HsaINT1047783 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000158691 | ZSCAN12
Description
zinc finger and SCAN domain containing 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13172]
Coordinates
chr6:28378955-28391742:-
Coord C1 exon
chr6:28390596-28391742
Coord A exon
chr6:28382610-28390595
Coord C2 exon
chr6:28378955-28382609
Length
7986 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGA
5' ss Score
5.24
3' ss Seq
ATTGTTATTTTATGCCTCAGGAA
3' ss Score
7.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158691:ENST00000361028:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.242 A=NA C2=0.050
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains