Special

HsaINT1047409 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000189180 | ZNF33A
Description
zinc finger protein 33A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13096]
Coordinates
chr10:38017291-38060053:+
Coord C1 exon
chr10:38017291-38017386
Coord A exon
chr10:38017387-38054377
Coord C2 exon
chr10:38054378-38060053
Length
36991 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ATTTTGCTTGTTTCTAGAAGTCT
3' ss Score
0.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTATTGTGTTCACAAACCAGAGGTGATCTTCAGGCTGCAACAAGGAGAAGAGCCATGGAAACAGGAGGAAGAATTCCCAAGCCAAAGCTTTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TCTGGACAGCTGATCACCTGAAAGAGAGGAGCCAAGAAAACCAATCTAAACATTTGTGGGAAGTTGTATTCATCAATAATGAAATGCTGACTAAGGAACAAGGTGATGTAATAGGAATACCATTTAATGTGGATGTAAGTTCTTTTCCTTCCAGAAAAATGTTCTGTCAGTGTGATTCATGTGGAATGAGTTTCAACACTGTTTCAGAATTGGTTATCAGTAAGATAAACTATTTAGGAAAAAAGTCTGATGAATTTAATGCCTGTGGGAAATTGTTACTCAATATTAAGCATGATGAAACTCATACTCAAGAGAAAAATGAAGTTTTGAAAAATAGGAACACACTGAGTCATCATGAGGAGACTTTGCAGCATGAGAAGATTCAAACTTTAGAGCACAATTTTGAATACAGTATATGTCAGGAAACCCTCCTTGAAAAGGCAGTATTCAATACACAGAAGAGAGAGAACGCAGAAGAGAATAACTGTGATTATAATGAATTTGGGAGAACTTTGTGTGATAGTTCATCCCTCTTGTTCCATCAGATATCTCCGTCAAGGGACAATCACTATGAATTTAGTGATTGTGAGAAGTTCTTATGTGTGAAGTCCACCCTTTCTAAACCTCATGGGGTATCTATGAAACACTATGATTGTGGTGAAAGTGGGAATAATTTCAGGAGGAAATTGTGTCTGTCACACCTTCAGAAAGGTGATAAAGGAGAGAAACACTTTGAATGTAATGAATGTGGGAAAGCTTTCTGGGAGAAGTCACATCTCACTCGACATCAGAGGGTGCACACAGGACAGAAACCCTTTCAATGTAATGAATGTGAAAAAGCTTTCTGGGATAAGTCAAACCTCACTAAACATCAAAGATCACACACAGGGGAGAAACCTTTTGAATGCAATGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCATAAGTCAGCCCTCACATTACACCAGAGAACACATACAGGGGAGAAACCCTATCAATGTAATGCGTGTGGGAAAACTTTTTGCCAGAAATCTGACCTCACTAAACATCAGAGAACACACACAGGGCTGAAACCCTATGAATGTTATGAATGTGGAAAATCCTTCCGTGTGACTTCGCACCTTAAAGTACACCAGAGAACTCACACAGGTGAGAAACCTTTTGAATGTCTTGAGTGTGGGAAATCCTTTAGTGAAAAGTCAAATCTTACACAGCATCAGAGAATTCACATAGGAGATAAATCTTATGAATGTAATGCATGTGGGAAAACTTTCTACCACAAGTCATTACTCACCAGGCATCAGATAATTCATACAGGGTGGAAACCTTATGAATGTTATGAATGTGGGAAAACCTTCTGCTTGAAGTCAGACCTCACAGTACATCAGAGAACACACACAGGGCAGAAACCCTTTGCATGTCCCGAATGTGGGAAATTCTTTAGCCATAAGTCAACCCTCTCTCAACATTATAGAACACACACAGGGGAGAAACCCTACGAATGTCATGAATGTGGAAAAATCTTTTACAATAAATCATACCTAACTAAACATAATAGAACACATACAGGGGAGAAACCCTATGAATGTAATGAATGTGGAAAAGCCTTCTACCAGAAGTCACAACTCACTCAGCATCAGAGAATTCACATAGGGGAGAAACCCTATAAATGTAATGAGTGTGGAAAAGCTTTCTGCCATAAGTCAGCTCTAATTGTACATCAGAGAACCCATACACAAGAAAAGCCCTATAAATGTAATGAATGTGGAAAATCTTTCTGTGTAAAATCAGGACTTATTTTCCATGAGAGAAAGCACACGGGGGAGAAACCCTATGAATGCAATGAATGTGGGAAATTCTTCAGGCACAAATCATCACTCACAGTACATCACAGGGCTCACACAGGAGAGAAATCTTGTCAATGTAATGAATGTGGAAAAATCTTTTACCGTAAATCGGAACTTGCTCAACATCAGAGATCACATACAGGGGAAAAGCCCTATGAATGTAACACATGCAGGAAAACTTTCTCTCAAAAGTCAAATCTCATTGTACATCAGAGAAGACATATAGGAGAAAACCTTATGAATGAAATGGATATTAGAAATTTCCAGCCACAAGTCAGCCTCCATAATGCCTCAGAGTATTCACACTGTGGAGAAAGCCCTGATGACATCCTGAATGTTCAGTAACTATCCACAAACTCACCTTATGTTACTCCAAAGTAATAGTAGGGGATAAACCCATAGACTACAACAATTATAGGACAGCTTTTGTTAGGAAGTGATATTCTATGTAATATCAGATGGTTAATACGGGCATAACACCTTACAGATTTTTTTTGAATTTGTGAAAGTTTTTGGCAAAAATGCAAATAAGGTTATGTTAGAATTTACACTGAGGAGAAAATTGTCAATTTAAGAAATCTAAAGTGAAAATTTTGCTTAGAAATAAAATACGACAAGTTATGTTTTGAGTTTGATGCCATAATAGTTTTTAGGGCACCTAACAATAATTTATAGATGTATATTGTGGAATGTAAAGCTTTAAGAACTTAAACAAAGGTAATAATTAAAATAACCTCACAAGAAGTTTAATGAGTAGAGAGAATTCCCATGTACACTTCACCAAACTTCCTCTAAGGATAATGTATAATCATAGTATATGGTCAAGTCCAAGAAATCGATGTTACCTTGCTGGTAGATAGAGACTTAGTCAGATTTTACTATGGTTTGCATGCACTCTGTGTGTGTGTGTACGTGTATGTGTGTGTGTGTGGTTATATCAAACTTTTACGACTTTTACATTTGAGTAACCATCAACACGATTAGTTTACAGAACTGAAAAGGAATCTGAGATCTGTACTGTATCAGGATTACAAAGGATTTAGCCTCAAGTAGTTCCCTTTTTGTATTAATAACCACACGCTTTCTGCAACCCTATCCCTTGCATCCACTTGACTATGAAGTTTTTTTAAAGCACAGATAAATTGAATAATCAGGGCAATAGCATTAAGCACATCTGCGAATTATCCCTGAAGTTCAAAAGACTTATATATGTATAAGTGGTATGTGATATAAATCGTGTGTTTCATATGCATAATGGAATTTAACGTAATTGTGAATAGGAAGTAGGTATCCTAGTTTAGTAGTGGTTACATTATCAGGCCCATCCCAGATGTTTGTGATGTCCTGAAACAATTTAAAAGGAGACCCACAGAGCTAATGTTTATCCATTTAAAAGGTATAAATCAAAATAACAAATTATCTAAAAAAAATCTATCCTGTACATGTGAAGATCTAGGCTCGCCTCCATGTTACTCCCTTTCTCTTCCTACCTGTGGCTCATGCCATGCCATGAAGTGCCTAGGGTACATATGTGAACATTCCAGCCTTCAGCATAAGTGGTAGTCCAAATTTTCTTTAAGCAGCTGCTCTCCAAGACAGGGCCCTGGAAAGGCCCACACATACAGCCCAGGGCTGCCCAGGGCTGTTGGACTGTCATTTCAAGGCTCATTGTCCCCAGACAGGGATCTGGGCCCTCAGACTTTTGAGAATATGAAGAGGAGGGTTGAGGCTGGAGCAGAACCAGAATCAAGCTGGTGTGGGGCTTTTATTGATAGTGTGAAGATTGTACACTATATTACATGATCAGATCATACAAATAATCTAAGATTATACAGTCTAGTGATCCTAGATTACACAAGTAATCTAAGCTTCCACTTTAGGAAACTAGAAAAAGAAGAGCAAATTAAATCCAAAGTAACCTGAAAAAACATTAGAGTAAAAATCATTGAAATTGAAAAGAGAAAATCGATAAAACCCAAAACTGGTTCCTTGAAAAGGTCAGTAAAATTGATAAACCTCTAGCTAGCTTAAGAACAAACAGAAGACAAATATTGCTAATACCAAAAATGAAAGAGGCCATCACAGCTAATCCTATGGTCACCAAAAGGATTAGAAAGAAACATGGACAACTCTGTCCATAAATTTGATAACTTAGCTAAAATGGACCAATTCCTTGCAAGACGCATTCTCTCAAAGCTCACACAAGATAGACCTCAATAGGCATATGTATCTATTAAATAAACCAAAGCAGTAATTAATAACCTTCCAAGGCCAGGTACAGTGGTTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCCCTATCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCATGCGTGTGTAGTCGAAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCACTTGAACCTGGGAGGTGGATGTTGCAGTGAGCTGAGATTGTGCCACTGTACTGCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTGCATCTCAAAAAATAATAATGAAACTTTCCAAAACAAAGTGCCAGGACCAGCTGGGTTCACTGATGTGTTTTTGAGATACTTAAGGTAGAAATGATACCAAGTCTCTACCATCTCTTTCAGAAAATAAAAGCAGAGATAACACTTCCCAACTCATTTTGTGAGGCCAGTATTACCCTAATAGCAAAACCAGGCAAAGATATTACAAGAAAGGAAAACTACAGATCAATATTTCCATTGAACACAGATGCAGAAATCCTCAAAATATTAGCAAATCAGGAATGCAAGGCTTGTTCAACATTTGATATTCAGTGTAATCCATTGCATGCATTAGCAGCTCAAAGATGAAATACGATCATATCAATAGGTACAGAAAAAGCATTTGACAAAATCCAATATCCATTCATGTTAAAACCTCTCAACACAGAAGGAATACAGGAGAACTTACTCAAGTTGGTAAAGAACATACTACAAAAAACCCTACAGCTAACATTATCCTTGATGTTTCCAACTAGACACTTTCCTACTAAGATCAGGAACATGGCAAGGAACACCACACCACTGCTTTTCAGCATTGTACTGGAAGTGCTATATAATGCAGTGTTAAAAAAAAAAGAAATAAAATGCACATAGATTTGAAAGGATGAAATACAACTTTGTTCACAAGTAACATGATTGTCTTTGTAGAGAATTCTAAATAACAAAAACCCTGCTGACATTAATAAGCAATTACAGCAGGATTGCAGGATACAGTCCTCAGGTAGATGATAAAAAGGAATTGGACATCAAGTCATTAAAAGACACGGAGAAACCCTAAATGCTTATTGTTAAGTGAAAACCAATCTGAAAAGGCTTTCTATTTTGTATGATTGCAATTATATGACATTTTGGGAGAGGCAAAACTATTGAGCCAGTGAAAGGACCAGTGGTTGCTGAGAGTTGAGGGGAAAGGAGGGATGGCAGGTAGAGAGGTGATTTTTAAGGCAGTGAAAGTACTCTCTAGGGTACTGTAATTTGTCAAAACGCAGAGAATGGAAAACAGTGAACGGAAAACACAGAGTAAACCCTAATGTCAACTCTGGACTTCAGTTAATAATAATGTATCACTGTTGGCTCATTAATTGTAACAAATGAACCATAATGATGCAAGATGTTAATGATTGGGGAGCCTGTGGAAGATGGGAGGGGAAAGGGTTATATGAGAATTCTCTATACTTTTTGCTCAACTTTCTGTAACCCTAAAGCTACTCTAAAAAATGAAGTGTATCAAGTAAATAAATAACCAACCAACC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000189180:ENST00000458705:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.081 A=NA C2=0.072
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF079757=C1_4=WD(100=8.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF079757=C1_4=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.6)


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains