HsaINT1047213 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000005889 | ZFX
Description
zinc finger protein, X-linked [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12869]
Coordinates
chrX:24161715-24172800:+
Coord C1 exon
chrX:24161715-24161842
Coord A exon
chrX:24161843-24172714
Coord C2 exon
chrX:24172715-24172800
Length
10872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGC
5' ss Score
6.46
3' ss Seq
TACTTTTTTCCCTGATTTAGGAG
3' ss Score
9.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGTCTTCCTCTGTCATCCAGGCTGGAATGCAGTGCAGTGGTGCAAATTTGGCTCACTGCAGCCTCTGCCTTCTGTGTTCAAGTGATTCTTCTTCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGATTACAG
Seq A exon
GTGTGCGCCCCCATGTCTGCCTAGCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGCCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTACCTGCCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATTGCACCTGGCCCTAATGTAACATATTCAAGAGCAAGATTGCTTTCTCTATTTATTTGTCTAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATCTCTAGCTGGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGTGGTGAGCTGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCTGTCTCAAAAAACAAAAAAATCCCACACAGTAGAGTTTTTAATTACTCTTATCAGTGGGATTTTTTCATTCTTAGGTGTTTACATGAGAAAGCTTTTGTCTTCAAGTATATTAATTTTGTACCAGCACACCTTATGAATTCATACCGATAATAGTTTTTCAGTTGATTCTCTTGTATTTCCTAGATATAGCATATGCAAATAAGTTTAATTTCCTTCAAGTAATAATTATATCTTCTATTTCATCATCTTACCTAATTACACTGGCTGGCATTTGTCACACAATCCTATAATAATAGTATTAATGGCCATTCTTAATTTTGACTTTAGAGAGAATACTTCTAATGTTTTACCTTAGGTTTAATAGATGTCTTTTTGTTATAAAGTGATAACTGACATCATTCTCATATCCCAAAACACATGTTCTGACATGAACTGGTTTAAGATTGCATATACTTGAGTATTTTTTAAACAGCTTTATTGAGATAAAGCTATTATTAAATCTACCCTTTAAAATGTACATTTCAGTGGTTTTTTAGTAGATTCAGAGTTCTGTAACTATTATCACTAATTAGAACATTTTCGTCACCCCAAAAAGAAACCCTACACCTACTGGTAATCACTCTCCTCTCCCCGCTTCCTTCATCCCCTAGCAACCACTAATCTACCTTCTGTCTGTGTGGATTTGCTTGTTCCTGACGTTTCATATAAATGGAATCCTATAACGTGGTCTTTCGTGTCTGGCTCCTTTCACTTAGCATATTGTTTTCAAGGTCATCCATGTTTTAGCGTGTATCCTATTTATTTAATTTGTTAACTGTTAAAATATCTATCCCAATTTGACTCAAAAGTTTGCTTTAAATCAAAAGTAGGCGTTCAGTTTCAACTTTTCAGCATCTGTTGAGAATATCAGGCGTTTTTTTTTTTGACCTATTAATTTGGGCCATTATTTGGCTCCATCCTTGAATTCTAGAGTACCCATACTGTGCCAAGGTCTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATGTACATGGATGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATGACGGATCATATTTGCGGATACTTGACTTGGGATTCATAATTAACCAAGTTTGTAATTTGGTTAAATTATTTTTGTTAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATACAGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCGAGCAACCACGCCCAGCTAAGTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTCAGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATTAGTCACCATGCCCGGCCGCCTAGCTAATTTTTAAAATTATTTTGTCAAGATGGAGTCTAGCTATTTTGTCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTTGCTGCAAGTGATCTCCTGCCTTGGCTTCCCAAAGCGCTGGGATTACGGGTGTGAGCCACTGTGCCCAGGCCCCCTCTTTTAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCATTACGATCGGGTTTTCTTTTATTGAGTTAATGCTGGTAATTTACATTTTCCGTCACTGTGCTAGTGTAGAATTCTAGACCATTTTCATACAAGTTGTTTTCTTTTTTTCTGTTTTTTTTTTTTCTTATTTCAAATTGTATATGTTTGTGCTTTCTCCCAGTTTCTTCCCCTCTTTTAGATTATTATCTTGTATTTTATTGTCTTCCCAACCCCCTGGAAAAAGCTTGGTTTGGAGATTTTTTTGGGGTAAAAATTAGCTGGCTCCCTAGCTTTGCTCCAGAGAATGGTCATGAAATTAATGGTTGCTGATACTCAACCTGGAGCATGCCTGTTGTTGGTCTTTTGAGAAGCAGGCGTATTTCAAACCTGCCCCTGCATTGCCCAGCTTGTTCTTTTCTTTTATTATTTTTTTAATGATTAAAGGATTTATTAAATTCCATGTGCAAAACACATTGCTGATTGCATTAGCAAAAGATCAATGTAAAAATACCCCACAATTCTGGAACTGTCCATTTAAAATATTTGTTCTAGTTGTTGAAAGGCCCAGTGTTATATTCTTGCCAGTGCTTAAGGTATACAGAGAATACTGTAAGTGTTAACACTGAGTTTACAGAACCTCATAGGCCGAAAGTAATGTATTTAGGAAAAGCAATAATAGTAAGTATGCATTCATGTAGGTGAGATATAGTATGGTCAATATGGGTCAAATTACAGCGTTGGTGATCAGTGACAAGGGAGTTGGCAAGACAATTATGTTAAGAAAGATCATAGTTTAAGAATATTTAGGGCTGGGCACGGTGCCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAAACCAGCCTGGCCAACGTGGTGAAACCCTGTCTCTACTAGTAAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGCATGCCTGTAAATGCCAGCTACTTTTGGGAGGCTGAGGTAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGATTGTAGTGAGCTGAGATGGCGATGTTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCGTCTGAAAAAAAAAAAAAAAATTTAGAGTGTTTTGAAAACTGTAAACCTGCAAGGCATGATTTTTACAACTAGTTACCAGAAAATGAAGGAAAGCACATAATTAGCTTGAATAAAGTAACATGAAAGCGAGACTGCACTAATTTAAAAAAACCCCAAATCCTAATACAGTATCAGAAAAATATTTTCTTTTCTTTCTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTATCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGAATTTGGCTCACTGCAACCTTTGCCTCCTGAGTTCAAGCAGTTCCCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTGTAGTAGAGACAGGGTTTCACTATCTTGGCCAGGATGTTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCAGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCAGAAAGATTTTCTAATACAAGGAGACATATTGCTCATTGAGAAGGGGTTTGATAAGAAAACTTACTAAGTTAACAACTATGTTAATGACTAGTTCAGAGATAAATTAAATGCCCAATTTTGGGAAAGGTAGCAGGTGCAAGAAAAAGGAAATGTATAAGAAAACAGTTTCTGATACTTAAACCTTTCTTCATCATGTACTGCATTTGACAGAAATTAACCTTTTAAAAATTTTACCTAGGATGGTTTTATTTCATTTATTCCATGTACAATGTAGTCTAAATCTCCACTTGATACCATGTCAGAATCCTGTCTTCATCCTTTGATTACATCAAGTGTTTCTCACACTGCTCGAACTAAGTCTGCAACTAAAGGTAGAATACTTCAGTAGAGGAAACGTGAATAGAATTTCTTTTCAGAATTTCAGCAAAAACTAATAAGCTATTTTAAAGTTTTTCACTATGAAATAAAAGAGTGATCCAAAGAGTTGAGTTGTTTTACTCATTCCATTATGATATATGGTAGAATGTTATGGAATGAACATGGATATTGCTAAATTATTGAATGCATTAAATGGCAGTACTTTATTAAGGAGGCTGTACTGCTTTAAATATCTGAAAACTAGTTAGAATGTGTGCATTTCCTCACATCAAGCTAAGCCTTAAAAACAAAAGCATTTAAAACTAGTGTTTGTAGCTCATTGGTACAAGTAGGTTCAGAGAGTATTGTGTCAACTCTTAATCTGAGCAGGAATAGAAGCTTTGAGAAAATAGGCTTTAAGAAGGTTTGTCATTTTACAGCCAAGTTTTAATAGATTGTGAAAGTTTGGACTCTTAGATTTTAAACAAACAAAACCTTGAAATTACTGATTGGCTCAGCGTGGTTTTATGGAAAAACTAATACAAAAACTTGGCCTTGACTATTTGAGCAAAGCCTACAAAAGTTCCAGATGGGACAGGGCAAGGAAGGATGGGGCTCTATTTACAACAGCAGATATTTTCTTTTCCTCTTCTTGACGTGGAGTAGGCAGGGCTATTTGAAAATAAAATATTCTTTTCTTAGAGAATGGAACTTGAATTACAGTTATTAGATTAATATCGATTATATACATTTTCTCTTTTCCTTTTAGACTAGTTGATCTGTTAAGTGTTGATAGTTGTTGTAACCTTCCACTACTATTGATTTTTTTTATTACTGTCTCATAGGTTCTTTTGCTTTTTTTATATTTACATATTTCCATGCTGTTTTATTTGGCACATAAAAATGCATAATGACTTCAAATTCAACATAGACTAGAGAACACACACACTTATTTTTTCTTCCTTCTAAAATCACATAAAGAATATAAAAACAAATCCAGAGAAACAAGAAAACCTCAGTGGTATGAATCAGAATATGATGAATTTTTGGTTGAATAAAGCAATTG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Seq C2 exon
GAGCTGTGACTGATGAGAATTAAAGGCCATGGATGAAGATGGGCTTGAATTACAACAAGAGCCAAACTCATTTTTTGATGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000005889:ENST00000379177:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.900
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains