HsaINT1047403 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213742 | ZNF337-AS1
Description
ZNF337 antisense RNA 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:40759]
Coordinates
chr20:25645531-25674007:+
Coord C1 exon
chr20:25645531-25645648
Coord A exon
chr20:25645649-25673851
Coord C2 exon
chr20:25673852-25674007
Length
28203 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GTCTACTCTGCTCTTTGTAGGCA
3' ss Score
8.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTCATTCTGTCACCCAGGTTGGAGTGCAGTGGCAACATCATAGCTCACTGCAGCCTTGAACCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGGCTACAG
Seq A exon
GTGAGTGCCACCACAGCCTGCTAATTTTTAAATTTTTTGTAGAGATGAGGTCTCTTTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTAATCCTTCTGCTTAGCCTTCCAAAGTTCTGGGACTTTGATGCATCTTGAGCAATTTTTATATATGGTGTAAGGTAAAGATATACCTTTTTTTTTTTTTTTTCGCATGAGCATATGAAGTTTTCCCAGCAGCATTTGTTGAAAAAACTGTTCTCACCAAATTGTCTTAACACCCTTGTCAATGATCATTTGACTATATATGCAAGCATTTATTTCTGGGCTTTCTATTGTACTCCATTGATCTATATGTCTGCCTCTATGCTAGTACCACACTGTTTTGATTACTATAGCTTTGTAGTAAGATTTGAAATCAGGAAGTATGAATTTTCTGAATTTGTTCTAATCTTTTCAGATTGTTTTTATTATTTGGGAGTCTCTTGAGATTTCATATGAATTTTAGGATGGCCTTTTCTATTTCTACAAAGAAGATCACTGGAATTTTGGTAGAGATTGCACTGAATCTGTAGATCCCTTTGGATAGTATTGGCATCTTAACAATATTTACTATTTCAATCCATAATCACAGTGCATCTTTCCATTTATTTGTGCCTTACTTAACTTCTTTAAGCAACATTTTGTTATTTTCAGTGTAGAAATCCTTTGCCTCCTTGGTTAAATTTATTCCTAAGTATTTTATTAATTTTGATGTTATTGCAAACATAATTGTTTTCTTAATTTCCTTTTCAGATTGTTTATTTTAGTGTATAGAAATACAATGGATTTTTGAGTATAAATTTTGTATCTTGCAACTTGAACTGAATTGAATTGAATATAATGAATTCATTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCGTGATCTCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAGTTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGATTAGCTGGGATTACAGGCACCCGCCCCCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATTTCATCATTTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCGTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCACCCGGCCAAATTCATTTCTTAATTCTAACATTTTGTGTCTGTGTTTTTACATATAAGATCTCTTGTGTTTTTACATATAAGATCATGTTGTCTGCAAACAGATAATTTTACTTCTTCCTTTCTCAGTTGAAGGGGAAAGGGAGTTTTCTTTTTCTTGCTTAATTGCTCTGGTTAGAACATCCAGTACTATCCAGTACTATGTTTAATAGAAACGGTGACAGCAGGCATCATGATCACGTTCCTGACCTTAGAGAAAACTTGCAGTGTTTCATCATTGAGTATGTTGGCTGTGGGCTTTTTACATACCCTTTTTTTTTTTTTTTTAACAGAGTCTTGCTTGCCTAGGCTGAAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTTAAGTGGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGGAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTGTAGTAGAGATGGGGTTTCGTCATGTTGCCCAGGCTGGTGTCAAACTCCTGATCTCAAGTGATCTGCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCATGCCTGGCCTATTTATATGCAATTTTTATTATGTTGACATAGAGTCCTTCTACTTGTAATTTATTGGCTGTAATTATGAAAGGGCATTGAATTTTGTCAAGTTTTTTTCTGCATCAATTGAGTTGGTCATGTGTGTGTGTTCATATTTTACTATTCAATAGATTTTTAGTAAGCTTTGGTTTCATCTTCATGAATCATGGAAGACTTGAAAGGCCAAAGACACTCCAAGAAATTTACTTTAGCACCTTCTTTCTAGGCAGAAAGATAAGGCATCCCCATGAAAGATAGTGTATTGGACCCCTCTTGTACACCGTTTCAAAATTTTCTGTTTCTCCTCTTATTTCAGCCACAACTGTAGGGGACTGTTTCCCTGCATGTTTTGAGCAGCTTTGCACAGGTGCACCTGGGCAGTGACCTCACCTCATCCCTCATACTGTATCATTTGCTTCCTGCCCTATGCATCTCTGTTCTTCAGCTTAATAGTCCTAGGCATCCACTTCACACTCAAGCACAACCCAGCTGTGATGGGAAGTCAGTGCCATGGGGTCTACTCTTGACCGATGAAGATCTGGAGTCAATGGATAAATGCATCCCCATTTCATCCCCTGATGGACAGTTTTGAGATGCTTCAGAAAACCCCTACAGGTCCCAGTGGGATCAAACAGCCAATTTAATAATGCATCCTTGTGGTGGTCTTTCCCTTGCTCTGTTTCACTCCCCTTATCCTGCATTTCTGCTCCCCAGAATCACATTAGCAAACAAGCTACCTATGCACAAGCCTTTTGGGGGACCCTAGGCTAAGGCAAGTGGGTGGCAGCCTTATATTGGATTTGCAAAACCTCATATCTTGGATTTATGCTTCAAGAATACAGCACTCATGATAGGCCCCTTGGTGTGCCCCCATCACCCCTATGCAAGGACTTCTCAACTGCAGTGATGTGTCTCCTTTTTTTTTTTTTTCGAGACAGAGTTTTGCTCCTGTTGCCCAGGCTGGAATGCAATGGTGCAATCTTGGCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCTTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCTTGCCTCAGCTTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACATGCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGGTCATGCTGGTCTCGAACTCCCAACCTCAGGTGATCTGTCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTAGCCTGATGTGTCTCTTTTTTTTATGGCTGAAAGAGGAAACACGAAGGAAACAGATACTCACTGAGCACTTATGGCCCACCCTTGCTTTAGTTATTTTACTTATCTCCTTTATACAAGGAGGAAGCAGATTTAGAGAGGCCAGATAACTCATCTAATATCTCATAGTAAGAATGCAAGCCAGGATTTGAACTCAGTCCCATGAATTCAAAGCCCATAATCTTTCTATAGCATGTGAAGTCATTTCTTCTTGGGTCTCTGCACTTGGTTCTCCTTCATCACTTCAGGCAGCATAAGATGCTGAGCTTCTACCAATTGCTATTTTTTTCTTCCTTTGTCTTTATTAAGGTAAATAATATGTATATAATTTACCATCTTTACCATTTTAAGTGTCAAGTTCAATGTAATAAATACATTTATATAATTTTTTCCATTTATCTTCCTACTCACCTTTCTTCTTCCCAGCCTTTGGTAACAACCAATCTACTCTGTATCTTACTCACATGTAAGAGCTCTGAAGCTCTAAAGCTCTTCCATATGAGTGAGAACATGTGGTATTTGTCTTTCTGTGCTTGGCTTATTTTGCTTGACATAATGCCTCTAGTTCCATCCATATTACTATAAATAACAGGATTTCATTATTTTAATGGCTGAATAATTTTTTATTGTGTATATTTACCACATTTTCTTTATCTATTCATCTGTTGATGAGCACTTAAGTTGATATTGTATTAGGGCTATTGTGAATAGTGCTACAGCAAATGTGGGAGAGCAGATAGCTCTTTGGTGTATTTATTTCCTTTTTTCTTCTTTTTAAAAATATGCCCAGTAGTGGAATTGCTGGGTAGCTCTGTTTTCACTTTTTTGGGGAACTTCCATACAGTTCTTCATAGTAGCTGTACTAATTTATATTCTCACCAACAGTGTATGGGGGTTCCCTTTTCTCTACATCATTGCCAGAATTTGTTATTGCCTATCTTTTTGATGCAGACTATTTTAATTGGGGTGAGATTGATGATATTGCATTGTGGTTTTGATTTGAACTTCTTTGATTATTAATATTGAGTATAGCTTCATATACCTGTTGGCCATCTGTACATTGTCTTTTTGTATGTCTTTATGTGTCAAAATGTCATTTTGTATATCTTCTTTTGGGATGTGTCTGTTAAGATCTTTTGTCTGTTTTTAATCTTTTTACTTTTTTTTATTTTTTAGATACAGGGCCTCACTCTGTCACCCAGAGTGGACTGTAGTGGCTCAATTATAGATCACTATAAACTCAAATTCCTGGGCCCAAGTGATCCTTCTACCTCAGCCTCCTGACTAGCTAGGACTTCATTTTTGCTTTGGTTGCCTGTGTGTTTTGAGGTCATATACAAAATTCTTTGCCCAGACCAATGTCCTGGAGCATTTCCTCAGTGTTTTCTCCTGGTACTTTCATCATTCCAGGTCTTAGATTTCAGTCTTGAATCCATTTTGATTTGATTTTCATGTATGCTGAGAGATAGGGTTCTAATTTCATTCTTCTTTAAGATAGTTATCCAGTTTTCCCAGCATCATTTACTGAAAAGACTGTCTTTTTTTCATTGTATGGTCTTGACACCTTTATCAAAGATGAGTTGGTTGTAAATATGTGGGTGTACATCTGAGTGCTCTGTTTTGTTCCATTGGTCTATATGTCTGTTTTTATGTGAGTACCGTGCTGTTTTACTTACCATAGCTTTGTAGTAAGTTTTGAATTCTGGTAGTGTGATGCCTCCAGGTTTGTTCTTGTTGCCAGGATTGCTTTGGCTATTTGGGATCTTTTGTGGTTCTATATAAACTTTAGAATTTTTTTTCCTATTTCTGTGAAGAATGTCATTGGTATTTTGAGAGGGATTGCATTGAATCCGTAAATTGCTTTGGGTAGTATTGTTATTTTAACTATATTAATTCCTGCAAACCATGAGCATGGAATATCTTTTCATTTTTGTCTTCTTCTATTTCTTTCATCAGAATTTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains