MmuINT1035823 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000079509 | Zfx
Description
zinc finger protein X-linked [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99211]
Coordinates
chrX:94102291-94114263:-
Coord C1 exon
chrX:94114196-94114263
Coord A exon
chrX:94102381-94114195
Coord C2 exon
chrX:94102291-94102380
Length
11815 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCTGT
5' ss Score
6.84
3' ss Seq
ACTGGCTTCCCTTGATTTAGGTG
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCGTATAACTGTGCCCAGCTAACCTTGTAAGATGAATTGGGGAGCATCCCCTCTTTTTTGAAACAG
Seq A exon
GTCTGTTGCATAGAGTCTGATCATTGAAAGGTAGACAGACTCCATTTGTAAAACTGTACTTGGTTCCTTCTTTTTTGTAGATTGTGGATTTGAATTAGTAATTGCCCCCTTTCTCCTGTGATATATCCATTTTGCTTTTGAGTTTGGTTTTTTTTGGGGGGGGGGTAGTTGATACAAAATAGTTTCTTAGAAACGTATAAACTCTCGAATATTCTGACATAAAATACAATTTCCTTGATGACTAGAAAATTGACTTTAATTTCCATTTTCTTATGCGTTGTGCTAATCAGATTTTTCAGACTGTTCATTTTCTGGATGTTTTGTGTTTCTATGCTTGTCACTATTATGCCTTTCCTTCGACTTTGTTTCTGTGTGATCTGACATTTAAAAAGAATTAAGCTGGAGGCTTGCTCACTAGTAGTTAACTGATTTTTGAACTACATGTATTGAAATTTGAATTTTCTTTCTCTGATAACTGGATCTTACGATTTTGATACTCTTATTTTTGTTATTTTTGTATTTAGTGGTTCTAAATACATTGTCCTTTTCATGATTTTTCTATTGTGGACAAGGTTTCATGTAGCACTAGCTGACCTCAAACTTGCTGCTAGTCATAACTCTTGATCCTTTTGCCTCTGTCTCCCCAAGTGCTGAGTTTATAGACATGTACACTGTACCTATGTTCTGGCTTTTCGTTTCTAACTTTATTGCGTCATGGTTGGGGAACATTGGCTAATAACAAAACTCAGTTGTAGTTAGACCAACAACAAGCAACTTGAAAATCAAATTTAGGACAAGGATAATTTGTAATAAGATCAAATAGCATATAATACATTTTAATAAATCCAAAACATGCTGTAACTTTTGTTTGTTTTGGTTTTGGGTTTTCTTTTTCAAGATAGGGTTTGTCTGTGTAGCACTGGCTGTCTTGAAACTTGCTCTGTAGAACAGACTGGCCTTGAACATTTACCCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATAAAAGGTGGGGGGGTGCTTTGTATCAGCTCCCCATACTTTAATCATTATGTTTTTAGTTTAGTAGTATTTTATTGTCCTCATACTTTTTAGGGGAAAAAAACCCTTAGATTATTCATTCCTTAAAATAGTTGATTCTTTAGTTTAGTTCCAGGGAAAGATTGTATAGTTTAAAAACACTTATTGATAGTCAGCTTGGAGTATGTTTATTACTGGTCTTGTATGGCAAATCCAGCCTGCTCTTTTGTTTAATGACTCAAGGATTTATTAAATTACATATTGCAAAGCCTATTGCTAATTGTATTAATAAAACCTGAGTATAGAAATACACTCTACAGTTCTGCAACTGCCAATTAGAAAACATTGTTCTTGTTATAGAAAGGCCCAGTCTTTTATTCTTGCCAATGTTTATGATGCATGGAGACCATTACTGTGTAGTATTAATATGTTTAGGAATAACGGTAATAGAAATCATATGTTTATGTAGGTAAGGTATAGCGTGCAGTCACTATTAGTTATTTTTAGTGTTAGTGGGTAGGACGGTGATAGTAACAGTGTTTGTAGTTAGTGTGACATGATGGCACATGACTTTAACCCTAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTAGTTCCAGGCCAACCTGGTCTATAGAGGAGTTCCAGGACAGTTAGGACCACATAGAGATACTGTTTCTCAGAAATTCAATTAAAAATAATAAATGAAAACATAAGTAAATGTTCATAGTCTGTGGTATTAAGTGTAGAACCCAGTTTCAAACATGCTAGGCAGTCATTCTACCACTGAACTATACATACACATAACTTCACAGTTTATAAATAATTTGAATGTTTTAAAAAGTACAAAGTGACCATATGTGATTTTAAAAACCAGACAGTTAAGAAAAGAATTAGTTTGAATAAAGTAATTGAAAGTTACATTACATTAAACTAAAAATGTAAGGCAGATAAAGTAGTTAAGCACCTGTAATTTCAGTACTCAGGAAGCTGAGGCAAGAGGATTGCTGCTAGTTCAAGGCAGCCTGGGCTATTGAATTAAGAGACCCTTTTTTAAACAATCAAAACCCAGCAGTGGTAAATGACTTACCTGGTAAGGATGGCTGCTGCTAAGTCACATTACCTGGGTTCAATTCCTGAAAACCACATGGTATAAATAGATGGCTAACTCATAGGCTGTGCTCTGACTTTCACGAGAATGTGGGTCTTGAATGTGCACTCACACGCATGTACTTAGAAACACTAAAAAATAATTGTAATGAAAAATTTCAAAACAAAACCAACCAACAACTCAAAGTCCTTTTAAGTTCTAATGTACTAGAAGGGGTTTTATTTAGTTTTGTTTCGAGAGAGAGGTCCCCTCGCTCTTTGAACTCTCCCTGTAGACCAAATTCAGAGATCTTCCGGCCTCTGCCTCTCCAGTGCTAGATGTTTTTTCTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTATCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCAGAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGCCACCACGCCCGGCTTCCAGTGCTAGATTTAAAGGCATGCACCATCACTTAGCCTAAGTTGTTGGTTGGCGGTTTGTTTTTGTTTTTTTCGAGATAGTATAGCCCCGACTGTCCTGGATCTGTTCAGGTTGACTTCAAACTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCTTGTTGGGATTAAAGGCAGGGTATATATCATTCATTGAGAAAGGTACTCACCTAAGTTAACAACTACCAAAATGACTAGGCCAGTGATTAAATGCTTGGTTTGTGAAAAGATTGGCAGAAATTACAGGAACAAAGCAATGTGTAAGGGAACCCTTTTTAAATAACACCAACATTTCTTTACCCTGCATTGTATTTGATGGAAAGTGACATTTTAAAAAATTTACCCTACAATGGTTTTATTTCACGTATTCTTGTCTAATGTAATTTAAATTAATGTCCAGTCTATATTATGTTTACATACTGTCTTTATCCTTTTTTTATACACTCCAGTACACCTACAGCTAAAAACAGACATGTGAGTAGGATTTCTGTTGAAAATCTCAGCAAAAATTACAAAGCAACTTAAAAATTGTCACCATGAAGTCAAAAAGGGTGAAACAAAGAGTTGTTATATTCGTTCCATTATGATAAACAGTAGAATGTTATGGTAACAGTGGATTGGTCAATTACTGGGTGCATTTAAAGGGCCATGCTTTTATAAAGGGGACTTTATTGCTTTACATATCTGAAAACAAGTGCAAAGCTTGTTCTGTTCCTGCCATCAGGCTGATCTTAAAAACATTTAACATAGTGTGGTATTGTTAGCCGATAAATATAGCTAAATTCAGAGGATATTTTTGGCAGCTCTTAATCTGAGCAGGAATAGGGGCTTTGGAAAAATAAGGGTTTTAGGTTTGTCACTTTAGGGCCAACTTTTAATAGATTATGATAGTTCAGACTCTTTAAGCAAATAGAACCAGTTGGCACACAACGGTTTTATAGAAAAACTAGTCTGTAACAAAAACTTGGACTTAATTCCTGAGTGAAGCATACAGAAGTTCCAAGTGGGGCAGGGCAATGAAAGAGGGAGGTAACAACAGCAGGCGCTTTCTCATTGACAGAGGAGGGGAGCAGGATTGTTTGAAAATGCAGTAACCTGGCATAATCTGTTCTTATGGACTAGGGTTTGAATTGATGAGTTACTTATGTCTAAGAATATTTGTTTTGTTGAGTGTTGTATTATAACATGTTACTAGTGATTTGGTTTTTAAAAATTTCTGTCTCATGGATGTTTTTGCTTTATTTACACATTTCTATGCTATTTTCTGTGGTATATTAAAAATTATGACTTTAAATTTAACATAGTGGTGGCGCACTCCTTTAACCCCAGCACTAGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGTAACCTCCCCACCCCCCAAAAAAAATTTAACATAGAAAAAACATCAAATACCTTTGTTCTTTTTTTCTTTCAAAATCATATTGAAGAAAAGGAGTAAAAATCCAGAGCCAAGGAACCCTGAAACGAACTTTTCATCAGAACACTTTGTCCTCGAATAAAGCAATCTGTCAGGGGAGAAAACTAAGAGAGTTAGTGAATCTGTGGCCATATACTAGAAACTGGCATCCTATAAATACACTAATGTCCAAAGCAAAAAGGTCATAGGAGAAAGAACAAAACCATGGACATAGTCAAGTGGTTAAATCTGAGCCATTTCCCTATCAATGTAGGTAGGTCTACCTCTGGTGGTCTTGTAGCAGGAAATACATTAAATTATTCTGAGTTATACATGGATTTACAAAATGGGTGCCGTGGCAAGAAAGGTTGGGGTAATGTTTGTTTAACTTTGTGATACTGTAGATTGAGCATAGGATCATATGCGTGCTAGTCAAGGTACTCTACTTCTGAGCTATTTTCCAAGCCCTCTTTTTATTTTAATTTTTACTTCATTTTGGTTTTTTCCAGGTAGGGTTTTCCAGTGTAGCCCAGAAAAGTTAGTAGAAAGGTAAATACATAAAGAGGAAAGTCAGGGGTTGGAGAGAGAGCTCAGTGGTTAAGAACACATATGACTTACAGAGGACTGGAATTGAGTTCCCACGTTGGGCAGATCACTGTCACTTGTACCTTTAGCTCCAGAAGATCTCATACCTGGCCTCAGTGGGTACCTGCACTCACATGCTCATACCCATGTACTCGCATACTAGTACCCACGCACATACATGCGTAATTCAAAAGCAAGTAAGAGGAAAGTTACTAATAATAGAGGACAAATTTAGGGGTACTTAGCCTGTAATAGAAAGTCTAATGAATGATAGAGAAGCCAGCAGAGTGCACTTAGGAGTTTGAGGC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GAGTTAGAATTTAAGATAGTATGAGCTTGAACCTTCATTGAACAGAGAAACGATGCTTTAGAGAAATTTATTTGTGTTAAATTTTTCACAAGCATATAGTATGTACTAACAAAGAACTAAAAGTCAAAGTAAGATGTGTCTAATAGTTCCATTTAGTTTGAATTAGAAATTAGAGATGGGGAAAATGATGAAGAGGTTTCTGCAGTATTTAGAACATGGGCAAATCTGTGACGTCTGATCTTTTGAAATACTGATCAAATGATATTAGGTGGTACGTTACTTGATGTTAAGGGTTTGTTTGTTTTTGGCTAAAGTAGGAAAAGGAGAATTAAGGTCATTGGGATGTCTTAAAAGAAGTGGGCCTTAGGAAGTTCTGTGTTCAGGATCCAGAAATCTGTTGGTAAGCCTTCCTGCTTCATCTATTTTCTCAGGACATTAAGTTGATTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTAAACTTTATTTTACTAGTCTAAGCCAGGAGTAGGAAAATGACCTACAGTTCCTGTGTTAGCGGCCTAGACCTAGCAATGGAGGCAGGCTGAGAGTGAGAGAAAGGGATGGTGAAAGGAACGGATAACTGATTTTTGCTCATGATTTCAGGTTTTCAAGGGTAAAAATTTTATTTTATTGGACTAAAAATGTACTTACTGTTTTTTTTTAAAACCATTTCATAGCTAGTGCCAATCACCTTTGGCCAAAAGAGTTAAATACACTGTGAAAATTGAACCAGCATAAATGAGAGGATTAAGAAAAGTGCTTACTATAATTGTATTTACTATAATCATGGATGTTGTGATTCTATGATTGTTCAGTATAGTGTTTGAAAGACTGCATAAGTTTAGAGAAATAATGCAAAAACTTGCACAGAAATTTTCCATGGCAGAATGATTTTGGTTGAACCTTTAAAAAATCAGTTGCTGGGCAGCAGTTACTTACACATTTAATCCCAGCACATGGGAGGTAGAACAAGCAGGTCTCTGAGCTCAAGGCCAGCCTGGTGAGCTCCAGGACAGCCAGGGCTACATGAACAAAACAAGTAGTTAAGTAATCCTGTGAGAGGATGATGTCACTTACTCAGATGACAGTGCTAGGGTCCTGAAAATGCTCTATATCTTGATCCTGGGTAGTGACTAAAGGCTTTTGGGGAAGGGAAGGGAAACATAAAAATCCTGTTAAGTAACCCAGTTTGGCCTTGAATATTTAGGGGTTCTCCTGAATTCTAGGATTACAGGTGTGTGCCATTACAACTAGGATGAAGGTTTTCCATCTATGTGAACATTTACCAACATGTGTGCAGTTAGATCTGGGGCAGTAACTCAGTGGGTAAGATTATTGATTTTTTTTTTTTAAAAGACTTGTTTCTTTGATTAGCCCTGACTGTCCTAGAACTCATTTTGTAGACCAGGTTGGCCTTGAACACAGAAATGTGCCTACCTCTGCCTCTGGAGTGCTAGGTTTAAAGATGTACCACCACTACCCAGCTCTGAATTTATTTTTATTTTATTAAGACAGGGCCCCACTTATCATGTAGCCGAGACTGATTTAGAACCCTCTGTATAGCCCAGATTGGTCTCGAACTTGTGAGTGTCTTGCCTTAGTCTCCCAAATACTATGATTATAGGTGTGTACTTGGCATGTATCTCAATTTAAAATGAGCCTGGATAAAGGTGATCCATTTGATTTATATGTTTATATTAGGTAGATGTTCATCTGTTGTATAACTCAAGTCCTTCAGAAATGAAAATGTGACATTAAAAAAAGGATACCAAAACTAATACTGGCTTCCCTTGATTTAG
Seq C2 exon
GTGTTCTGGCTGATGAGAATTTAAAGGCCATGGATGAAGATGGACTTGAATTACAACAACAAGCACCAAACTCATTTTTTGATGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000079509:ENSMUST00000088102:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.833
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types