAAATAAAAACTGGAGAGATGAGAAAAAGGAGAATTACCACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146872:ENST00000346027:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.097 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PU(31.4=57.1)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(10.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains