HsaINT1047201 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196670 | ZFP62
Description
ZFP62 zinc finger protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23241]
Coordinates
chr5:180851988-180861276:-
Coord C1 exon
chr5:180861219-180861276
Coord A exon
chr5:180852061-180861218
Coord C2 exon
chr5:180851988-180852060
Length
9158 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTACGT
5' ss Score
7.19
3' ss Seq
TAATATATTTTAATATGCAGGTT
3' ss Score
7.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCGGTCCGCGCTTTTGTCCCGCTGGCGGCCGGGTTCCCGCGGCGCCGCCACAGCCA
Seq A exon
GTACGTGAGTCCGCGGCCGCCCGCGCTCCCGCCCCCGGCCCTTGCCTGCCACGCCCTCCCCTTTTTGGCCGGGTCTTGGCTGCTCCGCGGGTCTCGGGCGGGATGTGGGAGTAAGCGTGCCCCCTCCCCGCACATGTCTCAGTGGGTGCGTTTCTGGGGAGCGGAGGGGAGGGAAGACCTCGGGCAGGCAGAGGGGTGCAGGGCGCGCCCCTGGAACAGACTGGGCTCTGTGTGGGCCACAACTGCGACGTTTGAACGGACCAGCGTCATGTTAGGTCTGCTCAACGTTCCGAGAAGGGCCAGGGCCCCGCTCCGGTGTTCCTCAACTATTCATCCCTGTTTTGGATGGGAGGGGATCCCTAAAAATTAGCGCTTCAAAATACCCACCATTTCGTGCTCCCTCTGCAGTTAAGTTTGGTACTCTAGGACTTGAGAGTGATTGCGAGGGCAGAGAGACCTCTAGGGGTGATCTGATTCGACCTTCTTCCCCTCCGCTCCACCCCACCACCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGGTCGGTGAGTGATGATGATAAGCTCCCGCTGCAGGTGTGAATAGAGACCCCGGAGGTGCGTCCTAGCCCTCATCTGGGGAAGCGCACCTGCATACAGACGGGTGCACCGGGGAGGAGGCGACCTGCCGCGTGTTCCTGCAAGCAGAAAAGGAGTTAACTAGGTAGGGAGAGGAAGGTCGAAGAGTTTCTTAGACCCAGGGGACAGCCTGCGGGAACCCAGGGGTGGGACGGAAAAGATCACTGGGGAATGCCAGGGCTGGGTGTGCTGCTCTAAGACATTTAAAGTAGTTGGCCAGCAGGAGCATTTCTTTGTGAAAGCTCAAGGCTTAAAAAAAATAATAATATGAAATATGTAATATATTCATATGGCTGGGATATTAAAAATATAAAAAGTTACCAGTGAAAGATTTCTTCCCATCCCGCTTAGGTATCTTCCTAGGCCCTACCCTCTTAGGTAACCACTTTTGTTCCTTTGTATCTTTTCCGAATTTCTGCAAATACTGGCAAATATAACTAGTTAGTTCCCCCTTTTTTCACACAGGTGATAGAAATCCTTCTAACTCCTTGATTCTTTCACTTTATCTTACTGGTCTCTACATGTCAGAACACAGAAGTTGTGTTTTGTTTCGTTTTGTTTTACAGAGCTGTGGTAAGTATTGGATGGGCCATTGTTTGGATGTTTTCGATGTTCTGTCCTTTTTTAGATCTATTCGGGGGCATTTGGGTTGTCTCCAATTTGTTGTTACTTCAAACAATGGTATACTCAATACAGTGTATTAGGGTAGGGATTTTTACAGAAGAAACTAAACAGCCGTTAGAAAATTATTTTTTTACATTAACTCAACCAGTTATTGGCAGATTGTTACATATGACAAGTCGTTATCAAAATCACTGATGTAGAGTGTTTAAAGAACAAATAAGACGTAAGTAGTTCTTCCCTTCTGAGACTTGTCCCTATATTTAGTGTTACACTAGCCTAATAGACTAATTGTGTCAATGACTCCAAGCCAGTCCCTGCCGGGTTTGATTCAGAAAATCAGCCTCCCTTTTAGTATCGCCTTTGCTCACCTCCTCCCCTACGACAACTAGAAATCTCTTCTCCACTACTTGGCATGAGAATGTTCTATTTCAGTTTTTTACTTTAAGGAAAAATCACCTTTCATTCTTATTTCTATATTTAAGCAATAGAACCAACTCACGTTAATCATATACATTCCTAATATTCATAAGACAAATGCAACAGTAGCTAGAACACAAACCATATTCTCTTCTCATCTGCATATCACTTCTCTGTTCCTTAGTCCCATCTTTCCTTTGTACATTTTGCCCCTCCTAGGTACTCTTTGTTCTGGGTTGGTAAGCATTTTGTCACTTTCTCTTGTCTTGTTTCCTTTCTTTGCTCATCTCCAAATCAAAGACAGTATCCAAGGATTTAAGGTGTAGAATCCACGCGTGAACCTTGAGGTGGTAGATTGTCTTGTGGAATATGGTTGGACTCTGCAAATTGAAAGTCGTTCCGGGCTAGTTGCAGTCTGTTAATAGGAAGGGGTTTTCGGCCAGAGCAGGCCACGGCTCCTCTCTAACGAGTTGTCTCGGCTCTTGAAAAGTGGCTCCTGAGTCTCGGAGGCAGAGACAGCAAGAATGTAGGGCCGGTTCTTAACTGTTTGCATTCACTTTTCTAGGCCTTGGCGATAAAGCATGAACAAGAAGCTCGGAAGAGTGCCCAGAGGTTGTTGGTCGTATGTAGTTTGGAAGGAGTGGGTGGCGTTCTATGTCTGACGCTTTTGGCTGATGTAACCAGGCTATTAGACTCATGCTGCGTGTTGAAAACTGGTTAGAAAGGGCTTGTCCATTCAGCCTTTAGAACTTTTAAGAAATTCAGGAGTTTCTGGGTCTTTATATGGAAGAGTTGTGTTTTGGGGGTAATTCCTTACTTGTGTCATCAGGGACACATGACTTAGCTACCAAATCAGTCTTGATTGGATTATAGTGACTTACTCCTGGAACTCCAGGACTCAGTCCTGTCTTGCCTCAATCCATTCTCCCACTGCAACTAGTGTGAGTGATCTTTCTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCGAGGCTGGAGTGCAATGGCGCTATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCAAGTCGAGTAGCTGGAACTACAGGTGTGCACCACCACATCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGATTCACCTCATTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTAGCCTCAAGTGATCTGTCTGCCTCAGCCTCCCAATGTGCTGAGATTACAGGCATGAACCACTGCACCTTGCCTGATCTTTTTAAAATATTTTTCTTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTTCTTGCCCAGGCTGAAGTGCAATGGCACAATCTCAGCTTACTGCAACCTCCACCTTCTGGATTCAGGCAATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGACCCACCTGCCTCGGCCTCCGAAAGAGCTGGGCTTATAGGCGTGAGCCACTGTACCCGGCCTAAAGTTTTTTTCTTATGAACTTCCATATACCCATCACTTGGATTCAGCAATTATCAGGATTCTGCTGTTTAACTTTTCCCTTTTTAGTTTTTCCTGATTGAAATATTTTAAATTCCAGATTCCATGCCATTTCACTGCAGACTTCAGTCTGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGTCTGGGTGCGGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGACGGGTGGATCCCCTGAGGTCAGGCGTTGGAGACAGGCCTGCCAACATGGCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCTGAGCATGGTGGCACATACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGTGGTGGAGGCTGCAGTGTGCTGAGACGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCAGTCTCAAAAAAACAACAAAAAAAAAACAAAAGTTCTAACATAGCCACAATGCCGTTATTATACCAGCCTAAATTAGCTCTGATTCCTTGATATTATCTAACAGAGGTGGGCACACTGCTGGGCTTGTGGACTGTTTTTGTATGGCCTACAAACTAAGAATGATTTTTACACTTTTAAAGGAATGCTTAAACAAAAATAGTACTCAGCAGTTCTGTGTGGCCCACAAAGCCTAAAATATATGCTACCTGGTTCTTACAGAAAATGTTTGCCAACTCCAGTTTAATAAAATAAGTAATTTTTCCAAAACGCATATCCAAGTTTGCTACTCCTTTGCCCGAAGCTCCCGAGGATCAAGTCTGGACTCCTTATGGTTGCAGCCCTTGTCTTTGCCTACCTGTCTGATTTTCCCTTTGCCTGCCCCAGATGTCTTCGGGGGGTGAACACCAGTTCCTCTGTACCTGCTCTTCCCTTGGCACTCTTCTCTTCCTGAAGCTATTCCTGTAGTCCATCCCCCCTTTCCCACCCTCCATGTCCTGTATTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACATAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAGGCTCGCCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGAGCTACAGGCGCCCACCACCATGCCCGGCCATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACGGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACCATGCCCGGCCGCCTCTGTCATTTTTATCATATGGTTATTTTCCTACCAGACTCTCCTACTAGTCTGCAGGCACCTTGATGGCAGGGCCTTGTCATATCCATGTCTTTGGATAGGAATAGCCCGGGGCCTGGAAAACAAACAGGATGCAGACAATAGTCTTAAGTTCCTTGGGCAACACTTAGCCTCAGAAATAACTGATACCCTAGAATGCATCTCCAGTATTGTTTATAAGGATAACTTAATTATCCTTATGTGTTACATTCTTTGTATTGTCTTTATGTTTTAGCAGCATTTACTCTAGTGCTGTCTTGGTGCTTTTCTGCCTGTGTTTTTGATGGATCTTAGTATTGATTAACATAGATTTCATTTCAAGCCATCTATTTTCATTGAAGATGCATGTTTATGTTAATCCATTTTGATTTCACTCAAGAAGAGGATTGGATGAACTACATCAGGTGACGGGA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Seq C2 exon
GTTGCCTTCTTCCTCATCTCTGCAGTAACTGTCTTCATGGTTTCATAGCCTTCTCCCTGATACCCCTCCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196670:ENST00000512132:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.500 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
ENST00000502412fB30496
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains